Звертає на себе увагу науковий підхід Ф.А. Щербини до джерелознавчої бази дослідження. Документи, які потрапляли до рук дослідника та його помічників, одразу розкладалися по напрямках, класифікувалися, систематизувалися. В перші місяці плідної евристичної роботи для колективу, який працював над збором архівних матеріалів, стало очевидним, що документи, які вдалося вилучити з архівосховищ, ніколи раніше не вводилися до наукового обігу. Більш того, значна частина з них суперечила певним тенденціям, іноді зводила нанівець висунуті раніше концепції розвитку краю. Опрацювання потужного комплексу неопублікованих джерел, розуміння того, що потрібні будуть переконливі докази нового бачення історичних процесів, переконання в необхідності познайомити з виявленими матеріалами широке коло дослідників, змусили Ф.А. Щербину гостро поставити питання про необхідність паралельно з написанням історії Кубанського війська видавати збірники матеріалів до історії козацького формування. Листи з обґрунтуваннями були відправлені у відповідні органи місцевого та центрального управління. В них дослідник писав: "Кожний відділ, за змістом документів, являє собою щось особливе, пов'язане, однопредметне і, так би мовити, сам собою направляється на друкування" [1, арк.7-8]. Разом з тим, він наголошував, що збірники матеріалів повинні носити науково-довідковий характер. Для цього кожний збірник повинен включати в себе однопредметний матеріал, розташований у хронологічному порядку, з передмовою, в якій буде вказано характер документів, подано короткий виклад змісту кожного окремого документу з відповідними поясненнями та уточненнями до нього. В такому вигляді збірники історичних матеріалів до історії Кубанського козацького війська, на думку Ф.А.Щербини, мали б, крім наукового ще й практичне значення, бо давали б масу довідкового матеріалу з різних галузей військового господарства, цінні дані зі статистики, впровадженню окремих технологій, тощо.

Ф. А.Щербина клопотався про видання спочатку 6-ти томів збірника архівних документів до історії війська. В 1906 році, по мірі накопичення матеріалів, він поставив питання про видання 12-ти томів систематичного збірника архівних документів, які обов'язково мають супроводжуватися коментарями, покажчиками та науково-допоміжним апаратом. При цьому вчений знову ж таки наголошував, що збірники потрібні не для однієї історії та істориків, вони можуть дати практичні рекомендації та поради для тих чи інших заходів, для різних галузей господарства (наприклад, для рибальства, солепромислу, тощо).

Працюючи в архівосховищах регіону дослідник гостро поставив питання про необхідність забезпечення належних умов зберігання історичних документів. Уже на початковому етапі знайомства з документацією військового архіву Кубанського козацького війська Ф.А.Щербина констатував зникнення багатьох документів різної видової належності, в тому числі оригіналів деяких важливих актів та указів. Дослідника засмутила і відсутність у військовому архіві "Исторических записок о войске Черноморском" військового старшини Туренка, які мали особливу цінність і вже на той час стали бібліографічною рідкістю. Дослідник наголошував, що збереження десятиліттями накопичуваного документального багатства можливе через його публікацію у вигляді збірників документів та суворого дотримання в будівлях, які відведені для зберігання документації, охоронного, температурно-вологого, протипожежного режимів. Звертає на себе увагу те, що Федір Андрійович не тільки організував вивчення архівних матеріалів з історії краю, війська, а ще й прагнув зберегти їх та зробити народним надбанням.

Отже, бачимо, що основною джерелознавчою базою дослідження Ф.А.Щербини стали архівні документи різної видової належності: актові, справочинні, статистичні. Разом з тим, учений у процесі роботи над "Історією..." не останнє місце відводив мемуарним творам, у тому числі й епістолярії. Його заклик "вивчайте рідний край по одинці чи організованими групами, але ніколи не випускайте із поля зору наукового плану і системи. У знанні рідного краю - наша сила і велич батьківщини" став для добровільних помічників, сподвижників Ф.А. Щербини, усіх зацікавлених в написанні правдивої історії козацтва та краю, полем діяльності, напрямком роботи [8, с.6]. Із домашніх скринь діставалися приватні записки, спогади, мемуари, листи і передавалися досліднику, або друкувалися власниками матеріалів. Щоб активізувати процес пошуку мемуаристики, епістолярних документів Ф.А.Щербина з березня 1904 року регулярно публікував у "Кубанських обласних відомостях" запитальник з історії краю та козацького формування [9]. Іноді зразки мемуарної літератури та листи напівофіційного і приватного характеру потрапляли до вченого після його виступів на зібраннях різних наукових і громадських організацій та товариств. Саме у таких матеріалах, на думку Ф.А.Щербини, можна віднайти "свідчення, які б характеризували побутові особливості козака, його світогляд". Для дослідника це було важливим. Він неодноразово наголошував, що "козаки повинні знати, що в середовищі їхніх дідів та батьків були свої Муції Сцеволли і Горації Коклеси, і саме цю частину історії я вважаю неможливим скорити, а подати якомога повніше" [1, арк.90зв.; 3, с.248].

Необхідність опрацювання потужного комплексу різнопланових джерел, виявлених у 14 архівосховищах країни, та затримка проведення підготовчих робіт Головним управлянням козацьких військ не дозволили Федору Андрійовичу написати