Треба відмітити, що фактичне змикання міського духовенства з буржуазною інтелігенцією наклало свій відбиток і на його політичні позиції. Священнослужителі майже повністю були відсутні в рядах революціонерів, але серед них під впливом демократичного руху та необхідності реформ поширилися ідеї "оновлення" церкви, які були співзвучні теоріям ліберально-буржуазної інтелігенції та відбивали устремління деяких кіл духовенства вийти з кризи, яку церква переживала на даному етапі.
Але ідею "оновлення" це духовенство до початку революції не наважувалося відкрито викласти перед загалом. Обновленський рух почався лише після січневих подій 1905 р. Починаючи з березня, у друкованих матеріалах стали з'являтися записки, які були складені від імені 32 петербурзьких священиків. Восени того ж року "група 32-х" перетворилася в Союз ревнителів церковного оновлення. Невеликі гуртки обновленців з'явилися майже на всій території Центральної Росії та України, не виключаючи й Одеси та Херсона. Головну увагу вони зосередили на становищі церкви у державі та її внутрішній перебудові (це була поява ідеї демократичного відокремлення церкви від держави та надання їй статусу самостійної та
незалежної одиниці. - Авт.).
Сільське духовенство в результаті того, що воно наближалося за рівнем доходів до селянства, стояло набагато ближче до своєї пастви, ніж міське. Цими обставинами, а також меншою розвиненістю селянського населення пояснюється той факт, що саме сільське духовенство (у порівнянні із міським) здійснювало більший вплив на прихожан. А в свою чергу і прихожани впливали на священнослужбовців. Тому під час першої російської революції частина сільського духовенства опинилася втягнутою в загальний потік селянського революційного руху.
Великий резонанс серед херсонського духовенства викликав указ 17 квітня 1905 р. про надання повної свободи всім віросповіданням. Архієпископ Херсонський та Одеський Димитрій (Ковальницький) заявив з цього приводу, що "на чолі оздоровлення й укріплення Росії поставили так звану "свободу совісті", "віротерпимість", що церкву зробили громовідводом і що посилення іновірства та сектантства супроводжується начебто обмеженням православ'я" [7]. Одеський місіонер М.А.Кальнєв доповідав, що після маніфесту "сектанти всюди заворушились та пожвавились, гордо підняли голови й стали у зухвале та наступальне положення по відношенню до православ'я." [8]. Це зумовило те, що херсонське духовенство в усіх революційних погромах та заворушеннях почало звинувачувати сектантів та іновірців: "Аграрні виступи селян, робітничі страйки затягнули й сектантів. Штундисти не тільки поставилися співчутливо до революційного руху, але й взяли у ньому гарячу участь, забувши про свої релігійні справи". Священик Пономарьов писав: "Проповідники-соціалісти для своїх цілей обирають насамперед сектантів і користуються ними як готовим контингентом невдоволених і навіть озлоблених людей". Тоді ж О.Шиманський доповідав, що "сектанти беруть діяльну участь у політичних мітингах, які проводяться лікарем у земській лікарні та приїжджими агітаторами в будинках сектантів. Велика дружба сектантів з медичним персоналом, який складається з поляків та євреїв, свідчить про те, що сектанти тепер вдарилися в політику..." [9].
Що стосується євреїв, то апофеозом антисемітизму в Херсонській єпархії стали події жовтня 1905 року в Миколаєві, Одесі, Херсоні та інших містах губернії. За офіційною версією, 18 жовтня велика група жителів Миколаєва, яка зібралася на Адміралтейській площі з національними прапорами і портретом царя, співала гімни і бралаучасть у молебні, яке проводило духовенство. Великий натовп, що незабаром з'явився, "переважно з одних євреїв, став вимагати припинення молебню, далі... посипалося каміння в портрет государя і відтіля ж пролунало декілька револьверних пострілів із лементами: "Геть царя, геть поліцію!" [10]. У відповідь на це учасники молебню почали бити євреїв, громити їхні квартири і магазини, а майно й товари, що викидалися на вулицю, відразу ж розкрадалися любителями чужого. У цілому постраждало 22 магазини, згоріли фабрика та лавка (згодом по місту циркулювали чутки про причетність городових до пограбування майна) [11].
У результаті погрому, що проходив одночасно в усіх частинах міста, постраждало 10 євреїв (троє з них померло в лікарні) [12]. Листівка комітету об'єднання соціал-демократичних організацій Миколаєва трактувала події інакше: натовп демонстрантів, що зіткнувся з групою, що моляться, складалася з російських робітників, причому абсолютно беззбройних (тобто про євреїв мова навіть не йде, бо їх там не було. - Авт.). Соціал- демократи були єдиними, хто виступив у Миколаєві на захист євреїв: "У результаті погромів зубожіють сотні сімейств мирних трудівників, надовго зупиняється торгівля, міста наповняються жебраками" [13]. Офіційна ж пропаганда представляла погроми як помсту "патріотів" євреям за їхню участь у революційному русі.
Але й херсонський архієпископ Димитрій також у своїй промові від 22 жовтня 1905 року засудив погроми, що відбулися в Одесі, побачивши в них один із проявів "смути" та "безпорядків": "Ось вже декілька днів на вулицях Одеси відбувається позорна смута: буйства, насилля, вбивства, розорення, пограбування. Велика кількість поранених та вбитих зробили наше місто в ці дні схожим на нещасне місто, яке взяв з бою дикий або на війні здичавілий, забувший усе людське, ворог. Ось до чого довели зборища всіляких страйкарів - шумні та безчинні! Від речей незаконних, нерозумних, люди бездіяльні перейшли до справи злочинної.
Православні! Ви виступили проти ворогів Царя: але в дійсності вороги закону і порядку причаїлися. І ви у збудженні побачили ворога в кожному іновірці- євреї. Про бунтарів скоро забули. А почалося ганебне для християн, посилене давньою ворожнечею