У той же час С.Боровий отримав ще одну пропозицію - написати розділ про Одесу для «Чорної книги». Ця праця була присвячена загибелі євреїв в окупованих районах СРСР. Кожну сторінку вчений писав «кров'ю серця», але через адміністративний безлад у редакції ці матеріали тоді так і не побачили світ71. Тільки після смерті науковця згадане дослідження вийшло окремою публікацією - «Гибель еврейского населения Одессы во время фашистской оккупации»72. А праця «Евреи в Одессе» і по сьогодні залишається невідомою читачеві.

С.Боровий активно співпрацював із газетою «Большевистское знамя». Теми публікацій - діяльність окупаційної влади, історія міста тощо. Завдяки літературному хисту історика інформація подавалася легко та цікаво, іноді автор публікував невідомі історичні матеріали73.

Із довоєнних часів увагу вченого привертала соціально-економічна тематика, особливо історія банків. Так, 1940 р. вийшла стаття С.Борового «Банки России в первые десятилетия их существования»74. Дослідження здобуло високу оцінку і стало затребуваним. У своїй відомій праці на неї посилається П.Лященко75. У 1947 р. вийшла друком ціла низка робіт С.Борового, що були присвячені економічній історії76. Така переорієнтація у дослідницькій діяльності мала під собою ряд факторів. У 1947-1948 рр. розгорнулася кампанія боротьби з «низькопоклонством перед західною буржуазною культурою». Гостро відчувалася загальна атмосфера страху та державного латентного антисемітизму. Були ліквідовані єврейські видання та наукові інституції, неможливо було друкувати дослідження з історії євреїв тощо. Імовірно, саме в такій ситуації, відчуваючи небезпеку, С.Боровий обрав нейтральну тематику, що була в руслі розвитку радянської історіографії, орієнтованої на вивчення соціально-економічних процесів. Утім, і далі Саул Якович продовжував цікавитись головною темою свого життя, постійно звертаючись до «єврейського питання» у своїх економічних та краєзнавчих студіях77.

Учений не обмежувався лише дослідженням ролі кредиту та банків у Росії. Під час роботи він вийшов на ширші проблеми економічної політики та суспільно-політичної думки. У подальшому такий підхід дав йому можливість по-новому підійти до вивчення суспільно-політичної історії Росії ХІХ ст. взагалі і, зокрема, економічних поглядів декабристів та О.Пушкіна78. У першу чергу історик намагався розширити джерелознавчу базу своїх досліджень. Велику користь принесли багаторічні пошуки в архівах Ленінґрада, де зберігався архів царського міністерства фінансів, та Москви. Здобувши новий матеріал, С.Боровий по новому підійшов до загальних проблем економічної історії Росії.

Важливою частиною наукової діяльності вченого залишалось історичне краєзнавство. У 1947-1948 рр. вийшли друком праці, присвячені історії Одеси79. Із краєзнавством пов'язані і науково-літературні студії вченого. У 1948 р. С.Боровий закінчив дослідження про одеський період життя польського національного поета А.Міцкевича. Але друком стаття вийшла лише у 1956 р. на сторінках «Литературного наследства»80. Ця праця вченого виконана на межі історії російського суспільного руху та полоністики - нової сфери науково-літературних зацікавлень вченого. С.Боровий не просто подав інформацію про одеський період біографії поета, як це робилося раніше, а й привернув увагу наукового загалу до суспільно-політичних зв'язків та діяльності А.Міцкевича, чим значно розширив уявлення про цей період його життя.

Тим часом ситуація на «ідеологічному фронті» продовжувала загострюватися. Кампанія боротьби з «низькопоклонством перед Заходом» 1948 р. переросла у «проробку» радянських учених та діячів культури, праці яких не відповідали державній політиці і були «заражені космополітизмом». «Космополітів» звинувачували в утворенні «літературного підпілля», в «ідеологічних диверсіях», у ненависті до «радянського народу» та образливому ставленні до російської людини, пропаґанді і звеличенні юдаїзму та сіонізму, а також у буржуазному націоналізмі. «Безрідні космополіти» ставали прямими «аґентами Волл-стріту». Отже, для органів держбезпеки тут було чимало справ81...

Ця кампанія не оминула і С.Борового, в якого, окрім «п'ятої графи» паспорта, були й «ідеологічно невитримані праці» з історії євреїв. Через «буржуазно-об'єктивістські помилки» дослідника було усунуто від керівництва аспірантами, студентським науковим товариством та редагування збірника праць інституту82. Але це був тільки початок. Апогеєм хвилі репресій стала так звана «справа лікарів-убивць». Із самого початку ця кампанія, девізом якої був «антикосмополітизм», стала частиною пропаґанди великодержавного шовінізму. Отже, вченого звільнили з роботи83.

За логікою тих часів, наступним кроком був арешт. Проте не завжди все відбувалося згідно з логікою. Одного разу до помешкання науковця завітала людина «з органів», і під приводом перевірки паспортів довго та здивовано роздивлялася професорську кімнату у комуналці. Імовірно саме завдяки своєму невмінню влаштовуватись С.Боровий залишився тоді на волі і не був заарештований. Після цього він прийняв рішення їхати у Москву, а потім у містечко Клинці під Брянськом84.

Незабаром помер Сталін і необхідність в арешті ще одного діяча єврейської культури відпала. Учений повернувся в Одесу. Але у рідному місті кампанія цькування тривала по-провінційному довго. Так, через двадцять днів після смерті Сталіна у місцевій газеті обкому партії «Чорноморська комуна», у номері від 25 березня 1953 р., з'явилася стаття «Буржуазний націоналіст під маскою вченого», яка містила традиційний набір штампів свого часу - С.Борового звинувачували у «буржуазному