Військова еліта також не сприймала козацьку старшину. Хоча вільнокозацький рух і був частиною військового і вимагав створення регулярного українського війська, але мав певні особливості. Бувші старшини російської армії убачали в ньому анархію і партизанщину. З іншого боку, старшина у вільнокозачих формуваннях обиралась та часто-густо була в панібратських відносинах з козаками. Війна з радянською Росією показала високий патріотизм і бойову майстерність формувань Вільного козацтва. Українізовані частини зникали як сніг на сонці, а вільні козаки утримували значні території в тилу ворога і вели запеклу боротьбу. Тому відношення військової еліти до Вільного козацтва поступово змінювалось, але пережитки недовіри залишалися. Непідконтрольність та значна військова потуга, вимоги німецького командування про розброєння населення, політична позиція козацтва підштовхнули до прийняття рішення про його ліквідацію 5 квітня 1918 р.

Прийшовши до влади під гаслом відродження національної традиції в організації державного управління, ставши гетьманом, П. Скоропадський повинен був потурбуватися і про відродження козацтва. Якщо є в державі гетьман, тобто козацький проводир, то й опорою влади його належало бути насамперед козакам [13; 33]. Цей логічний ланцюжок спрацював, але значною мірою формально. Вимоги німців по роззброєнню населення, широкий демократизм Вільного козацтва спонукали П. Скоропадського 31 травня 1918 р. дати доручення військовому міністру видати наказ, який фактично підтверджував ліквідацію існуючих козацьких організацій та створення нового козацького руху [34, арк.78-80]. Це означало формування нових керівних органів і переслідування неокозацької еліти, бо її більшість не підтримала гетьманський переворот. Були заарештовані І. Луценко, Г. Воробйов (Горобець) і його брат М. Воробйов (Горобець), багато інших старшин. З іншого боку, формувалась нова козацька старшина з професійних військових лояльних до Української Держави. Тільки невеличка група на чолі з І. Полтавцем-Остряницею зберегла свої позиції. Таким чином, відбувся конфлікт між "старою" неокозацькою елітою і прихильниками П. Скоропадського. Козаки і старшини "старих" організацій Вільного козацтва з соціальних і національних причин стали в опозицію до Гетьмана. Підтвердженням цього стали масові повстання проти його режиму за участю вільнокозацьких формувань на Звенигородщині, Катеринославщині, Херсонщині. Нова козацька старшина також не стала правлячою, бо проросійські кола в уряді і Військовому міністерстві гальмували організацію козацьких осередків і частин. Крім того, не було єдності в розумінні місця та ролі козацтва в Українській Державі. П. Скоропадський виступав за становий характер козацтва, а І. Полтавець-Остряниця за міцну хліборобську політичну організацію. Закон Ради Міністрів Української Держави про відновлення українського козацтва був прийнятий тільки 10 серпня 1918 р., а практичні дії почалися після публікації Універсалу П. Скоропадського 16 жовтня 1918 р. [35, арк.9-10]. До повстання Директорії процес формування козацтва не набув розмаху і залишався на початковому етапі. Активну участь у протигетьманському повстанні брала і неокозацька еліта, так тільки загони Вільного козацтва захопили владу в Олександрівську, Катеринославі, Одесі, Єлизаветграді. Прихильники Гетьмана у Генеральній козацькій раді зайняли нейтральну позицію, бо не мали на своєму боці реальних збройних формувань. Осередки козацтва та нечисленні частини підтримали повстання Директорії. Роблячи висновок, необхідно зазначити, що в часи Української Держави спостерігався конфлікт між владою та неокозацькою елітою, а також між "старою" козацькою старшиною і прихильниками П. Скоропадського. Роз'єднаність та ворожість всередині неокозацької еліти не сприяли розгортанню козацького руху і зміцненню державності України.

У часи Директорії неокозацька еліта зайняла важливі посади в українському війську. Серед військової еліти УНР відзначались вільнокозацькі отамани Ю. Тютюнник, О. Волинець, Д. Терпило, М. Воробйов (Горобець), М. Омелянович-Павленко. У середині козацької старшини в політичній системі та війську виникли такі явища, як "отаманщина" і "партизанщина". Ми вже зазначали, що для ідеології вільнокозацького руху були характерні спроби відродження старих козацьких порядків ХУІІ-ХУІІІ ст., намагання захопити місцеву владу і підмінити органи місцевого самоврядування і державної влади. До того ж, козацький менталітет з його негативними рисами: авантюризмом, кар'єризмом, владолюбством - призводили до цих явищ. Але "отаманська ідея" мала об'єктивні причини і стала "третім шляхом" в часи Української революції та війн за незалежність. Відзначаючи негативні наслідки "отаманщини" для національно-визвольних змагань, відомий дослідник В. Савченко зазначає, що це продовжило у часі тривалість спротиву більшовикам після знищення регулярного українського війська. До того ж, в умовах відсутності зв'язку, транспортного сполучення, хаосу і безладдя надавала можливість хоча і в локальних масштабах вести боротьбу [36].

Важливе значення відіграла вільнокозацька старшина в організації повстансько- партизанського руху. Вона мала значний досвід партизанської боротьби ще під час першої війни УНР з радянською Росією і стала організатором та керівником цього руху. Більша частина відомих і менш відомих повстанських отаманів пройшли