1-7 гена hUNC93 человека, было предположено, что ген hUNC93 представляет собой первый идентифицированный член нового семейства высокогомологичных генов. Благодаря гомологии к UNC93 Caenorhabditis elegans было предположено, что ген hUNC93 человека принимает участие в функционировании мышц.
Был идентифицирован новый ген человека из семейства MLK, MLK4. Было получено две альтернативные формы сплайсинга транскриптов этого гена, MLK4? и MLK4?. Наибольший уровень экспрессии гена MLK4 был выявлен в поджелудочной железе, почках, печени, легких и мозге. Ген MLK4 был картирован на хромосомной полосе 1q42. В выведенной аминокислотной последовательности MLK4 были идентифицированы потенциальный киназный каталитический домен, потенциальный домен SH3, потенциальный домен DLZ, потенциальный основной домен и потенциальный мотив CRIB. Исходя из высокой гомологии к представителям семейства MLK, было предположено, что ген MLK4 принимает участие в биохимических путях сигнальной трансдукции.
Для секвенирования кДНК гена Kv1.7 человека, которая имеет высокое содержание (78,6%) гуаниновых и цитозиновых нуклеотидов, была определена оптимальная концентрация формамида (5%) и глицерина (7,5 - 10%) в реакционной смеси, что может быть использовано как стандартный подход при секвенировании GC-богатой матрицы.
Ключевые слова: NotI-“связующий” клон, ген калиевого канала Kv1.7, ген hUNC93, ген MLK4.
Kvasha S.M. Identification and characterization of novel human genes using NotI-linking libraries. – Manuscript.
Thesis for a degree of Doctor of Philosophy (Ph.D) in Biology, speciality 03.00.03 – molecular biology.- Institute of Molecular Biology and Genetics of National Academy of Sciences of Ukraine, Kyev, 2001.
Dissertation is devoted to the identification and characterization of novel human genes using the nucleotide sequences of NotI-linking clones, which are associated with CpG-islands. Three novel human genes have been identified: potassium channel Kv1.7 gene, hUNC93 gene and kinase MLK4 gene. The isolation has been performed with the following methods: PCR, cDNA library screening, RT-PCR and RACE. It has been determined the optimal concentration of formamide and glycerol in the reaction mixture for GC-rich template sequencing. The level of expression in different tissues, genomic structure and chromosomal localization have been determined for each identified gene. It has been identified domains and motifs in the deduced amino acid sequences, corresponded to the isolated genes. Using the data concerning the function of corresponded homologues and orthologs, the role of gene products in the human organism has been predicted.
Key words: NotI-linking clone, human potassium channel Kv1.7 gene, human hUNC93 gene, human kinase MLK4 gene.