2 квітня 1920 р. був заарештований архієпископ Я. Цепляк. Церковні комітети розіслали телеграми протесту в найвищі інстанції, відповіддю влади стали масові арешти парафіян, багато з яких були відправлені до таборів. Щоб уникнути подальших репресій серед католиків архієпископ Я. Цепляк 15 квітня 1920 р. написав заяву, зобов'язуючись «сприяти заспокоєнню розумів», і через два дні був звільнений, але за ним було встановлено нагляд.

Священиків заарештовували й під час польсько-радянської війни. 18 березня 1921 р. у Ризі був підписаний мирний договір, в VII статтю якого було внесене право Римо-католицької церкви в Росії самостійно здійснювати свою діяльність «у межах внутрішнього законодавства» [13, с.17]. Однак саме це законодавство було повністю антицерковним й антирелігійним.

Новий привід до переслідування Церкви з'явився у зв'язку з голодом на Півдні України, почалася кампанія щодо вилучення церковних цінностей, що проводилася яку православних, так й у католицьких храмах. У багатьох місцях парафіяни активно протестували, у деяких місцях їм вдавалося замість церковних віддавати свої власні коштовності. Опір вилученню цінностей, а також завзята відмова парафіяльних громад від підписання «договорів щодо користування храмами» привели до нової хвилі закриття церков [14, с.89-91].

Від самого початку більшовики прагнули внести розлад у Церкву зсередини. У Православній Церкві це привело до дійсного розколу, у Католицькій - розколу не відбулося, однак багатьох священиків погрозами й обіцянками влада намагалася змусити відмовитися від своїх поглядів.

Репресії, а також атеїстична пропаганда послабляли Церкву. Багато священиків відбували покарання, деякі були вислані за кордон. На Півдні України не залишилося жодного католицького єпископа, не вважаючи старого, який нещодавно відійшов від справ, Тираспольського єпископа А. Церра. Фактично РКЦ не мала ієрархії. Тому папа римський Пій XI заснував при Конгрегації Східних Церков Комісію «Pro Russia» для координування допомоги Церкві в колишній Російській імперії. Ватикан намагався дипломатичними каналами зв'язуватися з радянським урядом, щоб знайти вихід із створеної ситуації. Офіційні переговори успіху не мали, але посол Ватикану, єпископ М. Д'Ербін'ї, приїжджав кілька разів до Росії в 1926 р. та зміг відновити зруйновану структуру Римо- католицької церкви, призначивши апостольських адміністраторів, а деяких з них - єпископами.

До цього часу на території Радянського Союзу адміністрація Католицької Церкви мала наступну структуру:

Могильовська архієпархія, що включає Центральну й Північну частину європейської Росії й Північно-Східну (радянську) частину Білорусії;

Мінська дієцезія (Східна її частина перебувала у складі СРСР);

Житомирська дієцезія, у більшій своїй частині перебувала на території Радянської України (туди входили Північна й Центральна частина України);

Кам'янець-Подільська дієцезія - повністю на території СРСР (Південна Україна);

Тираспольська дієцезія, що включала Південну частину Східної України й Поволжя;

Владивостоцька дієцезія, утворена 3 лютого 1923 р. (Східна Сибір і Далекий Схід);

Апостольський Вікаріат Сибіру (Західна частина Сибіру й Середня Азія);

Апостольський Вікаріат Криму й Кавказу, утворений, імовірно, під час громадянської війни в Південній частині Тираспольської дієцезії;

Апостольська адміністратура для католиків вірменського обряду;

Екзархат Греко-католицької Церкви в Росії [15, с.45-49].

Проведена таємна реорганізація була покликана відновити ієрархію католицької церкви. Позбавлення юрисдикції єпископів, що проживали за межами СРСР, у тому числі й Тираспольського єпископа Й. Кесслера, - було спробою відгородити Церкву від обвинувачень в іноземному втручанні. На території України були створені наступні адміністратури:

Харків - священик В. Ільгін,

Одеса й Крим - єпископ А. Фрізон,

Житомирська дієцезія — священик Ф. Скальський,

Каменецька дієцезія - священик Я. Свідерський.

Однак незабаром й нові адміністратори піддалися різним репресіям. Трагічно складалося життя німців, що загинули пізніше мученицькою смертю. Єпископ А. Фризон так і не зміг оселитися в Одесі. Практично він служив тільки в Сімферополі, піддаючись частим арештам, а при останньому арешті був розстріляний [16, с.54].

Офіційні церковні структури були паралізовані, єдиною можливістю збереження церковного життя були чернечі або подібні з ними громади (переважно жіночі), що діяли нелегально на території Південної України. Однак і ці чернечі громади незабаром були ліквідовані, а їхні члени піддані репресіям.

До кінця 20-х pp. Римо-католицька церква на Півдні України внаслідок відсутності в регіоні такої соціальної бази, яку мало православ'я, практично припинила своє існування, за винятком декількох приходів у великих містах. Радянський режим, починаючи з 1923 р. повів організований наступ на католицизм [14, с.102]. Становище католицької церкви було набагато складніше, ніж інших християнських віросповідань. Православні, обновленці, лютерани, баптисти та інші релігійні організації налагодили регулярний випуск різних періодичних видань, проводили всілякі з'їзди, синоди, конференції, мали у своєму розпорядженні свої навчальні заклади. У католицької церкви не було практично нічого. її діяльність та ієрархічна структура довгий час ретельно приховувалися від більшовиків.

До 1929 р. хвиля переслідувань, спрямована проти всіх без виключень конфесій, досягла свого апогею. Зважена й продумана церковна політика вважалася другорядною в порівнянні з іншими політичними й соціально-економічними проблемами. Боротьба з релігією в Радянській Україні вступила в заключну стадію. До 1939 р не залишилося жодного місцевого католицького священика, який би перебував на волі.

Отже, під впливом змін у політичному житті Південної України, що відбулися на початку XX