Після звільнення території України від німецьких окупантів протестанти підтвердили своє лояльне ставлення до радянської влади та готовність допомагати їй в тилу, не дивлячись на жорсткі утиски передвоєнних років. Готовність працювати задля перемоги висловили також і представники інших церковних об'єднань. Зі словом до віруючих УРСР звернулися керівники союзів євангельських християн, баптистів, старообрядські лідери, представники православних церков [3.-Ф.Р-1.-Оп.23.-Спр.369.-Арк.2-6] та інші. Наприклад, 22 листопада 1943 р. відбулися загальні збори членів Дніпропетровської центральної церкви з участю управління Всеукраїнського союзу церков ХЄВ в м. Дніпропетровську. На цих зборах було підтверджено рішення Всеукраїнського з'їзду 1926 р. про необхідність "нести державні повинності як громадської, так і військової служби". Крім цього, було прийнято рішення "Про проведення дня допомоги потерпілим та раненим бійцям Червоної армії". Ця допомога повинна була включати збір по всіх церквах добровільного пожертвування коштів, продуктів [7.-Ф.Р-6463.-Оп.2.-Спр.1.-Арк.5].

Керівництво радянської країни використовує ситуацію, що склалася, для підвищення духу патріотизму в населення, і тому ставлення до релігії з боку уряду тимчасово стає більш лояльним. Таким чином, для протестантських громад воєнні роки були часом поновлення діяльності та легального існування: на окупованій території це відбувалося з дозволу німецької влади, на звільненій - санкціоновано радянським урядом. Характерною ознакою ідеологічних орієнтирів українських протестантів залишається абстрагування від політичних справ, а у догматичному плані - поглиблення есхатологічних (есхатологія - богословська теорія, що обґрунтовує неминучість "кінця світу") вчень.

Повоєнні роки обернулися для віруючої частини населення новим тиском. У звіті уповноваженого Ради в справах релігійних культів при РМ СРСР по УРСР за 1959 р. було визначено, крім Російської православної церкви, лише 7 релігійних культів, реєстрація яких була допустима. З протестантських культів до них були віднесені євангельські християни- баптисти, адвентисти сьомого дня та реформаторська церква; решта змушені були існувати нелегально. Суспільно-політичні погляди зареєстрованих й незареєстрованих протестантів відрізнялися.

Діяльність легально існуючих культів суворо контролювалась та регулювалась державними органами. Баптисти неодноразово отримували від державних органів вказівки щодо подальшої діяльності. У той же час керівництво країни не допускало бурхливого розвитку будь-якого релігійного культу, у тому числі і ЄХБ, а тому політика щодо них також мала чітку тенденцію до обмеження діяльності церкви вже з кінця 40-х років. У її рамках була заборонена будь-яка матеріальна допомога бідним членам громади з церковних сум, уповноваженим Ради дані вказівки категорично припиняти будь-яку місіонерську роботу з боку громад ЄХБ та її окремих членів.

Співпраця баптистів з радянськими органами була платнею за легальне існування церкви. Це викликало незадоволення частини баптистів. Ситуація загострилась після "Нового положення ЄХБ", що було спрямовано на обмеження діяльності баптистського культу, насадженого радянською владою баптистському керівництву й прийнятого Всесоюзною Радою ЄХБ (ВРЄХБ) у 1960 р.

Віруючі, яких очолили противники "Нового положення", пішли на розкол церкви, почали вести нелегальну роботу й збирати навколо себе всіх незадоволених радянським законодавством про культи та діями ВРЄХБ і його представниками на місцях. У 1962 р. рух розкольників організаційно оформився; був створений т.зв. "Оргкомітет" баптистів- розкольників. Відразу після оформлення опозиції у баптистському середовищі цей рух був також занесений радянською владою до когорти "антирадянських сект". Отже, позбавлення можливості вільно проповідувати власні релігійні погляди призвело до появи опозиційності у поглядах баптистів як до офіційної церковної структури, так і до державних органів. Щодо вимог до атеїстичної влади, то вони стосувались лише реалізації справжнього відокремлення церкви від держави та не торкались політичних питань.

Окрім баптистів-розкольників, на нелегальному становищі серед протестантських напрямків, які розглядаються, опинилися свідки Єгови, адвентисти-реформісти та п'ятидесятницькі деномінації. Загальні звинувачення до протестантів зводились до такого: віруючі не брали участі в громадському житті, не виконували державних заходів; відмовлялися від служби в армії; не відвідували культурно-просвітницьких установ; забороняли дітям ходити до школи, вступати до лав піонерів; доводили шкідливість радянської науки; віруючі не брали участі у виборах депутатів до місцевих Рад; не вступали до колгоспів тощо. Крім цього, п'ятидесятників, єговістів звинувачували в співробітництві з німецькими окупантами в роки Другої світової війни та у зв'язках з українськими націоналістами.

Значна частина подібних звинувачень не відповідала дійсності. Протестанти в більшості своїй не йшли на відкритий конфлікт з державними органами, неодноразово підтверджували своє лояльне ставлення до існуючої влади. Але для держави, де існував тотальний контроль над усіма сферами життя, наявність світогляду, альтернативного пануючому, аполітичність віруючих, були неможливими.

Віруючі відреагували на посилення контролю за внутрішньогромадським життям. Так, у 1948 р. на таємному з'їзді п'ятидесятників у м. Дніпродзержинську були затверджені "Догмати Християн віри євангельської", які були своєрідною відповіддю на відмову держави реєструвати п'ятидесятницькі громади. У них, зокрема, зазначалось, що питання служби в радянській армії - є "приватна справа", "справа совісті" кожного віруючого (до цього часу її вважали за оброк), а стосунки з радянськими державними і громадськими організаціями визначені як неможливі [10.-C.21]. Подібне рішення було сприйняте керівними органами держави як "антирадянське", внаслідок чого єпископи Бідаш, Шокало, Понурко та деякі члени активу були репресовані. З метою створення окремого