у 1798 році перейменовано в Ахтіар [11]. В цьому ж році припинено підготовку кадрів для флоту, у Миколаєві ліквідовано Кадетський корпус. 21 січня 1799 року адмірала М.С.Мордвинова було звільнено зі служби і заарештовано [12]. Чорноморський флот на чолі з адміралом Ф.Ф.Ушаковим відправлено у Середземне море, де більш ніж за два роки бойових дій "на суднах, які не відзначались ні міцністю побудови, ні задовільними якостями, часто при продовольчих злигоднях від недостачі свіжої доброякісної їжі, з перевтомленням від постійної непосильної роботи, втрата в суднових командах різних звань сягала до 400 чоловік, в числі яких померлих від хвороб було 301"[13].
Після вбивства Павла І, у березні 1801 року російський престол посів двадцятичотирирічний Олександр І. В цей час флот і суднобудування на Чорному морі знаходились у кризовому стані. Туреччина постійно загрожувала південним кордонам імперії, тому потрібні були кардинальні зміни як на флоті, так і в суднобудуванні. 10 серпня 1801 року адмірала М.С.Мордвинова було призначено на посаду віце-президента Адміралтейств-Колегії у Петербурзі. 8 вересня 1802 року виходить "Маніфест про заснування Міністерств", за яким серед інших було засновано і Міністерство Морських Сил, до відання якого відносилась Адміралтейств-Колегія [14]. Далі вийшла ціла низка указів щодо військово-морського флоту і суднобудування: 13 жовтня 1802 року "Про заснування Військової Канцелярії по флоту", 21 червня 1803 року "Про заснування Депо Карт при Чорноморському флоті", 8 березня 1805 року "Про реорганізацію Штурманської частини Чорноморського флоту" з затвердженням штату Чорноморського Штурманського училища, за яким кількість учнів мала дорівнювати 152 особам [15], 15 березня 1805 року "Про кораблебудування з приналежними до нього майстерствами по Чорноморському флоту", де було визначено на Чорноморських верфях будування корабля закінчувати за три роки, в Севастополі та Миколаєві кількість працівників на верфі мала дорівнювати 2520 особам [16]. Це ще неповний перелік указів, виданих щодо флоту в перші роки царювання Олександра І. Ці укази були результатом діяльності Комітету для створення флоту, який було засновано у вересні 1802 року на чолі з А. Р. Воронцовим, та щойно створеного Міністерства Морських Сил.
З іншого боку за реформами Олександра І йшла перебудова адміністративно-територіального поділу Російської Імперії. 8 жовтня 1802 року велика Новоросійська губернія була розділена на Миколаївську, Катеринославську і Таврійську. Миколаївська губернія складалася з чотирьох повітів: Херсонського, Єлисаветградського, Ольвіопольського та Тираспольського. Миколаїв було оголошено губернським містом. Севастополь знаходився на території Таврійської губернії, але про нього мова йде як про "місто, що повітів не має " [17]. З тих причин, що Новоросійський край був приєднаний до Росії не так давно, мав прикордонне положення, стратегічне значення як опорний воєнний пункт, для управління губерніями була установлена посада військового губернатора. Це була загальна практика для Росії першої половини ХІХ ст., коли система управління країною характеризувалася особливим адміністративно- територіальним поділом (намісництва, генерал- губернаторства, області, округи, військові губернаторства і т.д.) і наявністю специфічних, нерідко тільки для даного формування, установ і посадових осіб. В таких формуваннях військові і цивільні функції завжди зливалися, в одних установах поєднувалися адміністративно-поліцейські, фінансові та інші функції. Адміністраціям надавалася широка самостійність в діях, навіть незалежність від центральних і вищих урядових установ.
Миколаївським військовим губернатором і управляючим цивільною частиною Катеринославської, Миколаївської та Таврійської губерній у 1802 році було призначено генерал-лейтенанта Сергія Андрійовича Беклєшова, представника давнього дворянського роду Беклєшових. В своєму наказі від лютого 1803 року, даному Миколаївському військовому губернатору Беклєшову "Про посаду його по управлінню губерніями Миколаївською, Катеринославською і Таврійською", Олександр І пише: "В нових губерніях цих потрібні, імовірно, будуть, за винятком Катеринослава, різні будівлі як для розміщення Присутствених місць, так і для проживання начальників губерній і віце- губернаторів. Оглянувши казенні будівлі, які знаходяться в Миколаєві і Симферополі, і зваживши, що заново збудовано повинно бути, ви представите про те мені, щоб необхідні суми на будування могли в той же час бути асигновані; до того ж часу, якщо в казенних порожніх будинках буде нестаток, можете ви для розміщення Присутствених місць наймати обивательські будинки" [18]. Очевидно, що прибувши в Миколаїв, Беклєшов зовсім не знайшов вільних будівель для розташування губернських Присутствених місць через переповнення Миколаєва установами Чорноморського відомства. Через це 15 травня 1803 року вийшов новий указ "Про переведення губернського управління із Миколаєва в Херсон і про перейменування Миколаївської губернії Херсонською", в якому було вказано: "За відомостями від місцевого начальства доставленими, знаходячи незручним залишити губернське управління в Миколаєві, як через труднощі в опалюванні, так і тому, що Морське управління, яке там ще знаходиться, складає саме по собі обширну частину, ми признали за благо губернському управлінню бути в Херсоні, і внаслідок цього губернію Миколаївську іменувати віднині Херсонською" [19]. Миколаїв було залишено у складі Херсонського повіту Херсонської губернії, і в тому ж 1803 році місто було повністю підпорядковано морському відомству разом з шістьома адміралтейськими поселеннями [20]. Цікаво, що під час існування Миколаївської губернії Миколаєвом керувало відразу двоє: Миколаївський військовий губернатор та Головний командир Чорноморського флоту і портів. Їх функції стосовно міста перехрещувалися, і вони повинні були узгоджувати свої дії один з другим. Так, при вирішенні питання про