[15, с.375-400], а також здійснити кодифікацію канонів, обговорити засоби підтримання церковної дисципліни та принципи повернення до УАПЦ тих, що відійшли від неї до «Діяльно-Христової Церкви». Але головним питанням залишалося усунення митрополита Василя Липківського від митрополичого служіння через його очевидне небажання йти на компроміс з карними органами влади.
ІІ Собор УАПЦ розпочався після Божественої Літургії в храмі Св. Софії Київської та урочистого молебну. Перше засідання почалося о 17 год. 35 хвилин 17 жовтня 1927 р. За столом для Президії Собору сиділи о. Митрополит Василь Липківський, його заступник архієп. Нестор Шараївський і весь склад Президії ВПЦР на чолі з Головою Президії єп. Петром Ромодановим. Представництво Державного уряду репрезентували «товариші М. Іванов та І.К. Мамас» [16, арк.1]. На початку засідання Петро Ромоданів, підсумовуючи діяльність УАПЦ, зазначив, що І Собор знаменував собою акт відродження, а ІІ Собор "повинен бути Собором самопізнання та самовизначення". Потім виступив Василь Липківський з короткою промовою, в якій йшлося про досягнення Першого Собору УАПЦ 1921 р. [16, арк.3-4].
Після цього почалося обрання Голови Собору, але з великої кількості кандидатів практично всі рішуче відмовилися від цієї пропозиції, розуміючи, що саме на головуючого було покладено обов'язки входити в стосунки з представниками влади і зрештою оголосити про усунення митрополита Василя Липківського від церковного служіння. Нарешті, головою було обрано Володимира Чехівського. Далі на цьому засіданні пролунало привітання представника УАПЦ в Західній Європі Євгена Бачинського, яке читав архиєп. Нестор Шараївський.
19 жовтня 1927 р. постало питання про обрання делегації від Собору до уряду. Далі було заслухано доповідь митрополита Василя Липківського, необхідність якої прямо-таки висіла в повітрі, оскільки всім було зрозуміло, що стосунки між карними органами і УАПЦ зайшли в глухий кут, і виходом з нього влада вказувала тільки одне - звільнення митрополита від його служіння. Напруження на Соборі відчувалося саме через те, що всі чекали відповіді самого митрополита Василя Липківського на запитання, що хвилювало всіх.
Це відчував і сам Липківський. У своєму слові він сказав: "На жаль, і я підпав під ці непорозуміння й підозріння. Як вищий духовний керівник я теж став під персональне підозріле відношення з боку Держвлади. Воно зокрема стало тяжким тягарем в останні часи. Вам було б нецікаво, що мене персонально підозрівають в контр-революції... Підозріння Влади в контрреволюційних настроях моїх дає привід Владі казати: "який керівник, така і вся УАПЦерква". Після цієї заяви до митрополита із запитаннями звернулися Костянтин Кротевич та Микола Пивоварів щодо тлумачення УАПЦ як «церкви народної». На що Митрополит відповів: "Наша церква народня, вона складається не з гнилої інтелегенції, а з робітників та селян, тому я й кажу «церква робітничо- селянська»" [16, арк.12].
На засіданні 20 жовтня 1927 р. трапився інцидент, коли під час читання доповіді Є. Бачинського "Відношення УАПЦ до інших християнських течій" до храму увійшли представники уряду. Голова Собору звернувся до "гостей" з тим, що Президія просить їх залишити І-й поверх храму, "інакше вона буде примушена прийняти конкретні заходи" і тому вони залишили перший поверх Софійського храму і піднялися на хори, де сиділи гості [17, арк.47].
Коли дійшла справа до вирішення питання про усунення Собором від митрополичого служіння митрополита Василя Липківського, почалися суперечки. Сам він сказав: "Ви вирішуєте не мою, а свою загальну справу. Тільки Церква її має право вирішувати. Я свідомо ухиляюсь од висновку, Церква найбільш доцільно й корисно її вирішить. Кожна особа в Церкві - слуга Церкви. Я самий менший слуга, буду слухати її й виконувати її волю... Коли ви вирішуватимете потім і мій персональний стан, дякуватиму за піклування. Браття, я як працював, так і буду працювати. Праці в мене стане на сто років, як Бог вік дасть мені. У мене переклад Апостола, Євангелії, служебник і т. ін. Праці багато, аби був шматок хліба. А ви як найкраще рішайте" [17, арк.57].
У відповідь найбільш відверто висловився свящ. Комашенко, який сказав, що стерничого церковного корабля треба замінити, бо він втомився, і надалі служіння о. Митрополита неможливе. З подачі Володимира Чехівського після важких дебатів і часом некоректних виступів деяких делегатів Собору було прийнято таку резолюцію: "Приймаючи на увагу об'єктивну неможливість продовження митрополітанського керівництва всією УАПЦерквою Найпоч. о. Митрополіта Василя Липківського - 2-й Всеукраїнський Православний Церковний Собор визволяє. Василя Липківського від тягаря митрополітанського керівництва УАПЦ" [17, арк.61].
Таким чином, було остаточно доконано завдання урядових структур позбавити УАПЦ керівника, який не бажав виконувати владні настанови щодо діяльності УАПЦ. Цей процес затягнувся і тільки завдяки поступливості нового складу ВПЦР організатор і перший митрополит УАПЦ змушений був відійти від церковного життя. Увечері 21 жовтня 1927 р. на початку засідання було зачитано доповідь митрополита про минуле життя УАПЦ, зазначивши, що буде "говорити про рідну церкву не словами суворого дослідника, не присудом невблаганного судді, а почуттям вдячного сина до своєї любої матері, від якої одержали ми життя духовне, від якої вдруге народилися".
Наприкінці він сказав: "Я щиро дякую милосердного Господа за те, що перш ніж зняти з мене тягар цього життя він зняв з мене тягар служіння УАПЦеркві в сані митрополита... Залишаючи