У жовтні 1899 року за наказом царя в Росії були розіслані опитувальні листи, які повинні заповнювати благодійні товариства і установи. Цей матеріал призначався для "збірника відомостей про благодійність у Росії". Правлінням Товариства прикажчиків-християн було надано такі матеріали у канцелярію Миколаївського воєнного губернатора 4 грудня цього ж року [26].

27 січня 1900 року на загальних зборах ухвалили виділити 50 крб. для поховання члена Товариства Васильєва, а його вдові з трьома дітьми призначили допомогу у розмірі 10 крб. щомісяця до наступних загальних зборів. Крім цього, з неї було знято позику у 50 крб., яку брав її чоловік, 25 крб. виділили на придбання срібної лампади, замість тієї, що украли, до образу святого Олександра, спорудженого Товариством прикажчиків у 1891 році в Різдво Богородичному Соборі [27]. На цих же зборах Почесними членами Товариства було обрано Миколаївського міського голову В.О.Даценка, дійсного члена Товариства П.К. фон- Рейєра і купця М.Р.Авраамова; перших двох - за заслуги і співчуття до Товариства, а останнього за велике пожертвування. Їм було вручено дипломи Почесного члена Товариства.

Протягом 1900 року було видано позик на 1850 крб., надано допомогу в розмірі 240 крб. вдовам, 205 крб. на стипендії для виховання дітей найбідніших членів, знято з І.О.Злочевського борг (75 крб.), який він, в зв'язку із злиденним становищем, не міг повернути Товариству [27].

Але, не дивлячись на це, починаючи з 1899 року, кількість членів Товариства щорічно зменшувалась. Так, на перше січня 1899 року дійсних членів налічувалось 150, а на перше січня 1901 року - 124 [28]. Причиною зменшення кількості членів було: по-перше, занадто обережна витрата грошей на допомогу тим особам, які потрапили у скрутне становище. По-друге, дозвіл на видачу позик давало не правління, а ревізійна комісія, яку важко було зібрати. Тому нерідко траплялося, що допомога надавалась несвоєчасно. І, по-третє, позик видавалося надто мало.

18 лютого 1901 року відбулися чергові загальні збори прикажчиків-християн, де вирішили збільшити склад правління з 8 до 9 чоловік, продовжити видачу допомоги вдовам у розмірі 10 крб. щомісяця. На цих зборах планувалось розглянути проект статуту, вироблений другим Всеросійським з 'їздом представників товариств взаємодопомоги, але у залі знаходилось менш, ніж 2/3 всіх членів, і тому це питання було перенесено на 4 березня 1901 року. На зборах було запропоновано змінити і доповнити деякі параграфи статуту, про що було доручено правлінню повідомити Комісію в справі організації Третього з'їзду представників товариств взаємодопомоги.

6 грудня 1903 року за клопотанням правління Товариства, направленим Миколаївському градоначальнику, імператор нагородив голову правління П.І.Кокоша срібною медаллю на Аннінській стрічці за безвідплатне служіння Товариству протягом дев'яти років [29].

У лютому 1907 року на загальних зборах було вирішено відкрити клуб для відпочинку прикажчиків і їх родин з метою згуртування колективу. Дозвіл було одержано від Миколаївського особливого по товариствах міського присутствія 29 лютого 1908 року [30].

15 листопада 1909 року у Товаристві було відкрито бібліотеку. Ідея її відкриття належала Л.П.Білолипському, який пожертвував для неї частину своїх книг. Плата за користування книгами була встановлена мінімальна - 10 копійок за місяць, а через три роки вона була скасована.

Протягом 1909 року було видано позик на 1750 карбованців, стипендій на виховання дітей найбідніших членів Товариства - 310 крб., 785 карбованців - на безповоротну місячну допомогу вдовам і сиротам померлих членів [31]. Було також списано 60 карбованців, виданих родинам двох померлих членів, а всього було списано з рахунку 100 крб.

30 березня 1910 року Товариство купило будинок, який знаходився на розі вулиць Великої Морської і Різдвяної і належав Шамотульській. Таким чином, воно придбало у центральній частині міста свій культурний осередок - приміщення для бібліотеки, правління, загальних зборів і т.д. Будинок коштував Товариству 41100 крб. [32].

У листопаді 1910 року помер російський письменник Л.М.Толстой. З метою увічнення його пам'яті одну з безіменних стипендій Товариства було названо його ім'ям.

У кінці 1910 року Товариством було асигновано 200 крб. на спорудження нового кіота до образу, який знаходився в Різдво-Богородичному соборі і був побудований у 1881 році прикажчиками Миколаєва з метою вшанування пам'яті померлого у Бозі імператора Одександра ІІ. Кіот було споруджено у лютому 1911 року [33].

вересня 1911 року правління перейшло до раніше купленого будинку, і 18 вересня в приміщені правління було відслужено подячний молебень у зв'язку з переходом [34].

Через те, що Комісією Державної Ради було прийнято рішення збільшити робочий день до 15 годин на добу і більше, а також встановити торгівлю у святкові і вихідні дні протягом п'яти годин, правління одночасно з іншими товариствами 17 січня 1912 року звернулось до Санкт-Петербyзького Товариства прикажчиків з проханням відправити депутацію до Міністра торгівлі і промисловості для клопотання про скасування даного рішення, що і було зроблено.

травня 1913 року Санкт-Петербурзьке Товариство прикажчиків повідомило Миколаївське правління, що ініціативу скликання 4 Всеросійського з'їзду прикажчиків і комерційних службовців взяло на себе Московське товариство взаємодопомоги комерційних службовців. Правління Миколаївського товариства 20 травня звернулось до Московського товариства 3 проханням повідомити про програму занять 4 Всеросійського з'їзду прикажчиків, а також про гаданий час його проведення [35].

7 травня 1913 року на загальних зборах було заслухано