М. М. Попов відіграв непересічну роль у розгромі М. О. Скрипника, розгоні його оточення та дискредитації всіх справ колишнього наркома освіти УСРР на теренах національно-культурного будівництва. Це підкреслював відомий дослідник із діаспори Г. Костюк у книзі „Сталінізм в Україні", що була написана й опублікована ще в 1960 р. Автор зміг зібрати величезну кількість виступів Попова проти Скрипника та його оточення, які були опубліковані в радянських виданнях. Виступи Попова проти Скрипника та „скрипниківців" свідчили про те, що Микола Миколайович готовий був разом із Постишевим і Балицьким у 1933-1934 рр. виконати будь-який наказ Сталіна, не розмірковуючи про його зміст і наслідки для народу України. Головне було знову зміцнити тоталітарну владу та придушити незадоволення народу, особливо інтелігенції [17, с. 191-206].

Вивчення матеріалів політбюро ЦК КП(б)У підтверджує спостереження Г. Костюка. 4 березня 1933 р. політбюро ЦК КП(б)У розглянуло проект резолюції про підсумки українізації. В основному вона була схвалена. Рішенням політбюро ЦК КП(б)У Косіорові, Постишеву та Попову було доручено остаточно її відредагувати. Попову ж доручили намітити й практичні заходи. Ще живий Скрипник від цієї роботи був усунутий. Сталін погодився з постановою політбюро ЦК КП(б)У про підсумки українізації та планом практичних дій М. М. Попова. Настали часи, коли „номенклатурний" Попов поправляв старого більшовика Скрипника з питань національно-культурного будівництва [18, арк. 226].

Микола Миколайович Попов відігравав важливу роль у складі того угруповання українських „номенклатурників", які після 1933 р. гальмували процеси українізації. Про це добре знали Сталін і Каганович, які були зацікавлені в тому, щоб П. П. Постишев мав в Україні добру підтримку в особі М. М. Попова та В. А. Балицького проти голови Раднаркому республіки П. П. Любченка й тих комуністів-українців, які навколо нього групувались. Після самогубства Скрипника авторитет Любченка серед партійців-українців швидко зростав і ця обставина непокоїла як Сталіна та Кагановича, так і ту частину політбюро ЦК КП(б)У, яка була орієнтована на Постишева.

Відомо, що Попов особисто вороже ставився до Любченка та колишніх боротьбистів. Він усіляко разом із В. А. Балицьким, П. П. Постишевим і С. В. Косіором протидіяв їм у 1934-1937 рр. У 1936 р. Попов сфабрикував політичну справу проти Любченка і з нею їздив до Сталіна в Москву з пропозицією звільнити Панаса Петровича Любченка від обов' язків голови Раднаркому України та члена політбюро ЦК КП(б)У [19, с. 68].

Сталін і Молотов з матеріалами Попова ознайомились, але вирішили Любченка тимчасово не чіпати, тому що тоді вже мали намір використати його авторитет серед партійців-комуністів для боротьби з вождізмом Постишева. Хоча компромат Попова проти Любченка був переданий до НКВС, де фабрикувалась велика справа проти колишніх боротьбистів.

Крім так званої справи боротьбистів, уже доведена причетність М. М. Попова до організації масових репресій в Україні (наприклад, проти поляків і німців) [20, с. 139-146].

У 1936-1937 рр. Сталін, Молотов, Каганович, Єжов почали з підозрою ставитись не тільки до колишніх боротьбистів у керівництві України, але й до своїх ставлеників, навіть до таких відданих особисто Сталіну, як Попов, що і привело до його арешту 17 червня 1937 р.. Безпосередньо на арешт М. М. Попова вплинули свідчення заарештованого Й. Е. Якіра.

У заяві від 22 червня 1937 р. і на попередньому слідстві Попов визнав свою „провину", а також те, що займався як секретар ЦК КП(б)У добором і розстановкою „правотроцькістських кадрів". У числі „заколотників" він назвав Балицького, Якіра, Хатаєвича, Любченка, Демченка, Вегера. На допиті 7 липня 1937 р. в Москві Попов свідчив проти Балицького та Якіра. Це і було потрібно єжовським слідчим. Незабаром керівництво НКВС УРСР і Київського військового округу було заарештовано майже у повному складі [21, с. 330-331].

М. М. Попов уже допитувався тиждень у НКВС, проте тільки 23-25 червня 1937 р. його діяльність, як і діяльність ще 27(!) членів і кандидатів у члени ЦК ВКП(б) була „обговорена" на маловідомому навіть фахівцям-історикам пленумі ЦК ВКП(б). Після доповіді М. І. Єжова 28 осіб було виключено зі складу членів і кандидатів у члени ЦК ВКП(б), а їхні справи передані до НКВС. Всі вони були приречені на страту. Така була у Сталіна плата тоді за вихід зі складу номенклатури ЦК ВКП(б) [22, с. 57-61].

Страчений був Попов 6 лютого 1938 р. Кажуть, що він та його свідчення були потрібні НКВС і проти Любченка, і проти Косіора, і проти Постишева. Микола Миколайович Попов дійсно знав багато політичних таємниць 1920-1930-х рр. Така всебічно інформована „номенклатура" Сталіну та сталінцям була вже не тільки не потрібна, але й добряче