Пропонований методичний підхід до оцінки стану водних екосистем включає декілька методичних процедур.

1). Вибір найбільш інформативних структурно-функціональних показників біоти. Аналіз літературних даних та власних напрацювань по структурних і функціональних характеристиках підсистем гідробіонтів, що належать до різних трофічних рівнів: автотрофи (водорості, вищі водні рослини), гетеротрофи (бактерії) і консументи (рослинно-, бактеріо-, детритофаги, хижаки) та екологічних груп: планктон, бентос, перифітон - дозволив виділити наступні показники.

Структурні характеристики угруповань гідробіонтів:

n – видове різноманіття – кількість видових і внутрішньовидових таксонів усіх систематичних груп гідробіонтів та їх співвідношення ( у відсотках до загальної кількості);

nt – таксономічне різноманіття – кількість таксонів рангом вище виду (рід, родина, порядок, відділ, царство), їх відсоткове співвідношення;

ne – екологічне різноманіття – біотопічна приуроченість угруповань гідробіонтів, яка дозволяє їм розвиватися в даний момент у планктоні, бентосі, обростаннях або інших біотопах;

Н – інформаційне різноманіття, індекс Шеннона: розраховується по видовому різноманіттю, біомасі (HB) чи по чисельності (HN) угруповань гідробіонтів;

Ni, Bi – кількісне різноманіття: чисельність Ni, біомаса Bi (тис.кл./л, орг./л, мг/л, г/м3,г/м2);

(Ni/Nзаг.) 100 – характеристика структури чисельності угруповань і дольова участь у формуванні сумарної чисельності конкретної систематичної групи (Ni);

(Вi/Взаг.) 100 – характеристика структури біомаси, те ж, що і для чисельності;

dn - видовий склад видів-домінантів угруповань гідробіонтів;

dN, dВ - кількісне різноманіття (dN - чисельність; dВ - біомаса) домінуючих видів;

(dNi/d) 100 - характеристика структури чисельності домінуючого комплексу угруповань гідробіонтів і дольова участь конкретного (dNi) виду у формуванні сумарної чисельності;

(dBi/d) 100 - структура біомаси домінуючого комплексу, те ж, що і для чисельності.

Просторово-часова динаміка перерахованих вище показників:

-просторова - по горизонталі - акваторія водойми; по вертикалі - його водна товща;

-часова - добова, сезонна, багаторічна - зміна структурних характеристик угруповань гідробіонтів за певний часовий інтервал (доба, місяць, вегетаційний сезон);

S - сапробіологічна характеристика якості води, що розраховується за видами-індикаторами різних зон органічного забруднення води, їх чисельністю (SN) або біомасою (SB);

J - інтегральна кількісна оцінка стану угруповань гідробіонтів за основними структурними характеристиками: видове різноманіття, чисельність, біомаса [1].

Функціональні характеристики:

А м2 - валова первинна продукція, що характеризує кількість енергії (в одиницях кисню, органічного вуглецю, калоріях, джоулях в м3, м2), фотосинтезованої фітопланктоном за певний проміжок часу (доба, місяць, сезон);

Р/В - коєфіцієнт (доба-1) - питома первинна продукція, розрахована для фотичної зони, чи всього стовпа водної товщі;

О2 - концентрація кисню, що характеризує фотоаерацію та атмосферну аерацію водної товщі;

R м2 - деструкція органічних речовин в планктоні;

А/R - індекс самоочищення-самозабруднення водної товщі органічними речовинами.

2) Експертна оцінка стану водної екосистеми, пріоритетних реально і потенційно існуючих джерел забруднення, основних природних і антропогенних чинників, що визначають розвиток різних підсистем біоти, збір усіх матеріалів фізико-морфологічної характеристики водойми, гідрологічного, гідрохімічного