Проникнення водних мас у нижні горизонти в результаті підтоплення призвело до того, що підземний стік Дніпра значно зріс. Оскільки води Дніпра є забрудненими внаслідок промислових і сільськогосподарських стоків, значно погіршилася якість підземних вод. Під землею пересуваються великі маси води, які іноді виходять на поверхню, за що вони отримали назву "блукаючих озер". Ці води заболочують навколишні землі [15].

У комплексі усі негативні фактори - затоплення, підтоплення і берегообвалення - завдали та завдають великих збитків народному господарству. Затоплені землі практично назавжди вилучені з сільськогосподарського обігу. У 1990-х рр., одночасно з тим, як довели досить низьку економічну ефективність роботи гідровузлів, була здійснена еколого-економічна оцінка наслідків спорудження гідрокаскаду. Підраховано, що втрати тільки від затоплення чорноземів дніпровських заплав майже в 400 разів перевищують прибуток від роботи шести гідроелектростанцій на Дніпрі [12, с.186].

Внаслідок знищення плавнів змінився видовий і якісний склад тваринного і рослинного світу. З Наддніпрянщини зникло чимало видів диких тварин і птахів. Збереження багатого тваринного світу майже цілком ігнорувалося, заходи по врятуванню тварин були поодинокими. Наприклад, Херсонський облвиконком 25 березня 1953 року прийняв рішення № 406 "Про заходи по збереженню фауни в зоні затоплення Каховського водосховища". Планувалося у весняний паводок відловити в плавнях найбільш цінні види фауни: 70 оленів, 100 диких кіз, 100 єнотовидних собак, 100 фазанів і розмістити їх у заказниках області. За врятування тварин від паводку встановили премію: за оленя - 5000 крб., козу - 300 крб., куницю, єнота, борсука, фазана - 25 крб., лисиці - 20 крб., зайця - 10 крб. [23, арк.280-283]. Проте заходи були не досить масштабними, тому що в кошторисах гідровузлів кошти на переселення тварин не передбачалися. Запорізький журналіст К. Сушко змалював жахливу картину загибелі тварин на Каховському водосховищі: "Як зуміли, вивезли зрубаний ліс, але ніхто не потурбувався ні про лосів, ні про оленів, ні про кабанів, ні про зайців, ні про лисиць, ні про їжаків і т.д., і т.п. Звірі рятували себе самі. Уплав, через запруджений гілками, колодами, трісками водний простір - до берега. Багатьох з тих, що вціліли в спустошених плавнях від рук браконьєрів, чекала смерть на березі. Знесилених тварин вже на мілководді били баграми, кололи вилами, рубали лопатами. Це було якесь жахливе божевілля Homo sapiens" [24]. Внаслідок нехтування питанням захисту тварин чимало їх загинуло і на наступних водосховищах. Спроби по врятуванню тварин здійснили на Київському водосховищі у 1965 р., коли Республіканська рада Українського товариства мисливців і рибалок звернулася в Раду Міністрів УРСР з проханням передбачити в кошторисі кошти на врятування диких тварин - бобрів, лосів, оленів, косуль, зайців, які були випущені для акліматизації. На першому етапі затоплення Київської ГЕС виловили 176 бобрів і переселили їх у безпечне місце, на що витратили 10 тис. крб. [25, арк.57,58].

Вкрай негативно поява гребель і водосховищ вплинула на рибні запаси Дніпра. Греблі перегородили річку і закрили деяким видам риб шлях до нерестилищ, внаслідок чого вилов зменшився. На Каховському водосховищі у 1966 р. щорічний вилов риби в Херсонській області склав 13 тис. ц проти 90 тис. ц у 1956 р. [9, с.333]. Така ж ситуація спостерігається і у наш час. Більше того, через періодичні попуски води (зниження і потім підвищення рівня води у водосховищі, які здійснюються згідно з правилами експлуатації водосховищ) гине багато особин дорослої риби і мальків, які залишаються на мілководді. Загибель риби в особливо великих масштабах спостерігається також влітку під час "цвітіння", коли риба задихається у смердючій воді.

Водні простори змінили навколишній клімат, а внаслідок близького знаходження водосховищ ґрунтові води суттєво вплинули на структуру ґрунтів, тому у Придніпров' ї рівень сейсмічності зріс на 69 % [26, с.1607].

Велика кількість промислових і сільськогосподарських підприємств Наддніпрянщини забруднюють довкілля різними стоками і викидами. Катастрофа на Чорнобильській АЕС ще більше загострила екологічну ситуацію: підвищився радіаційний фон води, донних відкладень, зросло надходження радіонуклідів у водосховища каскаду, де їх акумульовано близько 60 %. Накопичення радіонуклідів є дуже небезпечним, адже водою Дніпра користуються 35 млн. людей. Дніпро - практично єдине джерело водопостачання великих промислових центрів Південної і Південно-Східної України.

Водні ресурси Дніпра забруднюються також сільськогосподарськими і комунальними стоками. Значного удару по екологічній ситуації на Наддніпрянщині завдала гідромеліорація, адже меліоративні заходи були передбачені для компенсації вилучених під водосховище колгоспних земель. Існує думка, що штучний полив чорноземів був і є для них шкідливим, адже чорноземи - це ґрунти, які сформувалися в умовах посушливості. Академік Б.Є. Патон сказав з цього приводу: "У нас 50