Гавриїл та Інокентій зробили найбільший внесок у становлення семінарії як духовного навчального закладу. І це мало свої наслідки: в 1840 р. ревізор, ректор Київської духовної академії архімандрит Ієремія, сповіщав у своєму звіті, що "Одеська семінарія за постановкою навчальної і виховної справи стоїть на бажаній висоті, а його преосвященство архієпископ Гавриїл - справжній батько і благодійник закладу, він вникає в усі подробиці вихованців, особливо ж сиріт" [12]. А в 1841 р. за розпорядженням Синоду двоє вихованців семінарії були викликані для продовження освіти в Санкт- Петербурзькій духовній академії за державний кошт [13].

В семінарії встановлювався шестирічний термін навчання в трьох дворічних класах або відділеннях. Навчальний рік розпочинався 1 вересня і закінчувався 15 липня. Заняття проводилися з 8 до 16 годин. У нижчому відділенні головним предметом була словесність, або риторика, у середньому - філософія, у вищому - богослов'я. Якість навчання в Одеській духовній семінарії визначалася конкретною метою та нау- ково-методичними позиціями. Релігійна та світська спрямованість навчально-виховного процесу забезпечувалася вивченням відповідних дисциплін. У нижчому відділенні вивчали словесність російську й латинську мову, правила церковного красномовства або гомілетику, зарубіжну і цивільну російську історію. В середньому відділенні викладалася філософія, куди входили логіка, метафізика, природне богослов'я і моральна філософія, історія філософії, церковно- біблійна історія, математика, фізика, пасхалія; у вищому - догматичне, практичне, пастирське, практичне або моральне богослов'я, герменевтика, зарубіжна і російська церковна історія (з 183- 9 p.), археологія або церковні старожитності, патристика. В усіх класах вивчали і тлумачили Святе Письмо та грецьку мову.

Термін навчання в кожному відділені не був точно визначений. Для тих, хто навчався успішно, він тривав рік, а для невстигаючих - два-три роки в кожному класі. Таким чином, навчально- виховний процес в семінарії здійснювався з урахуванням індивідуальних особливостей вихованців.

Мови вивчалися факультативно, за вибором: єврейська - в нижньому відділені, французька і німецька - в середньому і вищому. З метою покращення навчально-виховного процесу студенти виконували самостійні і домашні роботи. В нижньому відділені семінаристи кожного тижня писали твори російською і латинською мовами, а інколи й латинські переклади, а у середньому і вищому відділеннях - один раз на місяць твори із словесності, філософії, богослов'я, які супроводжувались зауваженнями професорів з відповідних предметів. Вихованці вищого відділення писали і виголошували проповіді, кращі з них щомісяця пред'являлись ректору.

Іспити проводились два рази на рік: у другій половині грудня і 13-15 липня, останній мав публічний характер, на ньому були присутні почесні громадяни міста. Тут учні відділення риторики демонстрували своє вміння писати вірші, а філософи і богослови виголошувати проповіді. Під час складання іспитів учні показували свої конспекти викладачам, які перевіряли їхню грамотність. У своїх списках професори оцінки писали словами "відмінно", "дуже добре", "дуже ревно", "похвально", "непогано", "мало", "слабко" і т.п. Кращі зі студентів після іспитів нагороджувались книгами. Учні переводились з класу в клас на підставі розрядних списків; тих, хто мав 1-2 розряд, переводили до наступного класу, а інші залишались на повторний курс або виключались. По закінченні семінарії випускникам видавались атестати, а тим, хто не закінчив курсу, свідоцтва.

Аналіз навчання в семінарії дає підстави стверджувати, що за своїм змістом та рівнем тут давалася досить висока, як на той час, загальна релігійно-гуманітарна освіта, яка повинна була сформувати благочестивих і освічених служителів церкви. Ідеалом тепер був не знавець священних текстів, який механічно їх відтворював, а богослов-тлумач, який розуміє "потаємний смисл" Святого Письма. Мета навчання заключалась у пробудженні самостійного мислення студентів: заучування замінялось диспутами, переписування канонічних текстів - написанням творів, замість вивчення компілятивних збірників тлумачень текстів робили аналіз джерел. Ось як згадує про своє навчання в семінарії один з перших її випускників, Г.Шопруженко: "Ми навчались без книжок, ми дуже бідно обставлені були в матеріальному і навчальному відношенні, але любов до науки перемагала все" [14].

Студенти семінарії поділялись на казеннокоштних і своєкоштних. Бідні або казеннокоштні, розміщувались в казенних гуртожитках (бурсах). У вільний від занять час семінаристи могли читати книги, дозволені начальством, співати молитовні пісні. Покидати гуртожиток після занять можна було тільки з дозволу керівництва. Під час канікул - різдвяних, пасхальних і літніх - своєкоштних семінаристів відпускали додому до батьків. Нагляд за дотриманням учнями приписних правил здійснював інспектор семінарії, на допомогу якому призначались старші учні з вищого відділення або богослови. Вони безпосередньо наглядали за учнями в гуртожитку і на квартирах: регулярно відвідували їх, перевіряли, чи не читають вони заборонені книги і не зайняті "недозволеними розвагами." Не дозволялось відвідувати театр, шинок, захоплюватись азартними іграми. Інспектор щомісяця подавав списки і відомості з поведінки, які розглядались на правлінні семінарії. Неблагонадійні учні отримували догану в присутності правління і всіх семінаристів, а також записувались у спеціальну книгу з незадовільними оцінками. Серед покарань найбільш розповсюдженими були: залишення без обіду та вечері; утримання в карцері протягом декількох днів; пониження в розрядних списках; штраф за негідну поведінку; виключення з семінарії