Подальші події переконливо продемонстрували згубність цієї акції для стабільності в Україні. М. Гру шевський був переконаний, що саме ця царська грамота разом з коментарями і доповненнями до неї М. Стринжі та І. Донця викликала нове зростання напруженості у Війську Запорозькому, епіцентр якої перемістився із Січі, що формально визнала гетьмана І. Виговського і змістила кошового Барабаша на Полтавщину.
Небезпечність цього прецедента добре усвідомлювали Виговський і його оточення, які прагнули не допустити контактів Запорожжя з Москвою або переконати царський уряд в їх небажаності. Однак загроза виникнення громадянської війни змушує гетьмана наполегливо шукати шляхи легітимізаціі власної елекції в Москві. Тому на початку 1658 р. позиція гетьмана у взаєминах з царем значно пом'якшується. Сподіваючись на підтримку Москви в конфлікті з опозицією, І. Виговський під час зустрічі з окольничим Б. Хитрово в Переяславі дає принципову згоду на розміщення московських залог, очолюваних воєводами в українських містах, виведення козацьких військових формувань з території Білорусії. Судячи з наказу Хитрово, цілком ймовірно, що в Переяславі обговорювали також питання про організацію фінансової служби в Україні, утримання ратних людей за рахунок місцевих податків. Поступки Виговського Москві мали умовний характер. Остаточна їх реалізація і наповнення конкретним змістом взятих зобов'язань відкладалися до візиту гетьмана в Москву і безпосередньо пов'язувалися з визнанням правомочності гетьманської елекції та наданням політичної і військової допомоги в боротьбі з опозицією.
В Україні залишалося дедалі менше сил, на які І. Виговський міг би покладатися. Тому до літа 1658 р. гетьман підтримував активні контакти з Москвою, прагнучи використати авторитет московського царя та допомогу ратних людей для знешкодження опозиції. Так, приблизно в другій половині лютого до Москви виїхали Филон Гаркуша та Мартин Яцківський. Після Переяславської ради, присягання І. Виговського цареві та принципової згоди гетьмана з вимогами Хитрово, здавалося б, Москва повинна була рішуче підтримати його в конфлікті з опозицією. Однак з України до Москви надходила суперечлива інформація, що викликало занепокоєння царського уряду. І все ж головна причина продовження подвійної гри московської дипломатії в Україні, на нашу думку, полягала в намаганні зберегти сильну опозицію гетьманського осередку, що, як свідчили події кінця 1657 — початку 1658 рр., давало змогу успішніше проводити в Україні свій політичний курс.
І. Виговський не здатний був полагодити суперечності, які виникали в Українській козацькій державі. Царський уряд став для України якимось суперарбітром, до якого зверталися різні українські групи за допомогою в боротьбі з "внутрішніми супротивниками".
Москва бачила, що в "черкаських городах" не все гаразд, і, вміло використовуючи цю вигідну позицію, нацьковувала одних на інших, навмисне розпалюючи вогонь міжусобної боротьби в Україні. Насамперед вона намагалася обмежити владу гетьмана і ослабити новостворену козацьку аристократію.
Нездатність "значних" домогтися в Україні такого становища, аби "було єдине стадо й єдиний пастир" (цей вислів цитує Петро Дорошенко у листі до січовиків, символізуючи так тенденцію своєї політики), створила Москві опору в соціальних низах українського суспільства, які пішли за московською політикою на шкоду Українській державі і врешті на шкоду собі.
Тут варто зазначити, що в січовім товаристві була незначна кількість козацтва, яка б сприяла зміцненню заснованої В. Хмельницьким держави. Запорожжя, за традицією ще з польських часів, дбаючи про свої інтереси, вело боротьбу з "бусурманами" і цим самим часто ставало на перешкоді планам українських гетьманів. Безкраї степи своєрідно позначилися на характері запорожців, їхні заняття — рибальство, мисливство, відоме здавна "уходництво" — не виробили у них звички до дисципліни. Небезпеки степового життя не давали змоги впорядкувати побут. Тому в Січі економічна диференціація була малопомітною. Запоріжжя не могло стати незалежною державою, але після смерті Б. Хмельницького не хотіло підлягати І. Виговському. Воно було, так би мовити, державою в державі.
Отож січове товариство жило не розрахунком, а емоціями, хвилинним настроєм. Влучну характеристику політичного розвитку Січі дав гетьман П. Дорошенко в своєму "обличительному" листі до січових братчиків: "...ви, мешкаючи, як пустельні звірі, у відлеглих від своєї вітчизни низово-дніпровських лугах, тернах і вітках, нічого, що діється в світі та вашій вітчизні, досконало не знаючи...".
Запорожці, як уже зазначалось, були невдоволені тим, що їхніх представників не покликали на раду в Корсуні, де підтверджувались гетьманські права І. Виговського. Одразу ж посланці з Січі поїхали зі скаргами в Москву, що "поставили гетьманомъ Ивана Выговского войска запорожского полковники й вся старшина городовая, а чернь й все войско запорожское о томъ рады не имъли про то не въдали". Скаржилися вони як на цей факт "узурпації" прав Січі, так і на інші, неприйнятні для запорожців вчинки нового гетьмана. Січ претендує на своє виняткове право обирати гетьмана. А сталося так, що січовиків обминули, хоча І. Виговський і зветься "гетьманом Війська Запорозького".
Цей титул українських гетьманів накоїв чимало лиха козацько-українській Речі Посполитій, бо це давало привід Запорожжю втручатись у державні справи на тій підставі, що, мовляв, "нами пишеться" гетьманська влада, а з нашим голосом рахуватися не хоче.
Насправді "Військом Запорозьким" називало себе городове козацтво, а також так писалися й січовики, які вважали себе за патриціїв у "Війську Запорозькім". Але минуло вже десять років з часу обрання Б. Хмельницького гетьманом на Січі, як центр ваги перемістився в городову Україну. Січовики не відчували зміни ситуації і за традицією вважали себе сіллю української землі. Михайло Іваненко та його товариші звернулись до Москви з вимогою: "Щоб бути раді у них в Запорожжі, бо й попередніх гетьманів вибирано з Запорожжя: тут у них столиця запорозька".
Січовики постають проти права українського уряду мати стосунки з чужоземними державами. Вони перехоплюють листи Виговського до хана і передають їх у Москву. Запорожці пам'ятають, що "за попередніх польських королів вони Військом Запорозьким без королівського відома послів із інших держав не приймали". Січ вважає, що Україна лише змінила своє підданство, і цілком зрозуміло, чому вона звертається до московського уряду зі словами: "...никакихъ листовъ не смъютъ посилать безъ відома вашей царской милости".
Січ проводить свою сепаратистську закордонну політику. Б. Хмельницький та І. Виговський уникали зачіпати татар і турків, намагалися втримати хана від союзу з Польщею, оскільки це загрожувало Україні. Іншої думки були січовики. Війна з Кримом для них була необхідною, як хліб. Через окрему політику Січі взаємини українського уряду з Кримом були нестабільними. Крим міг вірити дружнім запевненням І. Виговського, однак знав, що Січ гетьманові не підкоряється.
Відстоюючи в Москві свої "вольности", Січ втягує чужу силу у внутрішні справи України, в результаті чого від вольностей залишається тільки назва: "... І коли б після того новообраний гетьман будь-чим провинуватився перед царським величеством, і вони напишуть про те до царського величества, і за той переступ його перемінити". Отже, тактика Москви була підказана Україною.
Січовики мали намір з допомогою Москви влаштувати загальні перевибори старших у Війську Запорозькім: "Так же й иные полковники потому жъ бы положили знаки всъ принадлежности войсковые".
Боротьба між "черню" та "значними" увійшла в таку стадію, що Військо Запорозьке, яке під проводом Богдана Хмельницького перемогло Польщу, тепер нищило само себе у внутрішніх суперечностях.
Москва налагоджує тісні зв'язки з козацькою черню, підтримує січовиків, нацьковує посполитих на власників маєтків. Московський уряд на своїх землях суворо й нещадно придушує будь-який селянський рух. На Білій Русі московські воєводи карають селян за те, що записуються в козаки, і самих козаків українських не милують: "И тъмъ, кто пишеть й напишется, чинить жестокое наказаніе, а иныхъ въшать". А в Україні ті самі воєводи роздають населенню "прелестные листы" відверто революційного змісту. Київський воєвода Шереметьев 2 січня 1659 р. у листі "Войска Запорожского сотникомъ и отаманомъ и козакомъ й всей черни" сповіщає про наміри Виговського: "Побивъ вас й домы ваши разорять, хотятъ бытъ въ черкаскихъ городахъ й маетнос-тямы владеть по прежнему".
Серед духовенства українського також траплялися особи, які вороже ставилися до нової козацької аристократії.
Централістична Москва для послаблення і підриву авторитету гетьманської влади всередині країни вступає у стосунки з "підданими Війська Запорозького", минаючи гетьмана. Це надзвичайно вразило І. Виговського — адже за урядування Б. Хмельницького протягом деякого часу він був прихильником українсько-московського союзу і чимало зробив для досягнення цієї згоди, а тепер зазнає московської неповаги. На вимогу Москви, яка стояла на позиціях, ворожих Виговському, новий гетьман був змушений підтверджувати своє обрання на гетьманство аж на трьох козацьких радах — у Чигирині, Корсуні, Переяславі. Намагаючись обмежити гетьманську владу і поставити її в повну залежність від себе, Москва різними шляхами підтримувала опозиційні настрої проти гетьмана.
Як Іван Виговський розумів гетьманську владу, видно з його власних слів. Він вважав, що цар не повинен полковнику й