XIX ст. стало дія мусульман Криму віком нових страждань і обмежень. Так, у 1876 р. міністр внутрішніх справ остаточно і без винятків заборонив видавати паспорти для здійснення хаджу. У 1890 р. мусульманським громадам було завдано страшного удару - повне відчуження вакуфних земель, що були єдиним джерелом коштів на організацію релігійного життя і мусульманську освіту. Татар витісняли з родючих земель російські переселенці. Черговою антимусульманською акцією став новий закон про воїнську повинність, опублікований 1 січня 1874 р. Татарське населення зовсім не відмовлялося від військової служби як такої, йшлося лише про те, що в загальновійськових частинах солдати-мусульмани будуть вимушені регулярно їсти заборонену ісламом свинину, не зможуть дотримуватися посту - урази і здійснювати обов'язкову п'ятиразову молитву (намаз). Указ про воїнську повинність підштовхнув багатьох мусульман до еміграції.

Хворобливо була сприйнята корінним населенням Криму і звістка про створення протимусульманської Ліги (1901 р.), що не мала безпосередньої мети боротьби з ісламом, але звістка про яку змусила багатьох зважитися на від'їзд.

Як пише В.Е. Возгрін, до початку панування Російської імперії в кожному селі, де стояла мечеть, були і приходські школи - мектеби, їх було не менше 1550. У кожній школі навчалося 500-700 учнів. Внаслідок усілякого пригнічення на 1890 р. залишилося лише 275 мектебів, притому, що нових шкіл (світських) не було відкрито зовсім. Гроші, зібрані на влаштування сучасної мусульманської гімназії, під різними приводами були вилучені. До початку XX ст. діючими залишалися лише 23 медресе - мусульманські школи середнього типу. Та й ті з них, де вводилися сучасні світські предмети, закривалися. Мулли як найбільш освічена частина кримськотатарського суспільства знаходилися переважно в містах, у горах же і в стену їх було дуже мало, що негативно позначалося на рівні освіченості народу.

Царською адміністрацією проводилася послідовна лінія на культурну ізоляцію корінного населення Криму. Придушувалася преса (наприклад. "Крим-Седаси" в Карасу-Базарі), не пропускали мусульманську пресу через кордон. Все це було практичним здійсненням лінії правителів імперії па те, що іслам у ній був лише терпимою, але не бажаною релігією. У XX ст. уряд видав Указ на встановлення відкритої цензури за змістом проповідей у мечетях Бахчисарая. І хоч у Російській імперії 12 грудня 1904 р. був прийнятий Указ про розширення релігійних прав, про скасування адміністративного пригнічення, про зміцнення віротерпимості, він ніколи так і не був утілений у життя, залишаючись лише прикриттям старої шкідливої практики пригноблення "іновірців" та "інородців".

У Російській імперії проводилася послідовна політика знищення основ мусульманської цивілізації Криму. Були зруйновані або перетворені на казарми понад 900 мечетей. Незабаром після подій 1783 р. в Карасу-Базарі обманом були зібрані й фізично знищені багато (за народними переказами - тисячі) місцевих мусульманських учених (у тому числі ішанів, улемів, мулл). У 1833 р. сталася трагічна для культури мусульманського народу подія - організоване з ініціативи влади масове спалення старовинних кримськотатарських книг (друге було в 1929 р.). Не щадили навіть мусульманських кладовищ, забираючи звідти надмогильні плити і камені. Однак незважаючи на систематичне пригнічення, мусульманська культура Криму продовжувала жити і оновлюватися. У ХІХ-ХХ ст. її видатними представниками були Асан Нурі, Абдурефі Боданінський, Ісмаїл бей Гаспрінський та ін. Зусиллями Ісмаїла бея Гаспрінського в релігійно-культурному житті мусульман Криму почалися довгоочікувані для всіх освічених мусульман новації. Вони розвивалися в рамках реформістської течії в мусульманському богослов'ї, яке називалося "новометодним" (джадидизм). Відображаючи настрої, які в паші дні на Заході називають "європейським ісламом", Ісмаїл бей Гаспрінський у 188? р. видає книгу "Російське мусульманство" , а з 1883 р. - тижневик "Терджиман" (перекладач), у яких відстоював ідеї з'єднання духовних цінностей ісламу з європейським способом життя. Йому ж належить утопія про створення десь у Європі високо розвиненої мусульманської країни, яка була б зразком поєднання переваг ісламу з європейським гуманізмом. Діяльність цього просвітника сприяла збереженню національного достоїнства кримськотатарського народу, послаблювала історично зумовлене недовір'я між цим народом і українцями.

Друкарня в Бахчисараї час від часу випускала мусульманську літературу, в тому числі й арабський текст Корану.

Політика імперської влади стосовно мусульман у материковій частині України після ейфорії, викликаної перемогами над Туреччиною, змінилася до кінця XIX ст. більш терпимим відношенням до "своїх" мусульман, громадян Російської імперії. Після .ціннісним матеріальних слідів мусульманської цивілізації на південних землях України (наприклад, камені з руїн Хаджибея були укладені в підмурівок Одеського порту) влада ніби заспокоїлася. Внаслідок економічної міграції в середині XIX ст. починається масове розселення в Україні представників народів, які традиційно сповідували іслам. Так. на українських землях поселяються вихідці з волзьких (казанських і нижньогородських) татар. Кількість переселенців вимірюється десятками тисяч. У промисловому поясі України - на сході і і півдні формується своєрідна діаспора тюркомовних народів України. Після сумновідомих перемог російського воїнства на Кавказі з'являються на українських землях репатріанти з Кавказу. Найвідомішим серед них, безумовно, є імам Шаміль. З грудня 1869 р. він жив у Києві, зупинившись у будинку пані Масонової на Палацовій площі на Печерську. Проживши тут до весни, Шаміль 12 травня 1870 р. відплив пароплавом з Одеси до Стамбулу з метою здійснення хаджу. Імам з глибокою симпатією ставився до українського народу, захоплювався громадянською мужністю Тараса Шевченко.

Царський уряд дозволяв мусульманам мати в Україні мечеті, але в обмеженій кількості. Тому, крім мечетей, мусульмани на землях "Південно-Західної Росії" молилися здебільшого в молитовних будниках. Так на Донеччині на початку XX ст. функціонувало дві мечеті - в м. Луганську і селищі Макіївка, в дрібніших поселеннях діяло ще декілька молитовних будників. У Києві татари жили на Подолі, Лук'янівці, в Святіший. На Лук'янівці в 40-х роках XIX ст. утворилося ціле поселення татар, які займалися тут миловарінням. У 60-х роках XIX ст. одна з вулиць цього поселення отримала назву Татарської. На нинішній вулиці Мирній існував молитовний будинок. У 15)10 р. був закладений підмурівок мечеті, яку так і не було зведено. У Києві існували 2 мусульманських кладовища. Мусульманські общини діяли також у багатьох містах України: Катеринославі, Миколаєві, Запоріжжі, Харкові. Херсоні, Юзівці та ін.: за межами Російської імперії - у Львові, а також у місцях мешкання татар на колишніх українських землях - Холмщині і Підляшші. Ці землі були під духовним покровительством імама-хатиба Петербурзької соборної мечеті Атаудли Баязітова, спеціально для яких він написав і видав брошуру "Шаріат аль-іслам" (1897 р.).

У перші десятиріччя XX ст. серед мусульман Криму почався демократичний рух, що вилився в самобутні форми. Так, у духовне управління були обрані мусульманські депутати, а 25 березня 1917 р. в Сімферополі був утворений Мусульманський виконавчий комітет, що мав чітку національно демократичну програму. Його підтримували не всі мусульмани Криму, але він став цінним досвідом самоорганізації кримськотатарського народу.

У 20-30-х рр. XX ст. в радянській Україні розгорнулася небачена за своєю жорстокістю і масштабами боротьба проти релігії. Це лихо не обминуло н мусульман, що жили в Україні, в тому числі і в Криму. Приходило в занепад релігійне житія мусульман. У масовому порядку були примусово закриті мечеті, мусульманські школи - мектеби і медресе, скасовувалися останні елементи сулу за шаріатом, було репресовано духовних осіб. Більшовицька пропаганда прямо пов'язувала прихильність до ісламу "соціалістичною несвідомістю", "буржуазно-націоналістичними забобонами". Під тиском "соціалістичної дійсності" віруючі прирікалися на відступництво від віри предків або ж, не підкорившись, жили в постійному страху репресій. Адміністративно були створені штучні перешкоди для недопущення організованої діяльності мусульманських громад. Практично до кінця 30-х років майже весь мусульманський актив було репресовано. Був розстріляний або засланий майже весь мусульманський провід, причому під приводом того, що його члени нібито очолювали націоналістичні угруповання і рухи після "нейтралізації" лідерів.

Мечеті пристосовувалися під господарські потреби, а часто прирікалися па запустіння в руйнування. Так, відома кам'яна Севастопольська мечеть після 1921 р. не функціонувала, а її будівля була віддана під архів Чорноморського флоту. У 1930 р. була закрита кам'яна мечеть у с. Теністав Бахчисарайського району і передана під колгоспний склад. Така сама доля спіткала і розташовану неподалік мечеть у с. Зелене. До 1 березня 1931 р. в Криму було закрито 100 мечетей і 2 молитовних будинки мусульман, з яких відразу зруйновано 51 (Державний архів Російської Федерації. Фонд Р-5263).

У 1932 р. пройшла друга, ще драматичніша хвиля закриття мечетей, і це при тому, що вже й так гостро відчувалася нестача приміщень