Суміш газу відкачується з іонного джерела зі швидкістю, пропорційно , тому склад газу в іонному джерелі буде тим же, що й у напускній системі.

При молекулярному натіканні досліджуваної проби парціальний тиск кожного компонента в іонізаційній камері не залежить від присутності інших компонентів і пропорційний тільки парціальному тиску цього компонента у вихідній суміші. Градуювання мас-спектрометра зводиться до зняття мас-спектра кожного компонента і до виміру тиску в напускному балоні, тоді як при в'язкісному натіканні для градуювання потрібно використовувати суміш, близьку по складу до аналізованої. Основний недолік системи з молекулярним натіканням - швидке зменшення тиску легких компонентів. Цей недолік виключається при використанні балона напуску великого об'єму. Розміри балона визначаються допустимим падінням тиску під час аналізу для найбільш легкого з вимірюваних компонентів. Величина відносного падіння тиску в балоні напуску при існуючих методах реєстрації мас-спектрів не повинна перевищувати декількох десятих відсотка за 20-30 хв. (тривалість запису мас-спектра). Разом з тим, розходження швидкостей зменшення тиску для різних компонентів може використовуватися при визначенні їхньої молекулярної ваги, коли невідомий якісний склад суміші і лінії молекулярних іонів важко ідентифікувати. Для цього знімають залежності іонних струмів від часу, після чого по відомій швидкості спадання струмів знаходять молекулярні маси (ефузіометричний метод).

Для дотримання умов молекулярного натікання при достатній швидкості газового потоку використовуються круглі отвори в тонкій діафрагмі. Діаметр отворів повинний відповідати умові (де d - діаметр отвору, - середня довжина вільного пробігу молекули при даній температурі). Необхідне число отворів визначається продуктивністю насосів, пропускною здатністю вакуумних комунікацій, а також мінімальною адсорбційною «пам'яттю» мас-спектрометра.

Спосіб уведення зразка в систему напуску визначається його агрегатним станом. Найбільш просто розв'язується задача введення газоподібних речовин при кімнатній температурі. Системи напуску, що існують на вітчизняних приладах МХ-1302, МХ-1303, відповідають перерахованим вище вимогам. Загальним для них недоліком є відсутність можливості виміру тиску в балоні напуску за допомогою мікроманометра. У ряді випадків застосовується система подвійного впуску (MX-1304), що, завдяки безупинному порівнянню з еталонним зразком, підвищує точність аналізу. Ця система незамінна при аналізах мікродомішок.

При переході до аналізу рідких продуктів виникає ряд проблем, пов'язаних з летючістю зразка, адсорбційними явищами і термічним розкладанням. Летючість зразка - одна з важливих характеристик, що визначає метод введення зразка у прилад. Для одержання інтенсивних ліній у спектрі необхідно домогтися визначеного тиску в іонізаційній камері, а отже і відповідного тиску в системі напуску. З цією метою досліджуваний зразок вводиться в нагрітий балон напуску. Щоб уникнути конденсації пари температура трубки, що веде до іонізаційної камери, і всіх частин системи, що стикаються з випаруваним зразком, повинна бути досить високою. Оскільки коливання температури системи напуску відбиваються на зміні інтенсивності піків у спектрі, температура повинна підтримуватися постійною і протягом зняття мас-спектра зразка. У сучасних приладах це досягається застосуванням термостатичних пристроїв і схем електронної стабілізації.

Іноді, для підвищення летючості досліджуваних зразків їх переводять у похідні, що володіють набагато більшою летючістю, ніж вихідний продукт.

У літературі описані різні способи введення важколетучих зразків у систему напуску і камеру іонізації. Відповідно до одного з них невелика кількість аналізованого зразка в запаяній скляній ампулі поміщається в шлюз, що після евакуації з'єднується з балоном напуску; ампула розбивається, і речовина випаровується.

Застосування дисків із плавленої скляної крихти, покритих галієм чи індієм, спрощує процес введення і виключає проміжний шлюз. При зіткненні з поверхнею диска мікропіпетки зразок, заповнений нею проникає в систему. Удосконалення мікропіпеток і мікробюреток привело до конструкцій піпетки з постійним об'ємом, що дозволяє ввести 1*10-3 мл речовини із середньоквадратичним відхиленням 1*10-5 мл . У ряді робіт для введення більш в'язких речовин, поряд з дисками, покритими галієм, застосовувалися спеціальні галієві та індієві затвори.

Метод, за допомогою якого тверді або рідкі зразки можуть бути введені в систему напуску, нагріту приблизно до 200°С, був описаний Кольдекортом. Менш леткі матеріали можуть бути введені в мас-спектрометри після нагрівання в маленькій печі і випаровування безпосередньо в електронний пучок; така система застосовувалася при вивченні якісної сполуки асфальтів. Грубка може знаходитися також і поза іонізаційною камерою; у цьому випадку працюють з молекулярним пучком зразка. Остання система широко застосовувалася для дослідження металів і інших неорганічних сполук і продуктів термічного розпаду полімерів.

При дослідженні систем напуску, що працюють при підвищених температурах, виникає ще одна серйозна проблема, зв'язана з можливою термічною нестабільністю органічних сполук. Цей фактор багато в чому визначає верхня межа температури аналізу. Термічний розпад каталізується в присутності металевих поверхонь, і тому при роботі з нестабільними сполуками рекомендується звести до мінімуму присутність металу в системі напуску. Застосування скляних систем, шліфування і покриття емаллю металевих поверхонь, а також застосування деталей із золота зменшує швидкість розпаду. Велику роль грає також збільшення швидкості запису спектра, оскільки термічне розкладання в системі напуску здійснюється з відносно малою швидкістю. Для деяких нестабільних продуктів було відзначено, що протягом декількох хвилин розкладається лише 1-3% аналізованої речовини.

З усього, сказаного вище, випливає необхідність ретельного підбору температурних умов зйомки і відкачки. Підвищення температури, при зйомці спектрів, з одного боку, збільшує інтенсивність піків і зменшує адсорбційні ефекти, а з іншого боку, при цьому збільшується імовірність розкладання. Крім того, збільшення температури в джерелі може дуже істотно змінити величини молекулярних і частково осколкових піків. Тому при розробці методу аналізу сумішей температуру зйомки доцільно встановлювати