Важливим етапом у процесі становлення системи духовної освіти стали реформи Олександра І. 29 листопада 1807 р. був створений Комітет по вдосконаленню духовних училищ, результатом його роботи став проект нової структури навчальних закладів: „Правила про влаштування духовних училищ", який було затверджено. У проекті чітко простежувався вплив реформи у сфері світської освіти, на чолі усієї системи духовних шкіл ставала Комісія духовних училищ, яка була підпорядкована Св. Синоду. Було створено чотири рівні шкіл: 1) академії, які підпорядковувалися Синоду і ставали центрами духовно-учбових округів та здійснювали нагляд за семінаріями округу, також мали випускати священиків та вчителів духовних шкіл; 2) семінарії, які готували учнів до вступу у академії та службі у парафіях; 3) повітові училища передували семінаріям, вони давали можливість отримати освіту при найменших витратах; 4) парафіяльні училища мали привнести у село одноманітність та методично правильне викладання. У таких умовах були створенні нові статути, які й стали основою функціонування духовних навчальних закладів, хоча у південноукраїнському регіоні мали місце і деякі відходження від цих документів. Аналізуючи зміни, які торкнулися духовних навчальних закладів, бачимо, що уряд приділяв дуже велику увагу підготовці священнослужителів. К 1825 р. у 39 семінаріях, 170 парафіяльних та 128 повітових училищах навчались 45551 учнів із них 12249 - за державний кошт [1, с.424]. Вчителя духовних навчальних закладів практично перетворювалися на державних чиновників, які підготовлювали кадри для служби у церкві.

Однак, незважаючи на реформу законодавчої бази у 1814 р., стан системи духовної освіти на Півдні України був на дуже низькому рівні, лише з 1816 р. положення змінилося на краще. Ф. Ляліков зазначав, що розбудова мережі духовних навчальних закладів почалось із відкриття в Катеринославської семінарії нижніх класів, які почали працювати як парафіяльні та повітові училища [13, с.337]. В Херсоні подібні духовні училища були відкриті у 1818 р. Із 1820 р. духовні повітові училища почали працювати в Єлизаветграді. В Маріуполі парафіяльне та повітове училища почали функціонувати відповідно із 2.06.1825 та 2.09.1826. Ті училища, яке працювали у Ростові на Дону (із 1820), за малою кількістю духовенства, яка навчалась у місті, були приєднані до Маріупольських. Із 1838 р. розбудова мережі духовних навчальних закладах почалась у м. Одесі Херсонської губернії: у цьому році тут були відкриті Херсонська духовна семінарія, духовне повітове училище, парафіяльне повітові училище, а у 1844 р. училище для жінок духовного звання при Одеському Михайлівському жіночому монастирі. Це було наслідком відділення Херсонської та Таврійської губерній у єпархіальному відношенні, з цього часу у м. Одесі, як у єпархіальному центрі, починала створюватися власна мережа духовних закладів, притаманних новому статусу міста. Цікавим нововведенням було духовне училище для жінок, до завдань цього училища входило надання черницям можливість виконувати обов'язки духовних матерів та забезпечення догляду за близько 60-ма дівчатами духовного звання, переважно сиротами. Виховуючи їх як майбутніх дружин тих семінаристів, що мали право на отримання священства [16, с.242]. Знаковою подією стало відкриття у Одесі духовної семінарії, до її влаштування православне духовенство навчалось переважно у повітових та парафіяльних училищах або у Катеринославській та Кишинівській семінаріях. Особливу роль у відкритті семінарії зіграв архієпископ Гавриїл (Розанов). У день урочистого відкриття семінарії він подарував до бібліотеки декілька богословських книг та привітав начальників промовою, яка і була програмою для семінарії. За його ж клопотаннями духовна семінарія з підвідомчими їй училищами (Херсонським, відкритим у 1818 році, Єлизаветградським - у 1820 році і Одеським - у 1838 році), в 1839 році семінарія стала називатися першокласним духовним навчальним закладом. Влаштування семінарії в Одесі значно покращило стан освіти серед місцевого духовенства: якщо у 1837 р. в Одесі був лише один священик із ступенем магістра і три кандидата богослов'я, то в 1847 році було вже чотири магістри та одинадцять кандидатів богослов'я.

Наступна хвиля у процесі розбудови мережі духовних навчальних закладів на Півдні України почалася із 40-х рр., так у м. Бахмуті духовні парафіяльні та повітові училища почали працювати з 1841 р. У цьому ж році були влаштовані католицьке училище та грецьке училище в Сімферополі, до духовного відомства відносились татарське медресе та чотири татарські школи, які були основані ще за часів Ханів. До духовного відомства належали також армянська школа (1840 р.) в м. Перекопі,