Робота Комісії ООН зі справ людини та Спеціального доповідача по колишній Югославії була спрямована як на захист прав людини, так і на розслідування повідомлень про порушення Женевських конвенцій. Для цього були створенні групи по гуманітарній кризі для системного збору інформації про порушення у сфері прав людини у Боснії і Герцеговині, СРЮ, Македонії, Хорватії [31, с.194]. Зібрані дані передавались Спеціальному доповідачеві, який звітував перед Радою Безпеки ООН. Діяльність груп для системного збору інформації дозволила Міжнародному Комітету Червоного Хреста, УВКБ та правозахисним організаціям під егідою ООН звільнити значну кількість незаконно заарештованих осіб [32, с.306].

Слід відзначити, що захист мирного населення під час міжетнічного конфлікту в колишній Югославії у першій половині 1990-х рр. потребував від міжнародної спільноти застосування військової сили. Причинами цього були: тривала облога міст, невиконання ворогуючими сторонами домовленостей про вивід важкої артилерії з "безпечних зон", взяття у заручники персоналу СООНО, необхідність налагодити безперебійне постачання гуманітарних вантажів. Саме ці фактори спонукали Раду Безпеки ООН та НАТО до проведення спільних військових операцій [33, с.31-32]. Це рішення Ради Безпеки ООН і НАТО викликало неоднозначну реакцію у світі, бо представники багатьох країн світу наголошували на можливості проведення більш інтенсивного діалогу зі сторонами конфлікту щодо початку мирних переговорів. Одним із прикладів спільних військових дій ООН і НАТО було нанесення повітряних ударів авіацією НАТО по позиціям боснійських сербів у 1993 р. Внаслідок цього боснійські серби зняли облогу з м. Сараєво і почали проводити демілітаризацію спеціально визначених "безпечних зон".

У будь-якому разі, військові операції ООН і НАТО стали вимушеним кроком, оскільки до облогових районів доступ міжнародних організацій був закритий, населення перебувало на межі гуманітарної катастрофи. Також слід зазначити, що серія мирних переговорів під егідою Європейського співтовариства щодо відкриття доступу до облогових міст чи щодо припинення вогню по цивільним об'єктам результатів не мала [20, с.300-334].

Рада Безпеки ООН постійно координувала роботу різноманітних організацій у зоні військових дій у відповідності до потреб мирних жителів. Співробітники правозахисних організацій, зокрема "Хьюман райтс вотч" та "Хельсинки вотч", впродовж першої половини 1990-х рр. зібрали великий обсяг інформації щодо кількості загиблих та поранених, біженців, ситуації в республіках колишньої Югославії. Представники цих установ проводили бесіди з біженцями та переселеними особами у таборах для біженців, отримували постійні повідомлення від свідків злочинів про факти масового насилля і порушення прав людини [34, с.199- 212]. їх діяльність була пов'язана з роботою Міжнародного Комітету Червоного Хреста, УВКБ, СООНО, ЄС.

Міжнародний Комітет Червоного Хреста на основі отриманих даних з різних джерел складав списки зниклих без вісті осіб, передавав до УВКБ інформацію про рідних біженців, проводив реєстрацію бажаючих повернутись до рідних місць, визначав розміри гуманітарної допомоги і відслідковував загальне становище всіх груп населення у колишній Югославії [30, с.218-224]. УВКБ при сприянні інших організацій намагався вирішити весь комплекс проблем, пов'язаних з біженцями та переселеними особами. Зокрема, проводив тривалі переговори з хорватською та боснійською владою про можливість повернення цивільного населення. З цією метою робітники УВКБ вивчали умови на місцях колишнього проживання цієї категорії населення, слідкували за особами, які повертались. Особливо складними при поверненні біженців залишались питання про подолання бюрократичних перешкод з боку місцевої влади та надання переселеним особам статусу біженців.

Паралельно міжнародні організації проводили роботу із вивчення гуманітарної ситуації як в зонах військових дій, так і на тих територіях, де конфлікт вже завершився. Акцент робився на збір та аналіз інформації про можливість мирного і безпечного співіснування різних етнічно-релігійних груп.

Під час проведення гуманітарних і миротворчих місій, представники різних організацій отримували дані про скоєння військових злочинів. Основними джерелами подібної інформації були бесіди з жертвами злочинів, інтерв'ю з біженцями, повідомлення у ЗМІ, дослідження військових журналістів, звіти підрозділів СООНО та міжнародних спостерігачів. Інформація про злочини викликала збентеження світової спільноти, тому що у зоні локальних дій діяли концентраційні табори, в яких масово знищували людей за етнічними і релігійними мотивами, сотні тисяч мирних жителів ставали жертвами широкомасштабних злочинів.

Тому Рада Безпеки ООН, керуючись отриманою інформацією, створила Комісію експертів ООН [35]. Вона мала провести детальне розслідування на місцях масових злочинів, організувати низку місій для збору документів і речових доказів для підтвердження фактів порушення Женевських конвенцій. При цьому Рада Безпеки ООН залучила до співпраці з Комісією експертів ООН Комісію ООН із захисту прав людини та її Спеціального доповідача по колишній Югославії, групи дій по правам людини, УВКБ та правозахисні організації. Подібний підхід значно розширив можливості і територію роботи Комісії експертів. Детальна інформація про військові злочини часто надходила від Спеціального доповідача, який направляв у різні райони своїх представників. Вони координували свою роботу з групами дій по правам людини, Міжнародним Комітетом Червоного Хреста, Управлінням Верховного комісара ООН у справах біженців. Така структура роботи забезпечила послідовний і комплексний підхід до вивчення ситуації у колишній Югославії та до збору даних; сприяла детальному та поглибленому розслідуванню військових злочинів. Співпраця різних агенцій визначалась ООН у межах мирного процесу врегулювання конфлікту, тому