Відіграючи важливу роль у боротьбі проти турецько-татарської агресії, Запорозька Січ поступово перетворюється також у політичний центр українського народу, який піднімався на збройну боротьбу проти панування шляхетської Польщі.

З кінця XVI ст. боротьба народних мас України проти польської шляхти і місцевих експлуататорів виливається у великі селянсько-козацькі повстання, які одно за одним потрясали Україною і Білоруссю. Головною силою цих повстань були селянські маси, а також міська біднота і козацькі низи, які боролися проти польських магнатів, проти соціального і національного гніту. У повстаннях нерідко брали участь і реєстрові козаки, права яких магнати і шляхта постійно порушували: захоплювали землі реєстрових козаків і всіляко їх утискували. Тоді, як частина заможної козацько-старшинської верхівки йшла іноді на угоду з польською шляхтою, рядові козацькі маси разом з селянством і міською біднотою вели непримиренну боротьбу.

Запорозьке козацтво було активним учасником усіх селянсько-козацьких повстань. Виступ козаків із Січі на волость, в район Придніпров'я, де починався рух народних мас, звичайно був поштовхом до розширення цього руху, підносив повстання селянських мас на нову висоту.

Запорозькі козаки були найорганізованішою і найдосвідченішою у військовому відношенні частиною повстанських сил. Запорозька Січ озброювала повстанське військо артилерією, поповнювала запаси зброї. Після окремих невдач або поразок найактивніші учасники повстань вирушали на Запорозьку Січ і там збирали сили для нового виступу. Багато керівників селянсько-козацьких повстань починало свою діяльність в Запорозькій Січі. Із середовища запорозьких козаків вийшли найвидатніші керівники повстань, які боролися за повалення польсько-шляхетського гніту.

Перше велике селянсько-козацьке повстання в Україні, яке охопило велику територію — Київське, Брацлавське і Волинське воєводства — було під проводом Криштофа Косинського.

Український шляхтич князь О. Вишневецький (староста черкаський і канівський) повідомляв у травні 1593 р. у Варшаву про те, що Косинський ставив своїм завданням "перевернути догори ногами все прикордоння і знищити всіх панів". За словами Вишневецького, Косинський присягнув "великому князеві московському з усім своїм військом і піддав йому уже все прикордоння більше ніж на 100 миль на тих кордонах, і в листі своєму до них великий князь московський писав себе уже царем запорозьким, черкаським і низовським і послав на Запорожжя сукно та гроші".

Друге повстання очолив С. Наливайко. Польсько-шляхетський уряд, вбачаючи у Наливайкові небезпечного політичного противника, публічно стратив його у Варшаві, відтявши йому голову.

Придушивши повстання 90-х рр. XVI ст., польсько-шляхетський уряд оголосив козацтво поза законом. Король запропонував шляхті хапати козаків, не дозволяти їм збиратися "в купи", карати їх на смерть, не пропускати нікого в Запорожжя та зі Запорожжя. Але урядові закони не могли ні знищити козацтва, ні припинити його розвитку.

Враховуючи ту небезпеку, яку становило козацтво пануванню шляхетської Польщі в Україні, майже всі польські сейми на початку XVII ст. ухвалювали постанови про придушення козацтва. Але послати проти козаків збройну силу польський уряд не мав змоги, зважаючи на загрозу війни з Туреччиною.

У вересні 1617 р. польський уряд уклав з Туреччиною мир, за яким зобов'язувався приборкати і знищити козацтво. Після цього гетьман Жолкєвський і королівські комісари з коронним військом вирушили в Україну. Але сутички між коронним військом і козаками не сталося через компромісну позицію запорозької козацько-старшинської верхівки на чолі з П. Сагайдачним. У жовтні 1617 р. в урочищі Суха Вільшанка на Київщині між королівськими комісарами і козацькою старшиною було укладено угоду, яка забезпечувала деякі права реєстрових козаків, але встановлювала їхню кількість, як наполягали королівські комісари, в одну тисячу осіб. Козаки, не вписані до реєстру, під загрозою смертної кари повинні були повернутися під владу королівських старост і своїх панів. Реєстрові козаки мали право перебувати тільки на Запорожжі, їм суворо заборонялося виходити на волость, а також робити походи на Туреччину і Крим.

Вільшанська угода, спрямована на зменшення кількості козацтва, не була дотримана, причому сам польсько-шляхетський уряд, намагаючись використати як реєстрових, так і нереєстрових козаків для нової інтервенції проти Російської держави, фактично скасував її.

У 1617—1618 рр. польський королевич Владислав зробив останню спробу захопити Москву. Польському урядові за сприяння частини старшини на чолі з гетьманом реєстрових козаків П. Сагайдачним, яка займала угодовську позицію, у 1618 р. вдалося організувати козацький загін для походу. Козацтво сподівалося домогтися цим розширення своїх прав.

Проте спроби польських панів оволодіти Москвою, як відомо, провалились і цього разу. Однією з причин провалу цього польсько-шляхетського походу було небажання козацької маси воювати за чужі їй інтереси. Велика частина українського козацтва була незадоволена загарбницькою війною шляхетської Польщі проти Московської держави. Серед запорожців навіть визрів план спільно з донськими козаками зажадати від польського короля збереження миру з Московією і звільнення Смоленська.

Про незадоволення українських козаків антимосковською політикою польського уряду свідчить і той факт, що багато козаків із загону Сагайдачного відмовилося повернутися в Україну під владу шляхетської Польщі. Цілий полк козаків у складі 609 осіб на чолі з полковником Жданом Коншиним перейшов на службу до московського уряду. До того ж, під час походу королевича Владислава на Москву в Україні з новою силою розгорнулися селянсько-козацькі заворушення, які в 1618 р. набули ще більших розмірів, ніж у 1617 р. Ці заворушення досить стривожили шляхту й польсько-шляхетський уряд і були одним із важливих факторів, які примусили шляхетську Польщу припинити війну проти Москви.

У зв'язку з припиненням війни польський сейм на початку 1619 р. ухвалив зменшити кількість козацтва. Для виконання постанови сейму король призначив комісію з магнатів, яку повинен був супроводити зі збройною силою гетьман Жолкєвський. У1619 р. була укладена так звана Раставицька угода, яка ґрунтувалася на рішеннях Вільшанської комісії.

Але й Раставицької угоди не було дотримано. Козацька маса не визнала цієї угоди. Сам Сагайдачний незабаром почав відходити від політики угодовства щодо польсько-шляхетського уряду, вирішивши перейти під владу Москви. Цей політичний крок Сагайдачного відбивав незадоволення, яке зростало серед козацтва, в тому числі й заможного, агресивною політикою польсько-шляхетського уряду. У 1620 р. запорозькі козаки відправили до Москви посольство на чолі з Петром Одинцем, яке привезло з собою полонених татар-"язиків" і листа від гетьмана Петра Сагайдачного та від усього Війська Запорозького на ім'я царя Михайла Федоровича.

Таким чином, запорозькі козаки на чолі з Сагайдачним виражали готовність перейти на службу до московського царя і взяти участь у боротьбі проти всіх ворогів Московії, в тому числі проти шляхетської Польщі. Але московський уряд, враховуючи становище країни, вважав несвоєчасним йти на порушення перемир'я і загострення взаємин із Польщею. Він не вважав можливим прийняти пропозицію запорозького козацтва, хоч у Москві запорозьким посланцям було сказано, що цар гетьмана і все Військо Запорозьке за це "похваляет" і в своєму "царском милостивом жалованье.., имети хочет...". Запорожці одержали від московського уряду 300 рублів, а посольство одержало подарунки "денгами, й тафтами, й сукном, й шапки".

Незважаючи на відмову Сагайдачного від політики угодовства щодо польсько-шляхетського уряду, козацькі маси, незадоволені його попередньою діяльністю, спрямованою на зменшення кількості козацтва, скинули його з гетьманства і обрали гетьманом Яцька Бородавку. Проте Сагайдачний не зійшов з політичної арени. Залишаючись козацьким полковником на волості, він взяв активну участь у боротьбі проти унії і католицтва. Цю боротьбу очолювало Київське братство (засноване близько 1615 р.), яке об'єднало київських міщан, православне духовенство і частину української шляхти. Сагайдачний, ще будучи гетьманом, вступив до братства з усім козацьким військом. Спираючись на підтримку козацтва і Сагайдачного, братство домагалося відновлення православної церковної ієрархії, що майже припинила своє існування з кінця XVI ст. у зв'язку з переходом в уніатську церкву частини вищого православного духовенства.

У 1620 р. в Києві єрусалимський патріарх Феофан, який повертався з Москви, висвятив нового митрополита та єпископів для православної церкви України і Білорусі. Це був важливий політичний акт, який зміцнював позиції українського і білоруського народів у боротьбі проти насильної католицько-уніатської політики Польщі за свою національно-культурну незалежність, за збереження і зміцнення зв'язків з братніми народами. Після відновлення православної ієрархії стосунки між козацтвом і польським урядом ще більше загострилися, але агресивна політика Туреччини, яка загрожувала життєвим інтересам Польщі й України, тимчасово послабила цю гостроту. У 1621 р. 40-тисячне козацьке військо на чолі з Сагайдачним, який знову був обраний козацьким гетьманом, взяло участь у боях польської армії проти величезної турецько-татарської армії під Хотином. У цих боях