Наприкінці 1798 року була видана перша загальна для всіх митних установ інструкція, в якій, у порівнянні з минулими роками, діловодству було приділено значно більше уваги. Була не тільки посилена регламентація діяльності митниць, але й значно уточнений рух як внутрішньої, так і зовнішньої документації. Митницям наказувалося звітувати казенним палатам про грошову казну установи, до Комерц-колегії надсилали відомості про привезення та вивезення товарів - щомісяця та наприкінці року (окремо - алфавітний перелік товарів, який подавався за результатами кожного місяця), щотижневі відомості про проїжджаючих через митницю осіб, щомісячні та річні відомості про прибутки та витрати митниці (зібране з кожного товару мито), про купців, які торгували поблизу митниці, та про їх товари і грошовий обіг, рапортували про надходження розпоряджень від губернського керівництва та листування з установами інших відомств [3, арк.28-35]. І хоча інструкція 1798 року вигідно відрізнялась від попередньої нормативної документації, але й вона не повністю відбивала стан справ на митних установах і не створювала цілісного уявлення про діяльність митників. Розсилалося митницями документації значно більше, ніж передбачалося самою інструкцією. Наприклад, взагалі не згадувався в інструкції митний інспектор, який, як свідчать записи у журналі вихідної документації Одеської портової митниці за 1800 рік, отримував відомості про товари та грошовий обіг на митниці за місяць і за рік, щотижневі рапорти про стан митниці та про події на кордоні. У казенну палату митниці відправляли щомісячні та річні рапорти з відомостями про казну та гербовий папір. Про провезення соли щомісячно звітували казенній частині губернії. Губернському правлінню надсилали щотижневі рапорти про стан кордону. Такий самий рапорт складали і для цивільного губернатора, якому ще надсилали і звіт про переїжджих через кордон осіб (також щотижневий) - саме цивільний губернатор регулював виконання митницями функцій прикордонного контролю [19, арк.85]. Військовому губернатору надсилали наприкінці кожної третини року атестати про службу митних чиновників, відомості про судноплавство (кожного місяця), відомості про прибулих з-за кордону осіб та прибулих до Російської імперії [16, арк.9-20]. До відома військового губернатора митні інспектори доводили інформацію про матеріальний стан митної установи [20, арк.5]. Значну кількість документів відправляли до Комерц-колегії та її президенту особисто: митниці рапортували про отримання та виконання усіх розпоряджень керівництва, щомісяця надсилали рапорти про стан кордону та про судноплавство в порту; кожні два тижні до колегії відсилали рапорти про надходження єфимків до скарбниці митниці, кожні 10 днів - донесення про переїжджих осіб. Надсилалися також фінансові відомості, які супроводжувалися рапортами або донесеннями. Окремо складалася тижнева відомість про проїзд іноземців через митницю [21, арк.7].

Із часом кількість вихідної документації тільки збільшувалася, а її реєстрація ставала ще більш детальною. Журнал реєстрації вихідної документації Феодосійської портової митниці, який заповнювався майже одночасно зі згаданим Одеським, містить дещо більше пунктів розсилки документації. Згідно з цим журналом митному інспектору рапортували про всі складові щоденної діяльності митниці, повідомляли про конфіскацію товарів, про призначення службовців до установи, про звільнення або відправлення у відпустку, про стан державного кордону та прикордонних постів, про отримання розпоряджень та пропозицій керівництва. Губернське казначейство отримувало всі фінансові відомості з рапортами про їх складання та відправлення з митних установ губернії. Митниці відповідали посадовцям та установам про отримання їх розпоряджень або пропозицій та про свої подальші дії у зв' язку з цими документами. Найбільшу кількість документації отримувала Комерц- колегія та міністр комерції, який виконував функції президента колегії. До Комерц-колегії надсилали рапорти про всі події в діяльності митної установи, щомісячні відомості про судноплавство, казну, невирішені митним присутствієм справи. Звітували про отримання наказів керівництва та про їх виконання, про призначення та звільнення службовців, про відсилку митних книг та відомостей на перевірку та про зміни в справочинстві, про затримання контрабанди та конфіскацію товарів. Особисто міністру комерції доповідали про курс валют на митниці (на митному аукціоні або на торгах поблизу митниці), про розкриті товарні місця, про конфісковані товари, про кадрові зміни на митницях [22, арк.1-45]. Після створення Департаменту зовнішньої торгівлі митниці відправляли свої звіти вже не до Комерц-колегії, а до Міністерства фінансів [17, арк.1]. У 1811 році Департамент зовнішньої торгівлі розіслав для всіх митних установ правила ведення документації разом з формами 28 книг та відомостей, які було необхідно доставляти для перевірки. Лише відомостей було передбачено 8 форм [23, арк.6-26]. Після видання 25 червня 1811 року "Загального установлення міністерств" були встановлені форми відношення та подання міністру фінансів та Департаменту зовнішньої торгівлі, окремо наголошувалося на обов' язковому дотриманні правил листування як з боку керівних установ, так і з боку виконавців розпоряджень [23, арк.104]. Департамент вимагав не поєднувати донесення на кілька розпоряджень і звітувати в кожному випадку окремо [17, арк.1]. Департамент зовнішньої торгівлі не обмежувався визначеною кількістю документації - у