Протягом другого етапу роботи товариства продовжувалася плідна видавнича діяльність. За 16 років ІФТНУ видало чотирнадцять випусків «Літопису» і два окремих видання - ювілейний збірник на честь 15-річчя товариства48 та випуск під назвою «Засідання педагогічного відділу Історико-філологічного товариства при Новоросійському університеті 2 квітня 1905 року», присвячений питанням реформування середньої школи49. Останній містив статті, в яких у доволі сміливій формі лунала критика тогочасної урядової політики у системі освіти50.

ІФТНУ продовжувало дослідження і суто археологічних питань. Цьому також сприяла співпраця з Московським археологічним товариством із підготовки і проведення всеросійських археологічних з'їздів. Так, на XII з'їзд, що відбувся у серпні 1902 р. у Харкові51, від ІФТНУ були делеговані професори Новоросійського університету О.І.Маркевич, О.А.Павловський, Е.Р.Фон-Штерн. Участь в археологічних з'їздах брали не тільки професори, викладачі університету, а й ті члени товариства, які представляли середню ланку освіти, тобто викладачі гімназій. Так, на XIII археологічний з'їзд (Катеринослав, 1905 р.)52 від ІФТНУ вирушили дев'ятеро осіб. Окрім викладачів Новоросійського університету були направлені і викладачі одеських гімназій. XIV археологічний з'їзд відбувся у Чернігові у серпні 1908 р.53, а XV - у Новґороді у 1911 р.54 На кожному із них ІФТНУ представляла досить чисельна делегація.

Результатом другого етапу діяльності товариства стало зростання його авторитету у науковому світі. Цьому сприяла активна робота членів ІФТНУ. Адже вони розробляли питання літературо-, слов'яно-, візантієзнавства, усесвітньої і вітчизняної історії, філології. Завдяки участі членів товариства і педагогічного відділу у державному загальноосвітньому процесі сфера наукових інтересів інституції значно розширилася. Помітно збільшилася кількість членів. Якщо у 18991900 навчальному році налічувалося 137 осіб, то у 1909-1910 рр. кількість членів ІФТНУ становила уже 329 осіб. Таке збільшення відбулося за рахунок його розширення і, насамперед, поповнення лав педагогічного відділу вчителями середніх і початкових навчальних закладів55.

Третій етап діяльності ІФТНУ бере свій початок із моменту офіційного затвердження другого статуту товариства - 6 жовтня 1914 р. і тривав до 1923 р. - часу, коли відбулася юридична ліквідація ІФТНУ. Цей етап виявився найменш продуктивним, оскільки охоплював буремні роки Першої світової війни, революцій, громадянської війни і неодноразового реформування освітянських закладів.

Очолювали ІФТНУ у той час С.Ґ.Вілінський, О.Д.Щербина, Б.М.Ляпунов. Діяльність товариства регламентувалася другим його статутом (11 квітня 1915 р. на річному засіданні ІФТНУ було оголошене рішення департаменту народної просвіти про затвердження цього документа)56.

Новий статут закріпив становище, яке було досягнуте товариством за 25 років його функціонування. Замість 22 параграфів він мав уже 28. У них прописувалися всі права й обов'язки членів і керівництва ІФТНУ. Статут передбачав не лише поділ товариства на відділи, але і кожен відділ у разі свого розширення міг мати більш складну організацію57.

Діяльність товариства протягом третього етапу практично зосереджувалася на проведенні засідань, що відбувалися у середньому один раз на місяць, крім часу літніх вакацій. Серед них, як і раніше, були засідання правління, загальні, річні58.

У зв'язку зі скороченням кількості доповідей і неможливістю їх публікування засідання правління скликалися в основному лише один раз на рік. Зменшилася також і кількість загальних засідань. За складних умов воєнного часу скоротився, а далі і зовсім припинився обмін виданнями з іншими дослідницькими закладами, передусім іноземними науковими організаціями. На відміну від попередніх, протягом цього етапу товариство не брало участі у всеросійських археологічних з'їздах. Із початком Першої світової війни XVI з'їзд у Пскові, запланований на 1914р., було скасовано.

Видавнича діяльність ІФТНУ також не відрізнялася продуктивністю. Причиною цього були складні воєнні часи. Через значне подорожчання паперу і друкарських послуг правління пішло на обмеження видавничої діяльності. Уже на 1914р. замовлення, виконані для ІФТНУ, значно перевищили можливості каси товариства59. У 1916 р. було припинене видання «ЛІФТНУ».

Починаючи з 1917 р. діяльність товариства поступово занепадає. На це вплинуло багато факторів, серед яких революційні події, часта зміна влади, катастрофічна нестача грошей, зменшення кількості членів. Деякі професори взагалі вимушені були залишити університет та виїхати за кордон60.

Улітку 1920 р. Новоросійський університет було реорганізовано. Замість нього був утворений інститут народної освіти (ІНО)61. І вже у квітні 1921 р. ІФТНУ відновило свою діяльність62. Із квітня по листопад товариство проводило засідання. Члени ІФТНУ виголосили одинадцять доповідей. Однак у зв'язку із зимовими холодами товариство знову змушене було припинити свою діяльність63.

Третій етап функціонування ІФТНУ виявився найменш продуктивним, оскільки припав на складні політичні, економічні і соціальні умови. Відтак, це позначилося і на його діяльності. Товариство опинилося на межі існування, але все ж, хоч і з перервами, продовжувало працювати. Юридично ІФТНУ було ліквідоване у 1923 р., коли відбулося його об'єднання з Одеським бібліографічним товариством. У результаті виникло Одеське філологічне товариство64.

Таким чином, за час своєї діяльності Історико-філологічне товариство при Новоросійському університеті об'єднало яскравих представників науки у галузі візантійської, слов'яно-руської і класичної філології, усесвітньої і російської історії. За понад 30-річний період діяльності товариство провело значну наукову і громадську роботу - близько 550 засідань, де зачитано понад 650 доповідей та рефератів. У науковий обіг було введено виявлені цінні документи та інші матеріали. За результатами своєї діяльності товариство видавало збірники наукових праць. Усього за