фінансування миколаївської поліції, Олександр І наказує Беклєшову: "включивши морських чиновників, що мають в Миколаєві свої будинки, в загальну з іншими жителями Поліцейську повинність, розподілити її порівну для всіх і знестися про це з адміралом де Траверсе" [21]. Наприкінці 1803 року Беклєшов помер [22]. Оскільки Миколаїв вже не був губернським містом, а повністю підпорядковувався морському відомству, очевидно, що управління містом вже у 1803 році повністю перейшло до Головного командира Чорноморського флоту і портів. До того ж 24 жовтня 1803 року вийшов загальний для всієї Імперії указ про надання морським начальникам прав військових губернаторів і присвоєння їм цієї назви, але рішення про те, які саме міста підлягають дії цього указу, ще не було прийняте.
14 листопада 1803 року було затверджено доповідь Комітету для створення флоту "Про надання флоту всіх вигод, як у побудові, так і в утриманні в портах", в якому Комітет "за корисне визнає головному військовому в тому краї порту і Адміралтейству бути в Севастополі..." Комітет наполягав на наданні Севастополю статусу суто воєнного порту: тоді б "припинились би шляхи до розголошення становища флоту нашого і, отже, відомості про вжиті заходи; військові люди, які знаходяться при ньому, при малих зносинах з купецтвом, не були б ніякими іншими предметами розважені і займались би одними військовими вправами." [23]. 23 лютого 1804 року Севастополь було оголошено головним військовим портом на Чорному морі. Купецьким кораблям вхід в нього було заборонено, "хіба що від шторму чи заради інших несподіваних випадків зайде в порт для ремонту або для врятування, а не для торгу" [24].
Таким чином, міста Севастополь та Миколаїв з адміралтейськими поселеннями біля нього виявилися повністю підпорядкованими морському начальству, тому у 1805 році було визнано доцільним до посади Головного командира Чорноморського флоту і портів приєднати посаду Миколаївського і Севастопольського військового губернатора. Що й було зроблено розпорядженням по Флоту від 20 березня 1805 року [25].
Ідея Г. О. Потьомкіна, його грандіозний проект про "гніздо російського Чорноморського флоту", нарешті, втілився у життя. Під началом Головного командира Чорноморського флоту і портів було об'єднано всі Чорноморські ескадри, порти, адміралтейства, верфі, інші підприємства морського відомства. В одну адміністративну одиницю, не дивлячись на територіальну приналежність, було виділено міста та селища, пов'язані з флотом та суднобудуванням: Миколаїв, адміралтейські селища Богоявленськ, Воскресенськ, Покровськ, Калинівку Херсонської,
Знаменку і Богданівку Катеринославської, Севастополь Таврійської губерній. Херсон не було включено, бо ще раніше він втратив своє значення через незручність суднобудування, військово-морськими справами там займалася особлива контора над портом, на чолі якої стояв капітан над портом, а у 1824 році адміралтейство в Херсоні було зовсім скасоване і переведене у Миколаїв [26].
Центром військового губернаторства стає Миколаїв, де в той час знаходилось Чорноморське Адміралтейське Правління. Миколаївське і Севастопольське військове губернаторство мало особливе призначення, його діяльність була присвячена виключно військово- морському флоту та суднобудуванню. Миколаївський історик ХІХ ст. Г. Ге писав: ". Миколаїв - оголошено особливим губернаторством. місто остаточно стає флотським; його цивільна громадськість відсувалась на задній план. З іншого боку, місто ставало незрівнянно ближче до вищого правління» [27].
А.Шмідт в "Материалах для географии и статистики России. Херсонская губерния" вказує, що управління Миколаївського військового губернатора знаходилось "в абсолютному непідлеглому відношенні до цивільного губернатора" Херсонської губернії [28]. Також і А.Скальковський відмічав, що Новоросійський край має, за винятком головного, або намісницького, п'ять особливих управлінь, з яких чотири не залежать зовсім від головного начальства, що перебуває в Одесі, серед них Управління Чорноморського флоту, портів і адміралтейських поселень" [29]. Управління Миколаївського військового губернаторства було звільнено від територіальної підлеглості цивільним Херсонському та Таврійському губернаторам, а також Новоросійському генерал-губернатору і безпосередньо підпорядковано Петербургу: по морських справах - Міністерству Морських Сил і, навіть, безпосередньо самому Морському міністру, бо Адміралтейств-Колегія стосовно Чорноморського флоту мала розглядати тільки ті справи, які "від Міністра до неї припроваджені будуть", по цивільних - Міністерству внутрішніх справ. Самому військовому губернатору надано фактично необмежену владу в губернаторстві, в своїх руках він одночасно поєднував військове і цивільне управління. Він мав пряме спілкування з Імператором, в особливих випадках міг доповідати в Сенаті. В Указі від 24 жовтня 1803 року написано: "для кращого порядку і зв'язку всіх відносин поставити морських начальників на права військових губернаторів і присвоїти їм це найменування. Тоді поєднуючи в собі всі частини як військового, так і цивільного устрою, будуть вони управлять всіма предметами, до порту і міста приналежними, без всякого винятку. При цьому порядку речей всі чиновники різних частин повинні бути їм підпорядковані і від них безпосередньо одержувати накази" [30].
На початку існування Миколаївського і Севастопольського військового губернаторства Головний командир, він же військовий губернатор, поєднував військові і цивільні функції таким чином:
На флоті він керував Чорноморським Правлінням, яке у 1808 році, за прикладом Адміралтейств-Колегії, було поділене на експедиції. При ньому існувала особлива канцелярія "Управління Чорноморського Департаменту". У віданні цього Департаменту були також депо карт і майстерня морехідних інструментів. Чорноморська виконавча експедиція відала адміралтейськими поселеннями;
Як військовий губернатор, він мав Канцелярію у Миколаєві, а в Севастополі його обов'язки виконував капітан над портом. У Миколаєві військовому губернатору