Об'єктивно договір засвідчив повну незалежність України від Польщі, для війни з якою Україна знайшла сильного союзника. На її території було збережено власну військову, адміністративну та судову владу. Православна церква, як і всі віруючі, вже не зазнавала релігійного переслідування. На той час Москва ще не мала принципових планів щодо відносин з козацькою Україною. Уряд гетьмана також не зовсім усвідомлював можливий розвиток відносин з Московською державою. До того ж йому бракувало необхідного дипломатичного досвіду, гнучкості й послідовності у міждержавних справах. Проте загалом Переяславсько-Московський договір 1654 р. не перекреслював досягнень української нації у державотворенні. Він офіційно узаконив державний суверенітет Гетьманату, засвідчив правову форму його відокремлення від Речі Посполитої, примусив царський уряд взяти на себе зобов'язання, що гарантували незалежність Української козацької республіки й укладення передусім воєнного союзу з Московською державою.

Москва спочатку погоджувалася з "протекційним" характером відносин і вважала Україну державою. Підтримуючи з Б. Хмельницьким дипломатичні контакти ще до укладення угоди, царський уряд здійснював їх через спеціальних послів, якими відав Посольський приказ, що керував зносинами Москви з іноземними державами. Україну відокремлювали від Москви державний кордон і митниця.

Непорозуміння між Українською державою та Москвою

Акти царського уряду, які обмежували гетьманське правління, не були оприлюднені в Україні, тому в своїй діяльності українське керівництво ігнорувало нав'язуванні обмеження. Зокрема, гетьман не брав до уваги московські плани щодо опису та стягнення до царської скарбниці податків з українського населення (до Москви не надійшло жодної копійки зібраних податків), відрядження до "знатних" міст Гетьманату царських воєвод, обмежень у сфері його зовнішньополітичної діяльності. Такий статус (майже незалежної держави) свідчив, що Україна в державницькому аспекті вигравала більше, ніж Молдова, Валахія чи Кримське ханство у складі Оттоманської імперії. У сучасному розумінні українсько-російські відносини будувалися не стільки на принципах протекторату, скільки на конфедеративній основі. В будь-якому разі угода не була для України, за словами сучасного українського історика Олени Апанович, "ні трагедією, ні ганьбою".

З травня 1654 р. війська Росії і полки наказного гетьмана Івана Золотаренка успішно діяли в Білорусі проти литовсько-польської армії, але спроби Б. Хмельницького закріпити за собою білоруські землі наштовхнулися на опір царя, тим більше, що в статті 6 московського договору гетьман зобов'язувався вивести козацькі загони з цієї території. Під час взаємного суперництва за підкорення Білорусі російські воєводи і козацькі старшини примушували жителів присягати на вірність відповідно царю чи гетьману. Судячи з призначень, що їх зробив Б. Хмельницький за 1654—1656 pp., білоруські землі він прагнув залишити за собою: І. Золотаренко (загинув у жовтні 1655 р.) став гетьманом Сіверщини, І. Нечай — полковником Білоруським, Д. Виговський — полковником Бихівським.

У цей період гетьман підписав новий договір з Кримом, за яким татари зобов'язалися більше не допомагати Польщі та не воювати з Росією, а Б. Хмельницький обіцяв не ворогувати з ханством. Фактично це була угода про взаємний нейтралітет.

Перемоги Росії в боях з Річчю Посполитою викликали занепокоєння короля Швеції Карла Густава. Він поспішив оголосити Польщі війну, а влітку 1655 р. захопив частину її території. У вересні шведам здалася Варшава, а російсько-українські війська захопили Люблін.

Литовський гетьман Януш Радзивілл ще 1654 р. пропонував Б. Хмельницькому союз проти Росії. Вважаючи блокування між гетьманом і царем небезпечним для Речі Посполитої, він у серпні 1655 р. прийняв протекцію шведського короля. Свого часу й Б. Хмельницький вів переговори зі шведами, пропонуючи створити то анти-турецький, то антимосковський союз.

Становище різко змінилося наприкінці 1655 p., коли після триденних важких боїв під Варшавою війська Швеції, Польщі, Бранденбурга зазнали великих втрат. На початку січня 1656 р. в Кенігсберзі делегація Речі Посполитої підписала мир зі Швецією. Однак проти Швеції виступили Данія та Росія, а бранденбурзький курфюрст князь Фрідріх Вільгельм у вересні 1657 р. помирився з поляками. Австрійський імператор Фердинанд ІІІ Габсбург також схилявся до підтримки суверенітету Речі Посполитої і послав до України болгарина — архієпископа П. Парчевича із завданням умовити гетьмана припинити війну з Польщею, зосередившись на боротьбі з ісламським світом.

Зреагував на зміну ситуації і московський цар; наприкінці 1655 р. почалося зближення Росії з Польщею, у результаті якого в листопаді 1656 р. між ними відбулося укладення миру й оголошення війни Швеції. Делегація гетьмана на чолі з Р. Гапоненком на ці переговори не була допущена. На польсько-російських переговорах цар в обмін на обіцянку бути обраним королем Речі Посполитої не заперечував, щоб українські землі залишилися за Польщею, а їх статус був визначений на зустрічі представників Росії, Війська Запорозького й Польщі. Цар дозволив католицьким ксьондзам, яких раніше вигнало білоруське й українське населення (за 10 років з кількох сотень костелів залишилось лише сім), повернутися назад. Майно католицьких орденів і монастирів також поверталося власникам.

Змінилася і зовнішньополітична лінія Б. Хмельницького: він намагався вступити в союз з Молдовою, Валахією, Бранденбургом, Швецією, Семигородом, литовськими дисидентами для боротьби проти Польщі й Росії, хоча у 1656 р. між Україною й Росією існував нейтралітет. Правда, дуже своєрідний: шведсько-українські війська били поляків, а російсько-польські — шведів.

З травня 1657 р. різко загострилася боротьба між українськими старшинськими угрупованнями: радикальним, національно-патріотичним, поміркованим. Прийняте у квітні під тиском гетьмана 26 старшинами рішення про наслідування булави після його смерті молодшим сином Юрієм (Юрасем) не стало для старшин стримуючим фактором. Розуміючи, що Юрій надто молодий для керівництва державою, гетьман призначив його опікунами полковника Григорія Лісницького, генерального осавула Івана Ковалевського, генерального писаря І. Виговського (незважаючи на відсутність у них будь-якого бажання виконувати такі обов'язки). Навесні 1657 р. почалися заворушення у Запорозькій Січі, повстання на Слобожанщині, дестабілізувалася ситуація в багатьох полках. Козаки, селяни звинувачували старшину в надмірних поборах, незаконному збагаченні. За три дні до смерті Б. Хмельницького польське керівництво схвалило нову стратегію боротьби з Україною: обіцяти привілеї старшині, вести її проти Москви, а в разі незгоди — карати; роз'єднувати чернь і козацькі верхи; грати на протиріччях Москви й Гетьманату.

Головним підсумком боротьби 1648—1657 pp. було створення автономної за статусом української козацької напівдержави з територією, кордонами (хоча й не чітко визначеними), органами влади, збройними силами, правовими нормами на базі звичаєвих законів, визнання її існування деякими державами. Намітився процес економічної інтеграції українських земель, почався рух суспільства у напрямі протокапіталістичного розвитку. Однак такий перебіг подій не влаштовував ні Польщу, ні Росію, ні Туреччину, тому вони зробили все, щоб заблокувати самостійний розвиток Гетьманату. Негативну роль у становленні української державності зіграв також глибокий розкол всередині українського суспільства.

Загалом Гетьманат за часів Б. Хмельницького як старшинсько-козацька республіка був сплавом моделі Речі Посполитої та сотенно-полкової системи козацької армії. Це була воєнізована держава, в якій система козацтва механічно переносилась на адміністративно-територіальну, що породжувало численні проблеми. Політичною елітою козацької держави була реєстрова старшина, а представники запорозької старшини — військовими ватажками. Крім того, в Гетьманаті переважали монархічні та династичні тенденції

Криза козацької автономії

Після смерті Б. Хмельницького посаду гетьмана впродовж місяця формально обіймав його 16-річний син Юрій. Проте старшина майже відверто ігнорувала його повноваження: тиждень Миргородський полковник Г. Лісницький не віддавав йому булаву й бунчук батька, поширювалися чутки щодо хворобливості Юрія (приступи епілепсії, грижа). У результаті І. Виговський спершу став виконуючим обов'язки гетьмана, а наприкінці жовтня 1657 р. у Корсуні його обирають гетьманом. Так було зірвано план Б. Хмельницького щодо спадкового гетьманства.

Виговський мав намір будувати типову для середньовіччя аристократичну республіку, що посилювало охлократичні тенденції в масах, послаблювало центральну владу, стимулювало безчинства старшини. В економічній політиці замість польської шляхти панувала українська. Швидко рід Виговських став найбагатшим в Україні.

Напружені стосунки склалися у Виговського з Запорожжям, а кошовий Січі І. Сірко називав його "собакою". Ще у вересні 1657 р. січовики втопили в Дніпрі посланців гетьмана до кримського хана. Спроба Виговського перешкодити торгівлі запорожців з Гетьманщиною ще більш погіршила стосунки між ними.

У першій половині 1658 р. гетьман погодився на вимоги царя про передачу до складу Росії деяких білоруських міст, призначення воєвод не лише до Києва, але й до п'яти інших великих українських міст. До літа 1658 р. Виговський намагався владнати стосунки з Москвою, щоб з допомогою російських воєвод вивести з реєстру анти-гетьманські сили, вплинути на поведінку кошового Запорозької Січі Якова