Про те, що боротьба компартійно-радянської влади в Україні проти повстанського руху та селян, які його підтримували, була довготривалою та складною свідчать неодноразові заслуховування керівників ДПУ на засіданнях політбюро ЦК КП(б)У в 1921-1925 рр. Так, 30 жовтня 1922 року політбюро заслухало керівника держбезпеки республіки В.М. Манцева з приводу нападів повстанців та „кримінальних" елементів на потяги. Було вирішено посилити репресії через суди та трибунали, поліпшити роботу з селянською молоддю та „звернути увагу ЦК РКП на необхідність виділення надзвичайних коштів для ДПУ в Україні, у зв'язку з посиленням бандитизму та діяльності антирадянських партій" [22]. Напружена ситуація в Україні з політичним „бандитизмом" та кримінальними озброєними угрупованнями підштовхнула керівництво ДПУ до пропозицій щодо підпорядкування органам держбезпеки міліції та карного розшуку. Але цю ідею Дзержинського та Балицького не підтримало партійне керівництво у Москві та Харкові [14, с.48-49].

Треба підкреслити, що реорганізація надзвичайних комісій у структуру ДПУ певним чином вплинула на чисельність працівників держбезпеки. Вона зменшилась в Україні з 34,0 тисяч до 18,0 тисяч працівників ДПУ (разом із секретними працівниками). Але держбезпека залишалась могутньою репресивно-каральною організацією, яка намагалась контролювати всі процеси в суспільстві. Центральний апарат ДПУ республіки складався із 1250 працівників у 1923 році, якому були підпорядковані губернські відділи ДПУ. Чисельність губернських відділів коливалась від 117 до 197 працівників. У районах, де діяли повстанські та кримінальні формування, було залишено 15 повітових відділень ДПУ. В інших повітах діяли уповноважені ДПУ. їх штати змінювались від 10 до 43 осіб. ДПУ зберегло за собою частину судових функцій. Окрім цього в Україні дислокувались понад 40,0 тисяч військ ДПУ, які підпорядковувались безпосередньо керівництву ДПУ республіки. Упродовж 1920-х рр. кількість чекістських підрозділів та їх особовий склад тільки збільшувались [13].

Окремо треба розглянути позицію та роль керівників і працівників ДПУ у подіях, пов'язаних з внутрішньополітичною боротьбою в СРСР і в Україні у 1920-х рр. Це питання важливе у контексті визначення місця органів держбезпеки у політичній системі СРСР і УСРР.

Відомо, що Ф.Е. Дзержинський у 1920-1921 рр. підтримав Л.Д. Троцького під час дискусії про профспілки [23, с.282]. Ця підтримка не була випадковою: Дзержинському та чекістському загалу імпонував радикалізм та «лівизна» поглядів Троцького на практику побудови комуністичної держави і суспільства. Тому на початок відкритої боротьби за владу у верхівці РКП(б) у 1923 році Троцький мав багато симпатиків і прихильників серед керівників та рядових працівників ДПУ. Не виключенням було і ДПУ в Україні. Це визнавав самокритично керівник українських чекістів В.А. Балицький [19, с.65].

Сталін, Зинов'єв і Каменєв у боротьбі проти Троцького постійно тримали у полі зору Дзержинського та могутню структуру ОДПУ. Для «трійки» симпатії Дзержинського до Троцького не були несподіванкою. У своєму виступі на розширеному засіданні військової ради при наркомі оборони 2 червня 1937 р. Сталін так згадував ті часи: «Дзержинський голосував за Троцького, не тільки голосував, а відкрито Троцького підтримував проти Леніна. Ви це знаєте? Це був дуже активний троцькіст і все ГПУ він хотів підняти на захист Троцького. Це йому не вдалося» [23, с.282-283].

Ф.Е. Дзержинський, очолюючи таку важливу структуру у політичній системі радянської Росії, а потім і СРСР, як ЧК-ГПУ, не входив до складу політбюро ЦК РКП(б), тому його можливості щодо участі у боротьбі за владу в РКП(б) були досить обмежені. Окрім того, Дзержинський був дисциплінованим комуністом, який сумлінно виконував будь-які рішення ЦК РКП(б). у 1924-1925 рр., як свідчив у своїх спогадах А.І. Мікоян, Дзержинський уже був негативно налаштований стосовно Троцького, хоча серед керівного складу і рядових чекістів було досить багато прихильників опозиційного голови Реввійськради [24, с.264-271].

Серед керівництва ДПУ УСРР у 1923-1924 рр. мали місце серйозні коливання та дискусії щодо виступів Троцького проти «трійки». Коливання керівництва ДПУ УСРР поширювалось дуже швидко на рядових чекістів. Ця обставина дуже турбувала керівництво ЦК КП(б)У, яке вже 22 жовтня 1923 року рішуче виступило проти Троцького та його прихильників [25]. Цікаво, що одним із небагатьох у керівництві ЦК КП(б)У, хто підтримав Троцького був нарком внутрішніх справ І.Г. Ніколаєнко, який формально керував і контролював ДПУ УСРР [25].

Опозиціонерів у центральному апараті ДПУ республіки очолював начальник секретно-оперативної частини Яків Абрамович Лівшиць. Він фактично захопив контроль у партійній організації центрального апарату ДПУ УСРР, що була прикладом для всіх партійних осередків чекістів. Тому підтримка нею платформи Троцького набула негативного для політбюро ЦК КП(б)У розголошення не тільки в Україні, але й у Москві. Пізніше керівник ДПУ УСРР В.А. Балицький, який одним із перших у політичній еліті УСРР переорієнтувався на Сталіна, згадував: «Особисто довелося в Харкові зустрітися з Лівшищем як з опозиціонером. У нього були досить міцні зв'язки, і з часом становище було таке, що осередки деінде розколювалися, незважаючи на те, що я очолював тоді ДПУ. Довелося навіть деякий час бути в меншості. Тільки згодом нам вдалося трохи цю публіку заспокоїти, розігнати