Свою діяльність зі спрямування стосунків церкви і нової Української Держави у відповідне русло Департамент ісповідань здійснював, фактично, лише у березні-квітні 1918 р., коли Центральна Рада повернулася до Києва. За такий короткий час прерогативи влади Департаменту ісповідань як вищої інстанції не були визнані церковною владою, низьким залишався і його статус у структурі світської влади. Необхідність забезпечення елементарного державного порядку, подолання економічного хаосу утримували владу від регулювання державно-церковних та внутрішньоцерковних процесів.

Тим часом широкі маси населення, включаючи і духовенство, охопило розчарування політикою Центральної Ради. Неукраїнці були незадоволені розривом зв'язків із Росією; бідніше селянство - неодержанням сподіваної землі; заможне селянство і власники маєтків - спробами націоналізувати велику власність; усіх разом - тим, що вона привела у країну окупантів [35.-С.308]. Окупаційну владу, зі свого боку, не влаштовували неефективні дії уряду по викачуванню продовольства та сировини з України до Німеччини.

29 квітня 1918 р. за допомогою німецької зброї Центральна Рада була розігнана [36]. Після здійснення цього дня перевороту, вчиненого П. Скоропадським, український народ відчув на собі ще один різновид державного правління - "напівмонархічний- диктаторський режим у вигляді маріократії, підконтрольної і, фактично, підпорядкованої Німеччині і Австро-Угорщині" [37.-С.32].

Гетьманський уряд розглядав церкву, насамперед, як можливий ефективний чинник державного будівництва. Загальною основою політики щодо релігії та церкви стали запропоновані гетьманом ідеї православної державності та неприйняття радянської влади. Це знайшло красномовне підтвердження у виступі гетьмана перед делегатами Всеукраїнського церковного Собору 6 липня 1918 р.: "Я хочу, щоб культ православної релігії, який є великою основою державності, досяг апогею, якого не змогли б зламати ніякі ворожі заходи, котрі, може, захотять насунутись на нас зі сторони" [1.-Ф.1071.-Оп.1.-Спр.220.-Арк.38].

Дотримуючись проголошеного курсу, гетьманський уряд "тимчасово до утворення центрального органу найвищого церковного управління Православної Церкви на Україні, а також означення конституцією стосунку Української держави до церков та конфесійних суспільств" передав усі функції колишнього Міністерства ісповідань Тимчасового Російського Уряду в межах України у відання створеного ним у травні 1918 р. Міністерства ісповідань [1.-Ф.1071.-Оп.1.-Спр.42.-Арк.1-4]. Очолив його В.В. Зіньківський, пізніше пост міністра ісповідань обійняв О.Г. Лотоцький, а з моменту сформування гетьманом останнього кабінету міністрів - М. Воронович, котрий, фактично, так і не приступив до роботи [1.-Ф.1071.-Оп.1.-Спр.419.-Арк.48; 38.-С.608; 39.-С.53].

Професор філософії Київського університету Святого Володимира В.В. Зіньківський ще до революції був відомий як дієвий учасник релігійно-церковного життя. Упродовж 1918 р. для його міністерської діяльності "найважчим і основним питанням залишалося питання про стосунки Церкви і держави". Ще й тому, що "православна свідомість чинить спротив і злиттю Церкви з державою, яка перетворює церкву на відомство - але і так само чинить спротив і роз'єднанню церкви та держави" [40.-С.169]. Питання про відносини між церквою і державою, за переконанням В.В. Зіньківського, повинні вирішуватися на Церковному Соборі, але не лише актами Собору, а разом з державою, "бо йдеться про стосунки двох сторін, і обидві сторони повинні були знайти загальне, взаємоприйнятне рішення" [40.-С.170]. І саме в період Гетьманату, коли в Україні було "відновлено нормальний лад, звичайно, не в буквальному значенні реставрації, якої не могло бути просто тому, що йшлося про невелику частину Росії, яка поки ставала на шлях самостійної держави" [40.-С.170]. При цьому точка зору "свободи Церкви", точніше, формула про "вільну церкву у вільній державі", на думку В.В. Зіньківського, мала набути конкретних форм у таких пунктах: 1) фінансова підтримка Церкви та її закладів (особливо шкіл) державою; 2) участь уряду в управлінні церквою; 3) державне (громадське) значення церковних актів (шлюбів, розлучень, записів про народження); 4) форма зв'язку Церкви з державою (вирішення питання, чи достатньо мати для цього один центральний орган, доручаючи місцеві функції органам Міністерства Внутрішніх Справ) [40.-С.169].

"Держава має свою релігійну відповідальність, свою релігійну функцію, - читаємо у В. В. Зіньківського, - яка, звичайно, не може ніколи протиставляти себе Церкві як містичному організму, але яка неминуче стоїть вище Церкви як історичного установлення, за тієї простої причини, що державна влада визначає і регулює ті ж зовнішні форми життя, яким неминуче підкоряється Церква..." [40.-С.175]. Розвиваючи таку ідею державної опіки над церквою, Міністерство ісповідань здійснювало активну діяльність у цьому напрямку [34.-С.70-71, 142-160].

Щоправда, деякого загострення стосунки Гетьманського уряду з церковними ієрархами і Собором набули у зв'язку з діяльністю історика церкви й фахівця з церковного права, дійсного члена Наукового товариства ім. Тараса Шевченка з 1900 р. і Українського наукового товариства в Києві, міністра ісповідань (24-28 жовтня - 14 листопада 1918 р.) О.Г. Лотоцького. Причиною тому були його рішучість та оптимізм у боротьбі проти підпорядкованості Православної Церкви в Україні Російській Православній Церкві. "Від імені уряду Української держави маю за честь оголосити його тверду й непохитну думку, що українська церква має бути автокефальною" [41.- С.133-134], - писав О.Г. Лотоцький. Він був свідомий принципу відокремлення Церкви від держави, однак зазначав, що, як в історії Православної Церкви взагалі, так і української зокрема,