Ще у жовтні 1925 р. на з'їзді "Діяльно-Христової церкви" було здійснено спробу відмежуватися від "липківців" і перебрати церковну владу над УАПЦ в свої руки. Наприкінці з'їзд прийняв звернення до уряду У PCP від 21 жовтня 1925 р. такого змісту: "Діяльно-Христова церква вітає у Вашій особі селянсько-робітничий уряд України за надання права віруючій людності вільного упорядкування свого церковно-релігійного життя й просить прийняти щире запевнення в тому, що УАП Церква в особі Братства та його виконавчого органу ВПЦ Ради, що обрана цим з'їздом 20.Х.І925 р. і в сучасний момент є єдиним ( правомочним керуючим органом в українській церкві, буде прагнути до здійснення соціальної правди на Україні, заповіданої Христом".

Але така позиція не влаштовувала "липківців", і вони почали звинувачувати керівництво ДХЦ в тому, що воно ніби діє за вказівками Державного політичного управління (ДЛУ). Вже на третій день після відправлення наведеного звернення, 23 жовтня 1925 p., митрополит В.Липківський звернувся до своїх прихильників з листом, в якому писав: "З біллю серця і сльозами жалю сповіщаю вас, що з-серед нас вийшли люті вороги нашої церкви, що з'єдналися у т. зв. Братство "Діяльна Христова церква" і ні перед чим не зупиняються, щоб розвалити, розкласти нашу УАП Церкву та наклепами плямувати й інших працівників". Питання про ДХЦ спеціально обговорювалося на так званих великих покровських зборах липківської ВПЦР 1926 р. Була прийнята постанова, в якій відзначалося, що існування "Братства ДХЦ в сучасних умовах не є потрібне", і тому пропонувалося об'єднатися з УАПЦ, що й сталося, як ми уже зазначали, в 1929 р. Але на цих зборах постало ще одне, дуже гостре питання — про ставлення В.Л ипківського та його послідовників до існуючої влади. Як ми пам'ятаємо, саме те, що частина священнослужителів займалася політичною діяльністю, значною мірою вплинуло на загострення конфлікту між автокефальною церквою та відповідними державними органами. Ускладнення взаємин між церквою і державою негативно відбивалося і на внутрішньому стані УАПЦ. "Великі микільські збори" ВПЦР, що відбувалися у травні 1927 p., констатували зростання внутріцер-ісовної кризи, загострення боротьби за владу в церкві між митрополитом В. Липківським і єпископами, а також занепад моральності серед автокефального духовенства.

Внутрішнє становище УАПЦ дедалі ускладнювалося і з вини її керівництва, і з зовнішніх причин. Набирала силу сталінська , установка на адміністративно-репресивні засоби боротьби з релігією. "Спілка войовничих безбожників" проголосила антирелігійну боротьбу однією з найважливіших ділянок класової боротьби.

Іноді стверджують, що викривлення в державно-церковній політиці на місцях були допущені внаслідок неправильного тлумачення вказівок центру. Але це не зовсім так. У І927 р. було введено Карний кодекс УРСР в новій редакції, який містив ряд статей, що звужували сферу діяльності релігійних товариств. У 1928 р. було введено в дію Адміністративний кодекс УРСР, одним з розділів якого були "Правила про культи". З їхнім прийняттям декрет уряду республіки про свободу совісті втратив чинність.

На рубежі 20-30-х рр., в умовах різкої зміни політичної обстановки в країні, ставлення до Української автокефальної православної церкви з боку державних органів стало нестерпним. Слова "куркуль" та "піп", "автокефаліст" та "петлюрівець" сприймалися як синоніми. В цих умовах ВПЦР, щоб врятувати церкву, робить кроки по нормалізації відносин з урядом України. На спеціальному засіданні президії церковної ради, яке відбулося в серпні 1927 р., відзначалося: "Сучасний стан життя УАЛЦ напередодні II Всеукраїнського собору вимагає консолідації виших керуючих органів церкви — Президії ВПЦР і митрополита церкви; на перешкоді до такої консолідації і згідної праці їх стоїть нез'ясованість і неунормованість взаємовідносин між митрополитом і представниками уряду УРСР".

У жовтні 1927 р. відбувся II Всеукраїнський православний собор УАПЦ, на якому були розглянуті питання про "сучаний стан релігії взагалі і християнства зокрема у світовому житті" (доповідач В.Чехівський), про всесвітню конференцію в Лозанні, старокатолицьку церкву і можливість налагодження зв'язків з нею та ін. Були також розглянуті обвинувачення з боку представників влади на адресу ВПЦР і, зокрема митрополита ВЛипків-ського, в контрреволюційності. Останнього звинувачували у тому, що начебто у розмові з колишнім головою ВПЦР В Потієнком він оцінив стан радянської влади як такий, що вона зможе втриматися не більше 2-3 тижнів; йому інспірувалася участь у нелегальному зібранні; те, що з відома митрополита представниками УАПЦ велися переговори з тихонівцями та ін. Незважаючи на те, що на соборі було доведено безпідставність цих звинувачень, представники адмінорганів поставили вимогу переобрати митрополита.

У розмові з представниками собору на запитання: "Якби церква на соборі залишила митрополита Липківського нз дальше митрополиче служіння, які б наслідки були для самого митрополита?" — представник адмінорганів відповів: "Повне слідство й найжорстокіші репресійні заходи". А на запитання, які наслідки це мало б для церкви? — сказав: "До церкви було б ставлення як до антирадянської організації; статут було б анульовано" (Людина і світ. — 1990. № 5. С.24). Під цим адміністративним тиском собор змушений був усунути В.Липківського і обрати митрополитом М.Борецького. Але ці рішення собору вже не могли врятувати Українську автокефальну православну церкву від загибелі. В 1929—1930 рр. органами ДПУ було сфабриковано справу "Спілки визволення України". "Доводилося", зокрема, що автокефальна церква була однією з ланок антирадянського підпілля, зв'язаного з емігрантськими буржуазно-націоналістичними колами, що ставили за мету повалення радянської влади на Україні.

Журнал "Більшовик України" з цього приводу писав, що основою організації та формування кулацьких сил була "спеціально створена для цього Українська автокефальна православна церква". Далі повідомлялося, що керівне ядро церкви складали 46 колишніх офіцерів царської армії, 22 денікінця, 214 петлюрівців, 17 жандармів та ін. "Такі кадри, — писав журнал, — очолюваної СВУ масової агітаційної і воєнно-бойової організації — УАПЦ" (Більшовик України. — 1930. №8. С.20). Наслідком такої політики державних органів по відношенню до автокефальної церкви стали арешти, проведені серед духовенства цієї церкви та активістів автокефального руху. На лаві підсудних опинилися В.Чехівський, М.Чехівський, В.Дурдуківський, К.Товкач та ін. За допомогою шантажу й тортур слідчим вдалося добитися у підсудних "визнання" своєї провини і примусити діяти їх за сценарієм організаторів судового процесу.

Багато віруючих щиро сприйняли повідомлення про "Спілку визволення України"; духовенство автокефальної церкви, в тому числі й верхівка УАПЦ, було деморалізоване. За таких обставин, боячись посилення репресій і, ймовірно, на вимогу органів НКВС, керівництво Української автокефальної православної церкви пішло на крайній крок. 28—29 січня 1930 р. у Києві скликається Надзвичайний православний церковний собор, в роботі якого брали участь члени ВПЦР, весь єпископат на чолі з митрополитом М. Борецьким, численне духовенство. На соборі стояло одне питання — про існування автокефальної церкви. Рішення було прийнято одноголосно: "Надзвичайний собор мусить визнати, що УАПЦ, як це тепер остаточно з'ясувалося, протягом свого 10-річного існування, була явно антирадянською контрреволюційною організацією. Тому надзвичайний собор, категорично засуджуючи всіх, хто спричинив до перетворення церкви на контрреволюційну антирадянську організацію, визнає дальше існування УАП Ц за недоцільне і вважає її за ліквідовану". У лютому 1930 р. про припинення своєї діяльності повідомила ВПЦР.

В грудні 1930 р. митрополит І.Павиловський написав листа до архієпископа І.Теодоровича в США, в якому підтвердив факт самоліквідації Української автокефальної православної церкви.

В 1989 р. в УРСР працювала спеціальна урядова комісія, яка перевірила документи "процесу СВУ" і дійшла висновку, що, по-перше, СВУ на Україні як така, не існувала і, по-друге, звинувачені особи (В.Єфремов, В.Чехівський та багато ін.) приписувані їм злочини не вчиняли. І все ж, як тоді писала республіканська газета "Радянська Україна" в статті "Злочин, якого не було" (надрукована в кількох номерах у вересні 1989 p.), "Українська автокефальна православна церква своєю нецерковною політичною діяльністю спричинила велику шкоду радянській владі".

Після Надзвичайного собору почалися масові закриття парафій УАПЦ з наліпленням на них зловісних ярликів "контрреволюційних націоналістичних релігійних об'єднань". До кінця 1930 р. вони ще існували в Києві, Харкові, Дніпропетровську, Полтаві, Умані та в ін. місцевостях (всього близько 300 парафій і десять єпископів).

В роки колективізації на релігію й церкву в Україні, як і в усьому Радянському Союзі, звалилася нова хвиля репресій. ЦВК і РНК СРСР в лютому 1930