почасти тому, що занадто різноманітне придворне життя мішало заняттям, що вимагали великої зосередженості і напруги розуму. Пилип, а потім Олександр не шкодували нічого, щоб забезпечити Аристотелеві можливість займатися науками. Олександр, самий схильний до наук, подарував Аристотелеві солідну суму грошей; більш тисячі чоловік зобов'язані були доставляти йому рідких тваринною, рослин і т.д. Смерть Пилипа застала Аристотеля ще в Македонії; він провів із своїм вихованцем перші роки його царювання, але, коли Олександр відправився в похід в Азію, Аристотель виїхав в Афіни, залишивши Олександрові замість себе небожа свого й учня, філософа Калисфена. Аристотелеві в той час було п'ятдесят років. Деякі історики стверджують, що Аристотель супроводжував Олександра в перших походах у далекі країни, і приводять у підтвердження своїх здогадів спостереження Аристотеля за життям тварин, що нелегко було перевезти в Македонію. Вірогідно відомо тільки, що на початку царювання Олександра зв'язували з його колишнім учителем загальні інтереси, живим же зв'язком між ними служив філософ Калісфен.
Аристотель повернувся на батьківщину — у Стагір, зруйнований Пилипом II у війні проти Афін. Там він провів три роки (339-336 роки до н.е.). У цей час (338 рік до н.е.) відбулося вирішальне для всієї Еллади подія - бій при Херонії (у Беотії), у якому Пилип II завдав поразки з'єднаному грецькому війську і став владарем всієї Еллади. Епоха класичної Греції як сукупності полісів на цьому закінчується.
Прийшовши до влади, Олександр із поваги до свого учителя відновив зруйнований Стагір. Вдячні співвітчизники спорудили на честь мислителя чудовий будинок, де він міг учити своєї філософії, оточений любов'ю і пошаною, але Аристотель вирішив повернутися в Афіни.
У 335 році до н.е. філософ прибув туди з дружиною Піфіадою, із дочкою і вихованцем Никанором. В Академії в той час главою платоновської школи був Ксенократ. Аристотель за підтримкою македонян, і в першу чергу свого друга Антіпатра, що Олександр, що пішов у похід проти персів, залишив намісником на Балканах, відчинив власну школу. Правда, як чужоземцю, йому дозволили відчинити школу лише за рисою міста — до сходу від міської границі Афін, у Ликії. Раніше Лікей був одним з афінських гимнасїів (місцем для гімнастичних управ). Він знаходився поруч із місцем Аполлона Лікейського, що і дало назву і гімнасію, і школі Аристотеля. На території школи знаходилися тінистий гай і сад із критими галереями для прогулянки. Тому що «прогулянка» і «крита галерея навколо двору» по-древньогрецьки «періпатос», то школа Аристотеля одержала другу назву — «періпатична». Правда, існує й інша версія виникнення цієї назви. Аристотель учив, прогулюючись по тінистих алеях. Діоген Лаєртський говорить, що ця звичка розвилася внаслідок турботи Аристотеля про Олександра, якому він забороняв багато сидіти. Від цієї звички й одержало назву школа.
Незабаром після переселення Аристотеля в Афіни померла дружина його Піфіада; Аристотель гірко оплакував свою втрату і спорудив їй мавзолей. Через два роки після її смерті він, однак, женився на своїй рабині Гарпіміде, від якої народився в нього син Нікомах.
Аристотель вів заняття два рази в день — ранком і ввечері; по ранках він розмовляв про важкі предмети з учнями, знайомими з початками філософії, а по вечорах учив починаючих.
Ксенократ, маючи багато учнів, установив для них визначену дисципліну, призначав по черзі архонтів і влаштовував їм банкети. Це сподобалося Аристотелеві, і він увів таку ж традицію у своїй школі, додавши нове правило, щоб на банкети учні були не інакше, як у чистому одязі. Це характеризує Аристотеля і видає неохайність інших філософів його часу.
Аристотель рано почав учитися і пізно почав учити; у цьому складається його перевага. За винятком років, відданих Олександрові Великому, він усе життя присвятив одержанню знань і самостійної роботі думки. Аристотель стверджував, що після п'ятдесятьох років розумові сили слабшають; це пора, коли треба пожинати те, що раніш посіяв. Велика частина його творів написана в Афінах в останні тринадцять років його життя. Така праця здатна був поглинути увесь час.
У ті роки, коли Аристотель створював свої твори і терпляче роз'ясняв своїм учням особливості своєї філософії, Афіни являли собою справжній вулкан, готовий до виверження. Ненависть до македонян клекотала в серцях афінян і грозила зробити руйнівне спустошення.
Другий афінський період цілком збігається з періодом походів Олександра Македонського, інакше кажучи, із «епохою Олександра». Аристотель намагався вселити Олександрові думка про принципову різницю греків і не-греків. Його відкритий лист Олександрові «О колонізації» успіху в царя не мало. Останній повів на Ближньому Сході зовсім іншу політику: він перешкоджав змішанню стороннього, грецького, і місцевого населення. Крім того, він уявив себе східним деспотом-напівбогом і жадав від своїх друзів і соратників відповідних почестей. Небіж Аристотеля Калісфен, що був історіографом Олександра, відмовився визнати перетворення македонського монарха у фараона і був страчений, що привело до охолодження відношень між колишнім вихованцем і колишнім вихователем.
Несподівана смерть тридцятитрьохрічного Олександра у Вавилоні (який він припускав зробити столицею своєї держави) 13 червня 323 року до н.е. викликала в Афінах антимакедонське повстання, у ході якого представники промакедонської партії були піддані репресіям.
Хоча Аристотель тримався осторонь і поводився як щирий мудрець, положення його з кожним днем ставало небезпечним. Не маючи вагомих причин для його вигнання, афіняни обвинуватили його в неповазі до богів. Верховний жрець Елевсінських таїнств пред'явив йому стереотипне обвинувачення в блюзнірстві. Приводом для цього послужило вірш Аристотеля на смерть Гермія.