У ті роки, коли Аристотель створював свої твори і терпляче роз'ясняв своїм учням особливості своєї філософії, Афіни являли собою справжній вулкан, готовий до виверження. Ненависть до македонян клекотала в серцях афінян і грозила зробити руйнівне спустошення.

Другий афінський період цілком збігається з періодом походів Олександра Македонського, інакше кажучи, із «епохою Олександра». Аристотель намагався вселити Олександрові думка про принципову різницю греків і не-греків. Його відкритий лист Олександрові «О колонізації» успіху в царя не мало. Останній повів на Ближньому Сході зовсім іншу політику: він перешкоджав змішанню стороннього, грецького, і місцевого населення. Крім того, він уявив себе східним деспотом-напівбогом і жадав від своїх друзів і соратників відповідних почестей. Небіж Аристотеля Калісфен, що був історіографом Олександра, відмовився визнати перетворення македонського монарха у фараона і був страчений, що привело до охолодження відношень між колишнім вихованцем і колишнім вихователем.

Несподівана смерть тридцятитрьохрічного Олександра у Вавилоні (який він припускав зробити столицею своєї держави) 13 червня 323 року до н.е. викликала в Афінах антимакедонське повстання, у ході якого представники промакедонської партії були піддані репресіям.

Хоча Аристотель тримався осторонь і поводився як щирий мудрець, положення його з кожним днем ставало небезпечним. Не маючи вагомих причин для його вигнання, афіняни обвинуватили його в неповазі до богів. Верховний жрець Елевсінських таїнств пред'явив йому стереотипне обвинувачення в блюзнірстві. Приводом для цього послужило вірш Аристотеля на смерть Гермія. Воно кваліфікувалося як пеан — гімн на честь бога, що не личило смертному, а тому вважалося блюзнірством.

Не чекаючи суду, Аристотель передав керування Лікеєм Теофрасту і покинув місто, щоб афіняни вдруге не зробили би злочини проти філософії; він мав на увазі смерть Сократа. Можливо, мислитель поспішив із утечею: його друг Антіпатр незабаром придушив повстання в Афінах, і влада промакедонської партії була відновлена.

З Афін Аристотель виїхав у Халкіду, де через два місяці і помер у 322 році до н.е. від хвороби шлунка; він страждав нею все життя, воно в його родині була спадковою хворобою. Наклеп переслідував Аристотеля все життя; хоча він помер природною смертю, поширився слух, що Аристотель убив себе, не бажаючи стати на суд перед Ареопагом. Але Аристотель був завжди проти самогубства. Учинки ж його ніколи не йшли врозріз із переконаннями.Деякі батьки церкви згодом стверджували, що Аристотель потонув, кинувшись у протока, що відокремлює острів Евбею від Греції. Це пояснювали розпачем філософа через неможливість осягнути в той час явище припливу і відливу. Такий вимисел заслуговує, однак, уваги тому, що свідчить про жагучу допитливість Аристотеля. Згадана ж протока представляє дійсно одне з деяких місць Середземного моря, у яких явище припливу і відливу особливо помітно.

Діоген Лаєртський зберіг заповіт Аристотеля, у дійсності якого ми не маємо основ сумніватися; таке думку про нього багатьох авторитетів. Виконавцем своєї останньої волі Аристотель призначив Антіпатра, полководця Олександра Македонського. «У випадку моєї смерті, — говорить Аристотель, — нехай Антіпатр візьме на себе виконання моєї останньої волі. Доти, поки Никанор у стані буде прийняти керування моїм майном, нехай про нього печуться: Аристомен: Тимарх, Гіппарх і Феофрасти то ж саме відноситься до моїх дітей і до Герпілидік Коли моя дочка виросте, нехай її віддадуть Никанорові; якщо вона помре до заміжжя або не залишить дітей, Никанор успадковує всі мої багатства і робиться владарем усіх моїх рабів. Никанор зобов'язаний піклуватися про мою дочку і мого сина Нікомахе, щоб вони ні в чому не терпіли нестачі; він повинний замінити їм батька і брата. Якщо Никанор помре до одруження або не залишить дітей, розпорядження його слід виконати. У такому випадку, якщо Феофраст захоче взяти до себе моя дочка, то йому будуть належати й усі права, надані мною Никанорові; якщо ж Феофраст не побажне одруження на моєї дочк, тоді долею дітей моїх нехай розпорядяться опікуны з Антипатром. Я прошу опікунів і Никанора пам'ятати мене і не забувати, яку прихильність відчувала до мене Герпілида. Якщо вона після смерті моєї захоче вийти заміж, опікуни повинні подбати про те, щоб вона не вибрала би людини, що коштує нижче мене по народженню. У випадку заміжжя дати їй понад усього, що вона від мене одержала, талант срібла і три служниці, якщо вона побажне взяти останніх. Якщо вона захоче жити в Халкіді, то дати їй приміщення, суміжне із садом; якщо ж віддасть перевагу Стагір, нехай займає будинок моїх предків... Я даю волю Амбракіді і призначаю їй у придане п'ятсот драхм і одну рабу, а Фалі поверх того ділянки землі, що я їй купив, одну молоду рабу і тисячу драхм... Тихон одержить волю після заміжжя моєї дочки. Тоді ж звільнити Філона й Олімпію з її сином. Дітей моїх слуг не продавати, але віддати їх у служіння моїм спадкоємцям до їхнього повноліття, а потім, якщо опиняться гідними, звільнити. Я прошу також закінчити і поставити на місце замовлені мною статуї (на честь Прокурена і його дружини). У мою могилу покласти останки Ніфіади, як вона сама того бажала. Заповідаю також виконати обітницю, даний мною за збереження життя Никанора, — поставити в Стагірі статуї тварин із каменю на честь Зевса й Афіни Рятівників». Тіло