Незавершеність формування військових структур обумовлювалася відсутністю в українських більшовиків власної державної території й, відповідно, - достатніх для створення повнокровних збройних сил матеріальних, фінансових і людських ресурсів. Спеціальний вищий військовий (армійський, наприклад) орган, навіть якби він був утворений і поставлений над дивізіями, не спираючись на інші державні структури (економічні й силові), ніяк не зміг би забезпечити централізованого постачання своїх військ і контроль за ними, - відтак і потреби в його утворенні не виникло. ВЦВРК, як військово-політичний орган, обмежувався загальними директивами повстансько-партизанським силам. На їх виконання впливали не лише об'єктивні обставини, а й бажання чи небажання особового складу та командирів повстансько-партизанських формувань, їх уявлення про військову дисципліну.

Слід наголосити, що до Повстанської армії України входили не всі збройні формування, підконтрольні ВЦВРК (тобто повстанські й партизанські групи, загони, штаби та інші військово-революційні організації), а лише ті з них, які було реорганізовано за зразком реґулярних. Такими з моменту виникнення армії до її реорганізації й зміни назви були тільки 1-ша і 2-га дивізії.

Наказів або спеціальних відомостей, які відображали б склад армії та її організацію, немає. Єдина пряма вказівка на те, що вся вона складалася з двох дивізій - у виступі члена ВЦВРК Ю.Л.П'ятакова 19 жовтня 1918 р. на II з'їзді КП(б)У55. Із матеріалів наради представників від ВРК України та протоколів з'їзду все ж видно, що незважаючи на наявність у підпорядкуванні ВЦВРК на зайнятій німецькими та австро-угорськими військами території України, у «нейтральній» і прикордонній зонах значної кількості збройних утворень ще з літа 1918 р., повстанська армія вважалася ще не сформованою остаточно, а місце її перебування не збігалося з дислокацією всіх формувань ВЦВРК - це лише «нейтральна зона» і частина прикордонної смуги.

Після видання наказу №6 (про створення дивізій) ніякого вищого військового органу для своїх реґулярних збройних формувань - ані військового міністерства, ані головного, ані фронтового, ані хоча б армійського штабу чи якогось польового управління - більшовики України так і не створили. Усі функції управління і командування Повстанською армією України зосереджувалися у Всеукраїнському центральному військово-революційному комітеті, який було утворено Центральним комітетом КП(б)У згідно з резолюцією I з'їзду КП(б)У «Про Народний секретаріат». Члени ВЦВРК обиралися і відкликалися ЦК партії. Функції ВЦВРК і місцевих ВРК визначалися резолюціями I з'їзду КП(б)У «Про поточний момент» і «Про збройне повстання». ВЦВРК було створено для об'єднання і керівництва діяльністю всіх обласних ВРК. Його основне завдання полягало в керівництві повстанською боротьбою в Україні. За своєю суттю ВЦВРК, так само, як і підпорядковані йому обласні, районні та місцеві ВРК, залишався насамперед політичним органом56. Це чітко зазначено в резолюціях I з'їзду КП(б)У: «військово-революційні комітети повинні бути організовані як органи повстанської влади на місцях», «у разі перемоги повстання в якому-небудь окремому районі, або на більшій території, військово-революційні комітети оголошують себе тимчасово, до обрання ради, місцевою робітничо-селянською владою» тощо. Суто ж військово-організаційні та військово-бойові функції виводилися поза рамки ВРК: «При центральному, обласних і районних військово-революційних комітетах мають бути створені штаби, яким належить лише військово-технічне керівництво повстанням»57. Військові штаби організовувалися і діяли на правах відділів при ВРК, як це було передбачене «Коротким керівництвом до утворення військово-революційних комітетів», виданим у червні 1918 р. Народним секретаріатом («повстанською дев'яткою») - попередником Всеукраїнського ЦВРК58. ВРК на місцях продовжували керуватися «Коротким керівництвом» і після утворення ВЦВРК. Це видно з інструктивних і звітних матеріалів Одеського, Миколаївського та Херсонського ВРК59. Функції військових штабів відображені в назвах їх відділів: оперативний, розвідувальний, зв'язку, формувань, постачання.

Всеукраїнський ЦВРК власного військового відділу (штабу), який би виконував усі ті завдання, що й штаби при місцевих ВРК, не створив. Щоправда, у його складі існував оперативний відділ, про який, на жаль, маємо лише одну згадку від серпня 1918 р.60 На нараді представників військових штабів 31 липня - 1 серпня 1918 р. у Курську обговорювалося питання про організацію загального (центрального) штабу. Його створенням займався ВЦВРК. За пропозицією A.C.Бубнова, було доручено «центроштабу, представникам ВРК і його оперативному відділу найближчим часом виробити військово-стратегічний план повстання і вказати окремим штабам і місцевим силам ті завдання, які вони у цьому плані повинні здійснювати»61.

Із виступів A.C.Бубнова на нараді представників від військово-революційних комітетів, яка відбулася 7-8 жовтня в м. Орлі, а також на II з'їзді КП(б)У зрозуміло, що центральний штаб справді було утворено незадовго до Ніжинського (або Серпневого) повстання і переправлено на територію України для безпосереднього керівництва виступом. Однак ніякої реальної роботи штаб не зміг здійснити - виявилося, що селянським повстанням керувати неможливо. А.С.Бубнов констатував: «... ми стали наче відповідальними консультантами, однак працювати