створені 8 міністерств, одним з яких стало Міністерство комерції, до складу якого увійшла Комерц-колегія [11, с.109]. Певний час колегії та міністерства змушені були співіснувати і переходити до міністерської системи управління поступово [7, с.148]. 17 липня 1810 року згідно з законом "Про розподілення справ між міністерствами" роботу Міністерства комерції було припинено, а його справи були передані Міністерству фінансів, а колишні структури Міністерства комерції стали складовою частиною Міністерства фінансів і перетворилися на Департамент зовнішньої торгівлі. Очолював митне відділення (друге відділення Департаменту) начальник, якому підпорядковувалися три столоначальники - західного кордону, азіатського кордону та кадрового і матеріального забезпечення [7, с.148-153].
24 червня 1811 року "Установлення митного управління з Європейської торгівлі" запровадило систему митних округів, з яких чотири розташовувалися на півдні України: Дубоссарський, Одеський, Феодосійський та Таганрозький [6, с.207]. Округи очолювали начальники, які відповідали за роботу всіх установ свого округу. Начальник митного округу знаходився на головній митниці і контролював роботу підпорядкованих митниць і застав. Його сповіщали про затримання контрабанди; він відповідав за дотримання законності на митних установах - тобто, по суті, замінив митного інспектора і навіть мав діяти згідно інструкції для митних інспекторів. При ньому були секретар ти писар [6, с.209]. Самі митні установи були розподілені за класами залежно від обсягів товарообігу та прибутків. Таке нововведення остаточно централізувало і уніфікувало митну мережу як всієї держави, так і південноукраїнських губерній.
Запровадження окружної системи організації митного відомства на місцях викликало деякі непорозуміння в містах, якими керували градоначальники. З 1803 року градоначальникам підпорядковувалися місцеві митні установи, отже тепер виникала суперечка між повноваженнями градоначальника та начальника митного округу, особливо якщо головна митниця розташовувалася в місті, яким керував градоначальник [2, с.259]. Така ситуація виникла в Одесі та в Феодосії. Проблему було вирішено таким чином: в Одесі начальник митного округу був підпорядкований місцевому градоначальнику, а в Феодосії було вирішено передати функції начальника Феодосійського митного округу самому градоначальнику [12, с.262].
Отже, керівних ланок у митній системі було доволі багато, тому й доволі великим був і потік документації між митними установами та їх керівництвом. Особливої уваги потребує вихідна документація митних установ, адже саме ці документи створювалися митними установами у відповідності з загальнодержавними або відомчими вимогами. В останній чверті XVIII століття діловодство регулювалося інструкціями, які видавалися періодично і для різних установ - в 60-х роках XVIII століття були видані інструкції окремо для портових і окремо для прикордонних митниць. Інструкція 1764 року передбачала звітність директора митної установи стосовно кадрових змін на митниці та поведінки службовців, фінансову звітність митного присутствія перед Головною над митними зборами канцелярією - тобто, складання і подання відомостей про прибутки та витрати митниці (про зібране мито), про прибуття та відплиття торгових суден. Звітували що третини і наприкінці року. До Ревізіон-колегії наприкінці кожного року надсилалися книги та інша канцелярська документація для фінансової перевірки [13, с.883-885]. У 1776 році Г. О. Потьомкін видав для обер- директора і, відповідно, для всіх митних службовців власну інструкцію, яка й пояснювала деякі принципи ведення справ на митницях. Згідно з інструкцією митниці звітували наприкінці кожної третини, півріччя та цілого року обер-директору та губернатору про зібране мито (про прибутки та витрати митниці), про імпорт та експорт товарів, про зібране з кожного виду товарів мито, про службовців установи. Таким чином, інформація подавалася у двох примірниках - для обер-директора і для губернатора. Обер-директор узагальнював надіслані від різних митниць дані і подавав відомості стосовно усієї губернії губернатору або генерал-губернатору. Отже, останній міг, у разі необхідності, перевірити надані обер-директором дані [3, арк.10-14]. Спираючись на зібрані обер-директорами дані, губернатори доводили інформацію про стан митної справи до генерал-губернатора, а також звітували про призначення та звільнення митних чиновників [4, арк.83]. Крім обумовленої в інструкції документації, намісник міг вимагати від установ надання потрібної йому інформації. Намісник також отримував від обер-директора формулярні списки митників усієї губернії - тут вказувалися дані про службову кар'єру митника, інколи про наявність родини та його належність до суспільного стану [14, арк.356]. Відомості про зібране з кожного виду товарів мито, про загальну суму грошових надходжень та про витрати штатних сум надсилалися з митних установ і до Комерц-колегії [15, арк.11-12].
Митні експедиції казенних палат обробляли всі дані, надіслані від митних установ губернії і заносили їх до так званої форми № 25, де містилася інформація про імпорт та експорт товарів та стягнення з них мита, про торгове сальдо губернії за матеріалами митних звітів [14, арк.164-165]. Радники з митних справ контролювали діяльність митних установ окремої губернії і звітували про свою та їх діяльність перед казенними палатами та намісником. Саме до казенних палат та до радників надсилалися фінансові відомості та рапорти керівництва окремих митних установ. Для вчасного отримання всієї документації з митних установ казенні палати наказували митницям надсилати звітну документацію до 25 числа кожного місяця [16, арк.1]. Казенні палати наприкінці року перевіряли канцелярську документацію митниць губернії, особлива увага надавалася фінансовим звітам - даним про надходження грошей на митну установу, про отримане мито, про штатні та понадштатні витрати, про відповідність витрат та прибутків [17,