6 жовтня 1934 р. С.Боровий був зарахований на посаду професора кафедри політичної економії Одеського кредитно-економічного інституту, де викладав курс «Історія народного господарства». Згодом педагогічна діяльність зайняла помітне місце у житті та творчості вченого. Але особливого хисту та визначних педагогічних здібностей С.Боровий не мав і сам це чудово розумів, оцінюючи свою лекторську майстерність доволі критично50. Це ж підтверджують і його знайомі. Крім того, студентам він здавався людиною замкненою, зануреною у власні думки, завжди зосередженою на чомусь своєму51. Не викликав він особ- ливої приязні й у декого зі свого нового оточення, адже був розумнішим за багатьох деканів, чиновників та партійних функціонерів. У спілкуванні з ними науковець докладав чимало зусиль для того, щоб приховати свою очевидну інтелектуальну перевагу52.

Тим часом ідеологічна ситуація у науці загострювалася. Боротьба між «буржуазною» та «марксистською» історіографіями закінчилась перемогою останньої. А вже після того, як вийшов друком «Краткий курс истории ВКП(б)», фактично відбулася канонізація марксистсько-ленінської методології. Із цього часу історична наука підлягала жорсткому ідеологічному контролю. Почалися масові репресії. Важко стало працювати й у бібліотеці - проводилися «чистки» каталогів, підлягали репресіям директори та співробітники, на їх місце приходили нові, «ідеологічно витримані». За С.Боровим закріпили двох аспіранток, а оскільки їх керівник був людиною некомунікабельною, жінки вирішили, що професор приховує свої знання і відразу доповіли «куди треба». У результаті у 1938 р. учений був змушений звільнитися53. В інституті С.Боровий також був під пильним наглядом.

Із початку 1930-х рр. історія євреїв в Росії та Україні як предмет дослідження поступово табуюється. Єдину установу, в якій науковці спеціально займалися єврейською історією - Гебраїстичну історико-археографічну комісію - спочатку було реорганізовано в інститут єврейської пролетарської культури, а згодом зовсім ліквідовано54. Багатьох дослідників, які працювали у цій галузі, було репресовано. Так, в Одесі заарештували історика Є.Загоровського, з яким спілкувався С.Боровий. Закриття багатьох видавництв унеможливлювало публікацію робіт на єврейську тематику, а вчений практично нічого не писав «у стіл». Утім, він продовжував плідно працювати, прагнучи професійного зростання і вдосконалення.

1938 р. рішенням ВАК С.Боровому було присвоєно науковий ступінь кандидата історичних та економічних наук без захисту дисертації (за сукупністю робіт). Він став одним із перших кандидатів історичних наук в Одесі55. Незабаром у справу втрутився «його величність» випадок. С.Борового, як спеціаліста з питань економічної історії, викликали у Москву для обговорення нового видання праці П.Лященка «История народного хозяйства СССР». Обговорення не відбулося, але історик використав поїздку з користю. Він, захопивши рукописи своїх робіт про євреїв у Запорозькій Січі, єврейське населення України за часів повстання Б.Хмельницького та євреїв Лівобережної України у ХVІ-ХVІІІ ст., з'явився в Інституті історії Академії наук СРСР. Тут С.Боровий зустрівся з академіками Б.Ґрековим та В.Пічетою, які хоч і не були спеціалістами з історії євреїв, але зрозуміли, що автор цих досліджень - серйозний науковець.

За порадою В.Пічети, історик, щоб надати своїй роботі вигляду дисертації, написав вступ історіографічного характеру, в якому пов'язав окремі статті в єдине ціле. Отже, за три тижні докторська була готова, щоправда, цьому передували десять років скрупульозної, сумлінної праці56. Дисертаційна робота С.Борового «Очерки по истории евреев на Украине в ХVІІ-ХVІІІ вв.» складалася з трьох основних частин - «Евреи в Запорожской Сечи», «Национально-освободительная война украинского народа против польского владычества и еврейское население Украины» та «Евреи в Левобережной Украине в ХVII-ХVIII вв.»57. Таким чином, в основу двох перших розділів було покладено попередні дослідження, які були вже опубліковані у вигляді великих та ґрунтовних статей.

С.Боровий на основі широкого кола маловідомих джерел заперечив традиційні погляди на запорожців як затятих винищувачів євреїв. Одночасно він подав соціальну структуру єврейського населення XVI-XVII ст., підкресливши його неоднорідність. Крім того, автор навів чимало прикладів мирного єврейсько-українського співіснування та наявності у козацькому середовищі єврейських вихідців58.

У другому розділі дисертації С.Боровий розглянув долю єврейського населення України за часів національної революції середини XVII ст. Ця тема сприймалася неоднозначно в єврейській, російській, польській та українській історіографіїях. На думку дослідника, історична наука ще не дала правдивої оцінки долі і місця євреїв у подіях середини XVII ст. в Україні. Так, він уважав хибною поширену на той час в єврейській історіографії концепцію «між молотом і ковадлом», доводячи, що євреї не були лише жертвами, які волею історичного випадку потрапили «під ножі вбивць». На думку вченого, тогочасна дійсність була складнішою, і євреї виступили не тільки пасивними жертвами, а й воюючою стороною. Розстановка сил приводила основну частину єврейського населення на польський бік. Проте С.Боровому вдалося знайти у джерелах випадки переходу євреїв у табір Б.Хмельницького59.

Історик зміг значно розширити джерельну базу своїх досліджень і подати власне бачення ролі єврейського населення в Українській