6-8 грудня 1918 року, після того як командування корпусу відмовилось виконати ультиматум М. Горобця і скласти зброю, розпочалися бойові дії. Особливо героїчно проявили себе олександрівські семінаристи, які вступили до Вільного козацтва. Коли семінаристи увірвалися в шанці гетьманців, ті не прийняли рукопашного бою. "Та сила відваги, що була в юнаків, загіпнотизувала їхніх ворогів", - згадував козак Хортицького полку Микола Носик [24]. Наступаючи, козаки захопили пошту з кулеметами, у полон було взято 17 офіцерів. До речі, це та ж сама пошта, яку вільні козаки захищали від більшовицьких загонів 27-28 грудня 1917 року [28].

Австрійське командування під виглядом захисту мирного населення стало на бік білогвардійців. За досягненою угодою в ніч з 8 на 9 грудня 1918 року близько 1000 прихильників білої ідеї залишили Катеринослав. Вони вирішили пробиватися на возз' єднання з Добровольчою армією та намагалися перейти на лівий бік Дніпра в районі Олександрівська. Їх зустріли вільні козаки Хортицького полку. Маючи чисельну перевагу та кращу військову підготовку, офіцери розгромили козацький курінь, але не змогли пробитися через Кічкаський міст. Відступ білогвардійських частин продовжувався на правому березі Дніпра. Загони Вільного козацтва напали на відступаючих у районі селища Нововоронцовка. Під час бою загинуло 20 офіцерів, а 30 з них були поранені. На допомогу козакам виступили війська отамана М. Григор'єва, але на станції Апостолово два ешелони українських військ попали в засідку. Їх розстрілювали 25 кулеметів. Фактично всі козаки та старшини загинули. 21 грудня поріділий 8-й корпус із Бериславля переправився через понтонний міст на лівий берег Дніпра, до Каховки.

Збройний конфлікт наростав і з більшовиками. 5 грудня 1918 року на допомогу українським військам їхало 500 вільних козаків. Більшовики перестріли їх у Нижнєдніпровську й одібрали зброю. Послану делегацію вони почали обстрілювати. На Чечелівці та на Кайдаках червоногвардійці вели наступ на вільних козаків. Надалі бої продовжувались зі змінним успіхом, і 25 грудня 1918 року українські війська атакували більшовиків і примусили їх відступити на лівий берег Дніпра. Невдовзі останні спільно з Махном почали контрнаступ [12, с. 96; 28].

Розгоралася нова війна між Директорією УНР і радянською Росією. Активну участь у війні брала і дивізія "Запорозька Січ", яка була сформована з представників Вільного козацтва Катеринославщини. Організаторами її стали А. Гулий-Гуленко, М. Горобець, Ю. Божко. Національному романтику Ю. Божку допомагав вести пропаганду серед козацтва Василюк. Таким чином, у Катеринославі утворилося ядро дивізії "Запорозька Січ". Вона уконстатувалася пізніше, після відступу українських військ із Катеринослава [12, с. 94-95]. Дивізія стала основою Південної групи армії УНР та брала участь у боях 1919-1920 рр. Трагічно склалася і доля організаторів Вільного козацтва та цієї дивізії на Катеринославщині. Гаврило Горобець загинув при нез'ясованих обставинах у Києві в 1925 році. За деякими даними це була операція чекістів. Микола Горобець у 1919 р. став Державним інспектором корпусу УСС. Спрямований урядом УНР для організації повстанської боротьби, був заарештований і розстріляний більшовиками в 1920 році. Юхим Божко загинув у сутичці з отаманом О. Волохом у січні 1920 року.

Інша частина катеринославських козаків і старшин стала активними учасниками і керівниками повстанських загонів. У 1919-1920 роках вони створили Катеринославський кіш вільнокозацьких повстанських військ. Він діяв на Катеринославщині та Херсонщині. У першій половині 1919 року Кіш вів бойові дії проти більшовицьких військ біля Катеринослава та Олександрівська. Газета "Повстанець" вийшла із закликом: "...Коли московські більшовики-комуністи почали провадити політику московських імперіалістів, дивились на Україну як на колонію Російської Совітської Федеративної Республіки, коли весь скарб, все народне добро почали перевозити в Московщину, трудовий люд України повстав зі зброєю в руках проти красних імперіалістів, гнобителів як національного, так і економічно-соціяльного життя українського селянства та робітництва" [29]. У другій половині 1919 року повстанці вели вже бої проти Добровольчої армії Денікіна.

Організаторами та керівниками цієї військової одиниці стали старшини Вільного козацтва. Отаманом Коша був Михайло Малашко, його заступником - Трифон Гладченко, начальником штабу - Дяківський, начальник політичного відділу - Фотій Мелешко. Залишались однаковими і гасла, сформульовані ще в 1917 р. [30]. Навесні 1920 року вільнокозацький кіш з боями пройшов сотні кілометрів, переправився через Дніпро. Його отаманом став Антон Якович Гребенник (Чорна Хмара). Після підписання угоди між УНР та армією Врангеля відділи козаків приєдналися до його частин. Разом з ними вони відступали до Криму, а потім до Феодосії, були евакуйовані з кубанськими козаками до Туреччини та Румунії, після чого опинилися в еміграції. Деяка частина від коша залишилась на Україні й продовжувала діяти під керівництвом отаманів Гулого-Гуленка та І. Малолітка (Сатани) до 1922-1923 років.

На Херсонщині організації Вільного козацтва також взяли активну участь у антигетьманському повстанні. Хоча 3 грудня 1918 р. Генеральна Козацька рада виступила з "Відозвою", але її зміст і гасла не змогли зупинити повсталих. У ній закликалося: "...Громадяни і козаки України! Генеральна козача рада, яка утворена, щоб охороняти національний суверенітет українського народу, в цю страшну і відповідальну хвилину, що переживала Батьківщина наша, звертається до вас, козаки, з гарячим закликом вжити всіх заходів до як найскорішого відвернення братоубивчої