З останньої чв. XVIII ст. будинок перейшов у власність київських купецьких родин. Садибу Усовичів по Спаській придбав у серпні 1810 року київський купець Іван Петрович Покровський.

Величезна пожежа на Подолі 1811 року знищила на будинку садиби (що був одноповерховим) дерев'яний дах. Пізніше у будівлі надбудували другий поверх, прикрасили фронтоном з двома колонами, згідно з проектом архітектора Андрія Меленського. В кінці XIX ст. будинок перейшов у спадщину до родичів Покровських - сім'ї Морачевських, які володіли садибою на Спаській до революції 1917 року (вся інформація по історії будиночку досліджена краєзнавцем Риммою Лякіною).

Після революційних подій 1917-1921 років будинок було націоналізовано і віддано під комунальні квартири, в 1980-х роках ці квартири було ліквідовано, і старовинна кам'яниця впродовж десятиліття була пусткою.

У 1963 році "будинок Мазепи" взято під охорону держави як пам'ятку архітектури (за № 28).

У квітні 1992 року з ініціативи громадських організацій Києва і представників української діаспори в місті було створено Фонд Івана Мазепи, який збирав кошти для реставрації будинку з метою подальшого створення в ньому музею.

З 1993 року Музей гетьманства ввійшов в структуру музеїв столиці України і працює рівноправно з іншими музеями міста.

За цей час сформовано колектив, фонди, бібліотеку, організовано численні історико-тематичні і мистецькі експозиції, науково-практичні конференції, дискусії, громадські та інші заходи. Науковці Музею постійно беруть участь у різноманітних культурно-просвітницьких проектах, акціях, співпрацюють із провідними вітчизняними істориками, письменниками, митцями, громадськими діячами, представниками української діаспори. У Музеї постійно діють фото-документально-речові виставки "Гетьман Іван Мазепа та його доба", "Гетьман Павло Скоропадський та Українська держава 1918 року", "Гетьман Пилип Орлик - автор першої Конституції України", "Симон Петлюра та його оточення", періодично відбуваються засідання дискусійного клубу "Гетьманська вітальня".

Поглянемо, про що розповідають експозиції музею.

Експозиція першого залу знайомить з історією будинку, з іменами та прізвищами добродійників - представників української діаспори, що викарбувані на бронзовій дошці. Порядок українських гетьманів за матеріалами видатних українських істориків (М. Максимовича. М. Грушевського, Н. Полонської-Василенко, І. Крипякевича, Ю. Мицика).

Основою зали гетьмана Богдана Хмельницького є триптих "Богдан Хмельницький" художника Андрія Юхимця та муляж корогви Б. Хмельницького з зображенням його родинного герба "Абданк- Сирокомля" (дарунок музею від голови Кременчуцького осередку об'єднання "Спадкоємці Богдана Хмельницького" В. Басаргіна); ошатне кольорове зображення (копія) титульної сторінки реєстру Війська Запорозького 1649 року; офорти відомого українського художника-графіка Олександра Данченка та ін.

Зал гетьмана Івана Мазепи розповідає як про основні віхи життєвого шляху гетьмана, дивовижні повороти його долі, так і про тогочасну козацьку державність в цілому. Тут можна побачити гравюру Василя Масютіна "Іван Мазепа", барокову гравюру (оригінал) художника Іларіона Мігури "Мазепа серед добрих діл своїх", виконану у 1706 році, добірку речей з козацького побуту, шаблі, гарматні ядра, люльки для куріння тощо.

В наступному залі відвідувачі знайомляться з діяльністю гетьмана в екзилі Пилипа Орлика - автора першої демократичної Конституції України (5 квітня 1710 року).

Серед експонатів, що розповідають про гетьмана Пилипа Орлика в залі є копія документу "Правовий уклад та конституції відносно прав і вольностей Війська Запорозького...", факсимільне видання "Щоденника" Пилипа Орлика (Гарвардський університет 1989 р.) та інші.

Одне з провідних місць в експозиції Музею посідає постать видатного державного діяча Павла Скоропадського - нащадка гетьманського роду, а також останнього гетьмана України. Доба його правління представлена документами і матеріалами з особистої колекції Скоропадських, які передала до Музею гетьманівна Олена Отт-Скоропадська: це особиста печатка гетьмана П.Скоропадського, деякі документи та фото з родинного архіву, колекція портретів гетьманів України та інші матеріали часів існування Української держави - Гетьманату 1918 р.

Виставка "Симон Петлюра та його оточення" розповідає відвідувачам про часи розбудови української держави в період Української Народної Республіки на чолі з Директорією. Серед експонатів цієї доби можна побачити лист Голови Директорії до міністра Холодного, листи Симона Петлюри та його дружини до дочки Лесі, грамоти і нагороди старшин Армії УНР. В основному, це експонати, передані до Музею нащадками вояків Армії УНР - П. Лимаренком, О. Сірополко, О. Юзенів, Л. Зєлик, Н. Соневицькою та іншими.

Окрім наукових експозицій, у Музеї працює виставковий зал, що є пам'яткою архітектури ХІХ ст., прикрашений двома білими з позолотою колонами.

З початків роботи Музею його науковці були в пошуках побудови сталої експозиції, тому кілька років працювали в режимі змінних наукових виставок. Першою в 1994 році була виставка: "Іван Мазепа - Великий гетьман України" (до 285 роковин смерті гетьмана) і одночасно з нею музей організував науково-практичну конференцію, присвячену Іванові Мазепі, яка мала досить широкий розголос як в Україні, так і за кордоном. У своїй резолюції конференція підтримала ініціативу Київського обласного товариства охорони пам'яток та Білоцерківського музею про встановлення пам'ятника на батьківщині гетьмана Івана Мазепи в його рідному селі Мазепинці. Відлитий у бронзі гетьман був замовлений на кошти відомого мецената з США, львів'янина