При цьому частина товарів після здійснення транзитних торговельних операцій залишалась в Січі для внутрішніх запорозьких потреб.
Кожний із напрямків характеризувався специфікою товарів, які проходили територією Вольностей. Це питання вже досліджувалось автором [39].
Крім тієї частки товарів, які залишались у Запорожжі, Кіш мав прибутки і від перевозів, через які проходили товари. Володіння ними було закладено в традицію для Війська Запорозького, а гроші, які отримували з перевозів наприкінці ХУІІ - на початку ХУІІІ ст., становили один із головних його прибутків. При цьому запорожці прагнули дотримання їхнього права володіння перевозами. Одним із головних у запорожців був Микитинський перевіз, через який проходили купці, що везли товари до Криму та у зворотному напрямку. Велике значення для Війська Запорозького мали Кодацький, Самарський, Бугогардівський і Білозерський перевози.
Російський уряд почав видавати розпорядження, які регулювали торгівельний рух одразу після переходу запорожців під російську протекцію. Так 19 серпня 1734 р. Вейсбах у листі І. Малашевичу повідомляв свій наказ про заборону пропускати купців із Криму та Туреччини, які прибували з товарами до Коша і збирались їхати в російські кордони через Кременчуцький та Переволоченський пости, натомість для витримання карантину пропуск дозволявся лише через Васильківський форпост, що знаходився на польському кордоні поблизу Києва [10.-С.81-82]. Але торговельні механізми з Росією були недостатньо налагоджені. Численні мита, які бралися з товарів на українських і російських територіях, стали найголовнішою проблемою в економічних відносинах Росії з багатьма суб'єктами імперії, і Запорожжя не було винятком. Слід зазначити, що для Запорожжя було економічно вигідно бути частиною загальноросійського ринку. У цьому був зацікавлений і російський уряд, який з початку 40-х рр. ХУІІІ ст. почав створювати більш сприятливі умови для вдосконалення торговельного механізму.
Щоправда, торгівельні проблеми між російським урядом і Кошем налагодились не відразу. Кошовий І. Хомич у двох листах від 11 квітня та 18 травня 1740 р., адресованих відповідно Київському генерал-губернатору М. Леонтьєву та Переволоченському коменданту Д. Опончиніну, скаржився на заборону проїзду чумаків і купців до Гетьманщини та Польщі, яка діяла у зв'язку з російсько-турецькою війною 1735-1739 рр. та через можливу пошесть. Зазначалось, що до війни українські та російські купці переїжджали через форпости на Низу Дніпра. Кіш просив М. Леонтьєва, щоб козакам, "котрие з пашпортами ходят", був дозволений проїзд до Гетьманщини та Польщі.
Подібне прохання було і в листі Д. Опочиніну: щоб пропускали козаків з паспортами від Коша, які з рибою "и для протчих прикупов в Малороссию идут..." [36.-С.5-7]. А 21 червня з Києва Опочиніну писали, що з приводу пропуску запорожців з рибою через Мішурінорізький ретраншемент і Переволочну слід звертатись до Генеральної військової канцелярії. 3 липня в донесенні до Київської губернськоїу канцелярії від Опочиніна бачимо, що з пашпортами від кошового прибуло 35 козаків на 90 возах, щоб продати рибу та купити хліба, але вони не були пропущені [39.-Арк.16]. Проте, якщо з 1740 р. виникали ускладнення в торгівлі, то вже грамотою від 16 вересня 1742 р.(п. 5) встановлювалась спрощена процедури проходження для купців через запорізький кордон.
Слід зазначити, що існували численні зловживання на місцях, де постанови російського уряду не завжди виконувались. Разом із тим з другої половини ХУІІІ ст. російський уряд почав вживати заходів щодо контролю над південним напрямком транзитної торгівлі, який особливо посилився після проведення митної реформи. Він проявлявся у регламентації товарів, які проходили до Туреччини й Криму, та у впровадженні на Микитинському перевозі посади перекладача, який призначався Колегією закордонних справ і видавав квитки всім, хто їхав у південному напрямку, що мало на меті встановлення контролю за переміщеннями купців на південному кордоні. Надалі встановлювався контроль і над зборами з перевозів. Перш за все, російський уряд прагнув вдосконалення проходження товарів на південних і південно-західних напрямках, які йшли територією України й Запорожжя, а тому не повністю контролювались Росією.
Особливості геополітичного положення Вольностей полягали і в тому, що після проведення митної реформи Запорожжя опинилось поза митними кордонами Російської імперії.
Поставивши митниці на кордоні Запорожжя з іншими суб'єктами імперії, уряд відразу відкинув Січ за межі торговельного поля Росії, що ускладнювало південну торгівлю Росії та північну запорозьку. Тому з обох сторін вживались заходи щодо налагодження процедури проходження товарів через російсько-запорозький кордон.
Особливості геополітичного положення в контексті проходження торговельних шляхів дуже яскраво проявились у торгівлі сіллю. З одного боку, Запорожжя мало власні соляні видобутки й постачало цей продукт у північні території. З другого боку, цих запасів було недостатньо, і купці везли сіль територією Вольностей з Криму. При цьому стосовно соляної торгівлі Крим був у залежності від Запорожжя, яке могло не пропустити ватаг, що прямували туди. Вимагаючи від чумаків пропускних квитків із Коша, Крим разом із тим був зацікавлений, щоб вони вирушали на півострів за сіллю. Саме з таким проханням наглядач соляного озера звернувся до кошового П. Федорова 25 червня 1764 р.
Значної шкоди зазнала запорозька економіка від Новосіченського ретраншементу. Офіцери цієї військової застави протягом 1757-1760 рр. заважали веденню торгівлі Запорожжя з Гетьманщиною. Із червня 1757 р. запорожці повідомляли К. Розумовському, що ватаги, які йшли з Малоросії за рибою та сіллю, висловлювали невдоволення, що офіцери Новосіченського ретраншементу