В журналі "Неопалима купина" (1-2 число) за 1995 рік була опублікована Ганною та Іваном Шовкоплясами перша на той час в Україні бібліографія гетьмана Івана Мазепи.

У 1997 році визначною історичною датою було 325-річчя з дня народження Пилипа Орлика. З цієї нагоди в музеї створена наукова виставка "Пилип Орлик - гетьман України в екзилі". Це була одна з найважчих виставок, бо подати гетьмана за повної відсутності матеріалів було непросто.

В квітні 1998 року було відкрито виставку "Павло Скоропадський та Українська держава 1918 року".

В наступному 1999 році в залах Музею гетьманства відбулася наукова конференція "Наказний гетьман Павло Полуботок". До неї були залучені відомі українські історики, колекціонери, які поділилися з нами своїми дослідженнями та матеріалами. Також одночасно була організована документально-речова виставка, присвячена Павлу Полуботку.

А до 250-річчя із часу відновлення гетьманства в Україні, у 2000 році, співробітники музею підготували наукову конференцію і виставку присвячену гетьманові України Кирилові Розумовському.

В музеї велася дослідницька робота з питань походження геральдики міст України та дослідження генеалогії української козацької старшини. Результатом стали публікації у монографіях та журналах. Питання геральдики гетьманського періоду висвітлені науковим співробітником Володимиром Панченком в книзі "Гербівник міст України". Ця праця вперше в незалежній Україні подавала (1994) інформацію про старовинні герби українських міст і містечок усіх регіонів.

У січні 2003 року розпочала свою роботу авторська прямоефірна радіопередача на каналі "Духовного відродження "Культура"" - "Наш родовід", що започаткував д.і.н. В.В. Кривошея (ведучою була директор Музею Г. Ярова).

З 1996 року в Музеї систематично проводяться засідання клубу "Гетьманська вітальня". Частими гостями вітальні є провідні науковці, журналісти, друзі та шанувальники музею.

Майже щорічно Музей видає збірник наукових праць "Козацька скарбниця".

На сьогодні фондова збірка Музею налічує 7 тис. одиниць збереження основного фонду та кілька допоміжного.

Бібліотека Музею гетьманства одна з найкращих в Україні серед збірок з козацько- гетьманської тематики і налічує більше трьох тисяч книг.

В музеї розроблений сайт (2007 р.) , який постійно оновлюється і є джерелом інформації про події, що відбуваються в музеї, для багатьох установ та окремих його відвідувачів. Також музей має електронну пошту, за допомогою якої спілкується з науковцями України та закордону.

1 ГГХ/ГГ

"Х" виносне.

"С" виносне.

3 Лігатура "АТ", "ПР", "ЧЕ", "±Т".