Декрет "Про відокремлення церкви від держави та школи від церкви" торкнувся й такої важливої сторони церковного життя, як релігійне навчання. У ньому зазначалося, що держава не може брати на себе релігійне виховання дітей; викладання релігійних віровчень у всіх державних, суспільних та приватних навчальних закладах, а також виконання яких-небудь релігійних обрядів у стінах школи забороняється.

Проте навіть такими радикальними засобами неможливо було знищити століттями сформовані традиції й звички. Релігійне навчання таємно існуватиме в католицьких селах Південної України ще наприкінці 20-х - у 30-і роки ХХ ст. Майже до 1924 р. в Одесі діяла Духовна семінарія Тираспольської дієцезії [13, с.69].

Особливих жертв зазнали католицькі громади Південної України під час громадянської війни, оскільки перебували на території воєнних дій. Терор, спрямований проти католицького населення регіону (переважно німецького та польського), застосовувався з метою придушення опору духовенства, яке чинило спротив радянській владі.

Так у 1919 р. були розстріляні більшовиками адміністратор приходу Катериненталь Одеського деканату Я. Дукарт після спроби втечі разом із своїми парафіянами, а також за причетність до селянського повстання в колонії Зельц 25-літній вікарій К. Вейсенбургер (разом із священиком були розстріляні 107 колоністів, обвинувачених в антирадянській діяльності). В 1921 р. за організацію повстання проти радянської влади разом з 270 колоністами був страчений декан Марієнтальського деканату Н. Крафт [12; с.344], а 26 грудня 1921 р. Одеський губернський революційний трибунал виніс смертний вирок 25-літньому священикові Е. Мокелькі "за організацію повстання проти радянської влади" у німецькому селі Єлизаветовці. Однак з огляду на щиросерде зізнання священика, ревтрибунал замінив розстріл десятьма роками позбавлення волі [16, с.56].

У боротьбі з релігією радянський уряд уважав всі ці засоби цілком обґрунтованими й законними. Так у церковні громади впроваджувалися інформатори. Залякуючи людей або оплачуючи послуги, органи безпеки використовували парафіян, деяких священиків й їхніх помічників як своїх агентів, і в такий спосіб ламали моральну силу самої церкви, сіяли недовіру до священиків. Разом із священиками часто заарештовували людей, єдиною провиною яких була їхня присутність на богослужіннях.

Одночасно державні органи влади намагалися змусити деяких священиків обнародувати заяви про відсутність гонінь на віру й повну свободу совісті в УСРР, а також про те, що якщо священиків і заарештовують, то тільки за державні злочини: шпигунство, контрреволюцію тощо. Бували поодинокі випадки, коли священик, зломлений державними органами, привселюдно відмовлявся від сану й відрікався від віри, але навіть такі факти віруючими сприймалися як підступництво тих же органів.

Протести віруючих проти свавілля більшовиків поступово ставали слабкішими, однак, у багатьох місцях парафіяни тривалий час самовіддано відстоювали храми, організовували богослужіння й молитви без священика, сплачуючи постійно зростаючі податки за право користування костьолами; надсилали священикам у табори та заслання продукти й гроші.

Досягти розколу Католицької церкви в УСРР більшовикам не вдалося (на відміну від Православної церкви). Тому для посилення боротьби з "забобонами" влада звинуватила ксьондзів, що залишалися на волі, в "організації опору процесу атеїзації".

Одним із особливо розповсюджених засобів фізичного знищення церкви на початку 20-х рр. стали групові процеси, що були унікальним проявом радянського "правосуддя". У різних регіонах заарештовувалися групи священиків і мирян. Найчастіше католиків Південної України звинувачували в шпигунстві на користь буржуазних держав: поляків - на користь Польщі, німців - Німеччини, священиків - Ватикану. При цьому варто підкреслити, що підставою для обвинувачення могли стати події й факти будь-якої давнини: скажімо, те, що священик колись співробітничав з католицькою благодійною місією допомоги голодуючим або мав контакти з консульствами й посольствами. Одержання фінансової допомоги з-за кордону було доказом шпигунської діяльності.

Більшовицька влада вимагала також залучати священиків до фізичної праці, що було особливою формою дискримінації їх самих "як нетрудових елементів", так і релігії як непотрібної трудящим.

З метою практичної реалізації Декрету про відокремлення церкви від держави було створено цілу систему державних органів. Зокрема у червні 1921 р. у складі Народного комісаріату юстиції УСРР почав діяти відділ по відокремленню церкви від держави, так званий "ліквідаційний відділ". Серед завдань і функцій цього відділу були ліквідація церкви як суспільного інституту; роз'яснення положень Декрету про відокремлення церкви від держави; розробка проектів відповідних законів і підзаконних нормативних актів - директив, положень, інструкцій; здійснення контролю за дотриманням чинного законодавства про культи; регулювання відносин державних інституцій і церкви, надання консультативної допомоги з цих питань тощо.

Найголовнішим напрямком діяльності цього відділу був широкомасштабний збір інформації щодо різних сторін життя релігійних громад. На місцях аналогічні функції виконували губернські та повітові ліквідаційні комісії, що діяли при відповідних губернських й повітових виконкомах.

Наприкінці 1922 р. ліквідаційний відділ та його місцева мережа з метою посилення репресивних функцій були передані під контроль Наркомату внутрішніх справ УСРР. У складі НКВС відділ культів (реорганізований ліквідаційний відділ) продовжував всебічне вивчення релігійного життя (але в тісному контакті з ДПУ): проводилися реєстрації релігійних громад, облік та анкетування духовних осіб, аналізувалися статути релігійних