Генеральний хорунжий турбувався за збереження хоругви, виконував церемоніальні функції та дипломатичні доручення гетьмана [25, с.349-350]. У реєстрі 1649 р. згадується хорунжий військовий Василь Томиленко [50, с.2]. У роки гетьманування Б. Хмельницького генеральними хорунжими також були Опанас Працовкін та Богдан Пешта [42, с.72]. Генеральний бунчужний зберігав бунчук; виконував церемоніальні функції, особливі доручення гетьмана [3, с.116-117].

Особливою турботою гетьмана в системі виконавчої влади була відповідальна та злагоджена робота полковників. Полковники, так само як гетьман, наділялися всією необхідною повнотою влади для здійснення адміністративно-управлінських та військових функцій на місцях. Посилення влади полковників пов'язане з передачею їм частини законодавчих функцій.

Безпосереднє керівництво полковниками здійснював гетьман. Як головнокомандувач війська та керівник воєнного штабу, він скликав наради, давав розпорядження і накази, листувався особисто або через Генеральну канцелярію. Забезпечення боєздатності полків, надходження до державної скарбниці покладалися на полковників. Полковники за наказом гетьмана брали участь в іноземних посольствах [33, с.311,318]. Наділивши полковників фактично необмеженими повноваженнями та ресурсами для керівництва адміністративно-територіальними одиницями гетьманату та дислокованими на їх території військовими підрозділами (полками), гетьман вимагав беззастережного виконання прийнятих ним наказів, контролював їх виконання, судив і карав винних.

Історик В. Кривошея поділяє полковників на повних та наказних. Дійсно, у звіті про слідство, проведене київським полковником Антоном Ждановичем у 1656 р. згадуються наказний полковник ніжинський Іван Креховецький, наказний полковник стародубський Михайло [33, с.519,521], відомі згадки про інших наказних полковників [33, с.552]. Однак, детальніший аналіз історичних джерел доби гетьманату Б.Хмельницького дозволяє виявити дві категорії наказних полковників. Наказні полковники, яких призначав гетьман, наділялися широкими повноваженнями [55, арк.1], ймовірно, виконували свої функції тимчасово [33, с.519; 41, с.117] до призначення полковника. Наказні полковники, яких призначали полковники, фактично виконували функції їхніх замісників [41, с.165]. Так, із відписки мінського воєводи Ф. Арсеньєва відомо, що білоруський полковник І. Нечай призначив наказним полковником Филимона Бутка [див.: 56, с.117].

Полкова адміністрація складалася з обозного, писаря, судді, осавула, хорунжого. Особливе місце у складі полкової старшини посідав городовий отаман полкового міста. Він залишався за державну владу в місті, якщо полковник з козаками свого полку під час війни вирушали до війська [33, с.496; 57, с.92]. "До керівників полкової артилерії зараховувалися осавул, військовий отаман, хорунжий, писар" [4, с.369; 33, с.418].

До сотенної адміністрації входили сотник, осавул, писар, хорунжий, городовий отаман сотенного міста. Посадові особи сотенної адміністрації дублювали функції відповідної полкової старшини в межах своїх компетенцій.

Отже, характерними ознаками всіх рівнів виконавчої влади в гетьманаті були слабка розділеність функцій та наявність усієї повноти влади в межах визначених Військовою радою і гетьманом компетенцій. Генеральний уряд та полковники знаходилися в подвійному підпорядкуванні - гетьмана та Генеральної ради.

Судову функцію гетьман передав генеральним суддям, сам виконував функцію контролю за козацьким судочинством. В особливо важливих або складних справах гетьман сам здійснював судочинство, або делегував повноваження надзвичайним судам. Так, у 1656 р. за наказом гетьмана у відповідь на звернення царських урядовців для проведення обшуку та слідства у справі Івана Дорошенка про відступ від Нового Бихова відбув до Ніжина київський полковник Антон Жданович. Крім А. Ждановича, до складу комісії входив представник від царського уряду Микита Сильвестрович Сивцов та сотник Ніжинського полку Тимофій Оникієнко. Комісія, взявши пояснення звинувачуваного та опитавши свідків, прийшла до висновку, що І. Дорошенко невинний. Проте, за розпорядженням А. Ждановича останнього тримали "в вязенью" до рішення гетьмана у цій справі. У справі Федора Костянтинова з Бахмача розслідування проводили вдвох А. Жданович та М. Сивцов [33, с.519].

Посада судді козацького війська відома з 1625 р. [5, с.73]. Генеральні судді, яких було двоє, входили до складу Генерального уряду, здійснювали вище судочинство [58, с.6]. Суддями Генерального уряду були (Семен ?) Бреус, Матіяш Онацький, Самійло Богданович Зарудний, можливо Герман Гапонович або Федір Лобода. Всього В.Кривошея нарахував 10 родин, які в часи Б. Хмельницького обіймали уряд генерального судді [42, с.71]. Генеральний суддя Самійло Зарудний їздив у складі посольства до Москви; із великою часткою ймовірності можна припустити, що саме він займався юридичним оформленням Березневих статей.

Суд на території полку здійснював полковник, сотні - сотник. Про делегування судової функції полковникам, сотникам, городовим отаманам йдеться в низці універсалів гетьмана [41, с.87; 59, арк.7]. Вважаємо, що полковники та сотники наділялися правом здійснювати правосуддя самочинно [див.: 11, с.28]. Однак, правомірність присуду контролював гетьман, який мав право судити полковників. Тому судочинство, особливо в складних кримінальних справах, здійснювали колегіально полкові та сотенні суди відповідно. За Б. Хмельницького судді відомі у Кальницькому полку Філон Немира, Могилівському - Силуян Мужиловський і Павло Окуркович, у Чернігівському - Андрій, у Ніжинському - Іван Нестеренко, Самійло Сухопара, у Стародубському - Андрій Семенович і Яцько Петрович, у Прилуцькому - Федір Лавринович, у Миргородському - Петро Михайлович і Михайло Райченко