Докорінно для Голубів ситуація змінилась за часів Б.-З. Хмельницького та перших десятиріч Війська Запорозького. Жоден з представників роду не обіймає високих урядів у новій державі, хоча про участь останніх у перших роках боротьби за незалежність засвідчує козацький реєстр 1649 р., до якого вписано 5 представників роду. Серед них лише Василь Олефіренко має сотничу посаду [34, с.14,160,332], а бувший корсунський полковник Михайло Мануйлович зі Стеблева чи чигиринський отаман Костянтин Занкович записані серед звичайного козацтва [14, с.180]. Проте зазначимо, що К. Занкович, Г. Мануйленко та О. Зінченко у 1649 р. числяться в Чорнокам'янської сотні Білоцерківського полку [14, с.180], з якої була виділена у 1653-54 рр. Насташська сотня. Остання укомплектовувалась зі знатного козацтва шляхетського походження, яке виконувало роль особистої гетьманської гвардії [35, с.304-362]. Про те, що Голуби, під різними патронімами, належали до знатного рицарства Козацької держави свідчить входження молодших членів роду на керівні посади зазначеної сотні та їх фіксація під час присяги 1654 р. Так, Григорій Филипов був хорунжим, його син Іван Грещенко писарем, а згаданий К. Занкович стає осавулом Насташської сотні [15, с.56]. Тож, можна твердити про участь родини в подіях 1648-1650-х рр., як результат здобутків попередньої діяльності всього клану ще за часів Речі Посполитої. Зокрема, це підтверджується характеристикою московським урядником сотника В. Олефіренка у 1654 р., як "человек именитой" [36, с.442]. Помітний кар'єрний зріст в козацьких лавах починає простежуватись з другої половини XVII ст. Основною причиною цьому стала міграція представників роду з Правобережної України. Мотивація до переселення була й економічно обґрунтована. Лівобережна Україна не так постраждала від війн і мала значний резерв вільних земель [37, с.5-8; 38, с.11-13]. Більша частина родини опинилась на території Ніжинського полку. Так, у ньому осіли Голуби, Занковичі-Зіневичі, Мануйловичі та Олефіренки [39, с.100-107]. Завдячуючи вдалим шлюбам та перевезеному капіталу з останньої третини XVII - початку XVIII ст., нащадки Олефіра Голуба належать до провідної верстви Гетьманської держави. Так, серед генеральної старшини опиняються Костянтин Голуб та Іван Мануйлович, посади сотників займають Косма Алфьоров, Мануйло та Данило Зіневичі. Представники сімей Голубів, Зіневичів, Алфьорових та Мануйловичів інкорпоруються до замкнених груп військового товариства. Кілька поколінь Зіневичів знаходяться на службі в Генеральній військовій колегії. Але слід зауважити, що з кінцем XVII ст., родинні зв'язки фактично втрачаються. Набуття нових родичів та патронів формують окремі сімейні клани, вже не пов'язані із собою спільним предком. Так, Костянтин Іванович Голуб, розриваючи зв'язки із рідним братом, орієнтується на групу впливової старшини, що зосередилась навколо його зятя гетьмана Івана Самойловича [40]. Знаходячись при останньому на уряді генерального бунчужного протягом 9 років, після приходу до влади Івана Мазепи втрачає уряд та земельні надбання. Натомість за гетьманування Мазепи до числа військового товариства потрапляють Зіневичі та Алфьорови. Чітка орієнтація Косми Алфьорова на політику Івана Степановича дозволяє останньому посісти сотничий уряд в Старому Почепі і бути позбавленим його після Полтави [41]. Нащадки сотника вже не мали можливості отримати адміністративних посад і задовольнялись виконанням доручень канцелярій серед полкового товариства. З приходом до влади Івана Скоропадського, у 1709 р. козак Глухівської сотні Іван Мануйлович стає на один рік Генеральним суддею, що безперечно було ознакою проявленої лояльності до нової влади пасинка колишнього Глухівського сотника Василя Ялоцького та представника по жіночій лінії полковничого роду Зеленських [42, с.385-386]. Стрімка кар'єра І. Мануйловича розпочинається саме з володарюванням Скоропадського, який передає під його керівництво Глухівську сотню. Столичною сотнею Мануйлович керував понад 17 років, час від часу суміснюючи посади Правителя генеральної військової канцелярії та генерального осавула. Безпрецедентним фактом є його негласний патронат далеких родичів Зіневичів, одна з гілок яких навіть перебирає стару форму прізвища Мануйлович [43, арк.38-55]. Зіневичі посідають сотничі уряди в Новгород-Сіверському, проте не більше.

Нащадки сотника Василя Олефіренка (1649-1654 рр.), поріднившись із місцевими патриціанськими родинами, успадковують його уряд і надалі відбувають службу у числі військового товариства до ліквідації полково-сотенної системи в Україні [44, арк.43зв.-44]. Не останню роль в закріпленні родини в Роменській сотні відіграв син В. Олефіренка Кіндрат Васильович Войтенко, який замінив батька, вочевидь після смерті, на сотничому місці. Під час війни Івана Виговського із Московською Державою він всіляко декларував приязнь до східного царя і приймав у своєму місті