Ця підготовка передбачала дезорганізацію та дискредитацію православної церкви. Польсько-литовська феодальна верхівка, щоб ослабити вплив православ'я на українців і білорусів, намагалася створити незалежну від Москви митрополію з центром у Києві, сприяла призначенню на вищі духовні посади осіб, що своїми вчинками дискредитували православ'я. Так, у 1583 р. Київським митрополитом був Онисифор Дівочка, який всупереч канонам православної церкви дозволив одружитися усім своїм єпископам, навіть призначав священиками багатоженців, що обурювало віруючих.

Унія в Речі Посполитій розглядалася Римом як компенсація втрат, завданих йому Реформацією, і помітний крок до підкорення східної православної церкви. Єзуїт Антоній Поссевін якось висловився, що, лише прилучивши Західну Русь до католицизму, можна досягти єднання з Римом і Русі Московської.

Ідею зближення з Римом підтримували і деякі представники вищого православного духовенства. У 1590 р. львівський єпископ Гедеон Балабан, роздратований суперечками з братством, втручанням у справи збоку Константинопольського патріарха, порушив питання про унію на таємній зустрічі єпископів у Белзі. Його підтримали луцький єпископ Кирило Терлецький, холмський - Дионісій Збируйський, пінський - Леонтій Пелчицький. Крім певних особистих мотивів, вони сподівалися, що унія урівняє в політичних і соціальних правах як православне духовенство, так і віруючих міщан, знать.

Після кількох таємних переговорів з представниками королівського двору, папським нунцієм (послом, представником) вони погодилися на унію, якщо буде збережено традиційні православну літургію, обряди, а також деякі звичаї (право священиків на шлюб). Натомість вони приймали верховенство Риму в усіх справах віри та догматики. Передбачалося, що новоутворена церква не входитиме до польської католицької церкви, а підпорядковуватиметься Риму. Крім того, єпископи сподівалися на деяке послаблення тиску польського короля.

Умови щодо прийняття унії єпископи обговорювали на таємних зібраннях у Сокалі, Красноставі, Кобрині, Бресті протягом 1594-1595 рр. Так були підготовлені докладні артикули (статті) унії, що виражали згоду та умови її прийняття.

Звістку про підготовку унії православна громада сприйняла з глибоким обуренням. Різко виступив проти неї авторитетний у Галичині князь Костянтин Острозький. Назвавши єпископів "вовками в овечій шкурі", він закликав віруючих до протесту, погрожуючи збройним повстанням. За цих обставин Г. Балабан зрікся своїх намірів щодо унії, перейшов в опозицію до неї. Єпископ перемишльський Михайло Копистенський вимагав передати питання про унію на розгляд собору за участю всього духовенства, шляхетства і братств.

Однак король Сигізмунд III, побоюючись, що православні можуть зруйнувати процес підготовки унії, не погодився на скликання собору, відправивши єпископів Іпатія Потія, Кирила Терлецького до Риму. У грудні 1595 р. вони подали прохання єпископів православної церкви в Речі Посполитій щодо унії з Римською церквою, ознайомилися й підписали Символ віри (філіокве), визнали верховну владу Папи, постанови Флорентійського та Тридентського соборів. Папською буллою уніатській церкві забезпечувалося збереження східних обрядів, право священиків на шлюб, дозвіл київським митрополитам призначати єпископів на місцях. З цього приводу навіть було викарбувано медаль: з одного боку зображено портрет Папи, з іншого - Папа на троні, що благословляє уніатського посла, який стоїть на колінах. Листами про укладення унії, датованими 7 лютого 1596 р., Папа просив Сигізмунда III та католицьких ієрархів допомогти унії, а митрополиту Михайлу Рогозі велів скликати собор єпископів для такого самого сповідування віри, яке продемонстрували в Римі І. Потій та К. Терлецький.

Православні скористались дозволом короля і запрошенням митрополита на собор, добивалися, щоб він став собором і православної церкви. Члени уніатського собору не допускали й думки про можливість спільного собору з противниками унії. Уніатський синод у складі митрополита, п'яти єпископів і трьох архімандриті в під керівництвом трьох папських легатів і трьох королівських послів виконав волю Папи: його учасники вчинили сповідування римо-католицької віри і віддали послушенство Папі Клименту VIII та його спадкоємцям. Акт про це з печатками був вручений папським послам, а 8 жовтня 1596 р. було видано соборну грамоту.

Постанови двох соборів - уніатського і православного, які відбувалися одночасно в Бресті 6-10 жовтня 1596 р., були подані королю Сигізмунду III, але постанову православного собору король проігнорував. Так православ'я в Речі Посполитій фактично опинилося поза законом. Усі права, що належали православній церкві, передавалися уніатській; для православних кліру та мирян настали тяжкі часи.

Рішення Брестського собору спричинили розкол в українському суспільстві, породили гостру суспільну полеміку (Іван Вишенський, Касіан Сакович, Стефан Зизаній), анти католицький козацький рух під проводом Северина Наливайка, а згодом гетьмана Петра Сагайдачного. Проти унії активно виступили братства Львова, Перемишля, Слуцька, Мінська, Могильова та інших міст. Вони ще до Брестської унії були органами оновлення церковного устрою, але у своїх намаганнях до очищення і піднесення рівня; релігійного життя і церковних відносин невдовзі опинилися у напружених стосунках з єпископами. Ці стосунки загострювалися ще й тим, що константинопольські та інші патріархи займали позицію братств. Зі Львова та Вільно центр боротьби було перенесено до Києва. За підтримки козацтва київське духовенство і міщанство неприховано ігнорувало уніатську ієрархію. Київська лавра стараннями Єлисея Плетенецького, Захарії Копистенського перетворюється на центр церковно-національної діяльності. У 1615 р. засновується Київське братство, до якого вступив і козацький гетьман П. Сагайдачний з усім військом запорозьким.

Уряд Речі Посполитої тільки в 1632 р., після смерті короля Сигізмунда III, визнав за православними права на Київську митрополію і чотири єпархії: Львівську, Луцьку, Перемишльську і Мстиславську.

За роки існування Брестської унії зміцнила свої позиції в Україні польська шляхта, посилився процес денаціоналізації української шляхти, яка, навчаючись в єзуїтських школах та колегіях, переходила в латинство, полегшуючи собі доступ до чинів і багатств. Так, сини І. Потія здобули освіту в латинських школах і стали католиками.

Водночас не припинялася боротьба проти унії, чому сприяла зростаюча роль Києва. Розіслані в травні 1648 р. відозви гетьмана Богдана Хмельницького містили заклик до тих, кому "мила віра благочестива, поляками в унію обернена", боротись проти унії, згуртовуватися "на добрих конях, зі справною зброєю невідкладно і встати мужньо і безбоязно, при всемогутній допомозі Божій проти своїх грабіжників, гнобителів і супостатів".

Визвольна війна 1648-1654 рр. спричинила фактичний розпад уніатської церковної організації. Вона поволі відновлювалася тільки на землях, що залишилися під польською владою. А отримавши, згідно з Андрусівським договором 1667 р., Правобережну Україну, крім Києва, Польща зобов'язалася не обмежувати "грецько-руську" релігію. Тільки в Галичині, на Волині та Поділлі її позиції були відносно міцнішими, однак і тут унія до кінця XVII ст. не мала значного поширення. Наприклад, Перемишльська єпархія перейшла до унії в 1692 р., Львівська - в 1700 р., Луцька - в 1702 р., до 1720 р. - Холмська, Полоцька, Пінська єпархії.

З часом католицизм намагався глибше проникнути у сферу обрядовості та культу. Уніатський собор у Замості (1720 р.) скасував чимало православних обрядів, прийняв рішення про видання богослужбових книг, виправлених в уніатському дусі. Пізніше уніатські священики отримали розпорядження переймати зовнішні риси католицьких ксьондзів.

У 1772 р. відбувся перший поділ Польщі, за яким Галичина опинилася під Австрією, що зумовило інший державний уклад і дещо інше ставлення до католицизму та унії. Безмежну сваволю шляхти було втиснуто в жорстокі межі австрійських законів, ліквідовано значну частину польських костелів і монастирів, а їхні землі конфісковано. На основі конфіскованих земель було створено релігійний фонд; греко-католицька (так вона стала йменуватися в 1774 р.) церква здобула рівні права з римо-католицькою. Уніатське духовенство одержало не тільки реальне право, а й щомісячну платню з релігійного фонду. Йому було відкрито реальний доступ до вищої освіти у Львові, Відні, Інсбруку та Римі. У Львові було засновано греко-католицьку семінарію, яка гарантувала студентам-богословам повне матеріальне забезпечення, що уможливлювало здобуття освіти здібною бідняцькою молоддю.

Запровадження унії спричинило пробудження національної свідомості українців. Невдовзі під тиском обставин і представники греко-католицького духовенства дійшли висновку, що їхня церква повинна стати однією із сил, які б протидіяли б денаціоналізації та полонізації українського народу. Польські власті дуже скоро переконалися, що "унія їм не вигідна", бо не виправдовує покладених на неї надій, і почали переслідувати уніатів. Вони намагалися латинізувати, полонізувати уніатські школи, але за першої нагоди ці