До органів військових прокуратур належать військові прокуратури регіонів і військова прокуратура Військово-Морських Сил України (на правах обласних), військові прокуратури гарнізонів (на правах міських).

Вищою ланкою системи є Генеральна прокуратура, яка під керівництвом Генерального прокурора визначає стратегію й тактику діяльності прокуратури, здійснює нагляд за дотриманням і правильним застосуванням законів юридичними та фізичними особами.

Наступною ланкою системи є прокуратура Автономної Республіки Крим, прокуратури областей, прирівняні до них прокуратури міст Києва та Севастополя, військова прокуратура ВМС України та військові прокуратури регіонів, які підпорядковуються Генеральному прокурору України і здійснюють керівництво прокуратурами нижчої інстанції.

До прокуратур нижчої ланки належать міські, районні, міжрайонні прокуратури та військові прокуратури гарнізонів.

Крім перелічених вище прокуратур Законом передбачено створення й інших прокуратур, до яких належать київська міжобласна спеціалізована прокуратура, спеціальні прокуратури, природоохоронні прокуратури та прокуратури з нагляду за додержаннями законів під час виконання судових рішень у кримінальних справах.

Спеціалізовані (галузеві) прокуратури будуються за загальними принципами, вони виконують такі самі завдання і мають такі ж повноваження, що й територіальні прокуратури, але з урахуванням специфіки предмету нагляду.

На транспорті діють транспортні прокуратури на правах обласних і підпорядковані їм прокуратури з правами районних. На них покладається нагляд за дотриманням та правильним застосуванням законів органами, установами, підприємствами та організаціями залізничного, повітряного, річкового транспорту, органами внутрішніх справ на транспорті, а також розслідування злочинів, учинених на транспорті, які належать до компетенції прокуратури.

Прокуратури з нагляду за додержанням законів під час виконання судових рішень у кримінальних справах діють на правах міжрайонних з підпорядкуванням прокуратурам області і здійснюють нагляд за дотриманням та правильним застосуванням законів у в’язницях, виправно-трудових і виховно-трудових колоніях, лікувально-трудових профілакторіях і тимчасових слідчих ізоляторах на територіях виправно-трудових колоній.

Природоохоронні прокуратури діють на правах міжрайонних з підпорядкуванням прокурорам областей і здійснюють нагляд за дотриманням і правильним застосуванням законів про охорону природи органами, підприємствами, установами, організаціями незалежно від їх відомчої незалежності Правоохоронні органи України: Курс лекцій / А.П. Гель, Г.С. Смикав, Д.П.Цвігну. –К.: МАУП. 2000..

Генеральну прокуратуру України очолює Генеральний прокурор України.

Генеральний прокурор України призначається на посаду за згодою Верховної Ради України за поданням Президента України строком на п’ять років. У діяльності щодо здійснення нагляду за законів Генеральний прокурор України відповідальний перед Верховною Радою України і тільки їй підзвітний. Генеральний прокурор України не менш як один раз на рік звітує перед Верховною Радою України про діяльність прокуратури.

Звільнення Генерального прокурора України протягом строку повноваження відбувається в разі вчинення ним злочину, порушення виконання службових обов’язків, у зв’язку неможливістю виконання обов’язків за станом здоров’я, а також за власним бажанням. В усіх випадках питання про відставку Генерального прокурора України вирішується Верховною Радою України.

Відповідно до ст.. 15 Закону “про прокуратуру” Генеральний прокурор України має такі повноваження:

спрямовує роботу органів прокуратури і здійснює контроль за їх діяльністю;

призначає першого заступника, заступників Генерального прокурора України, керівників структурних підрозділів, головного бухгалтера, інших представників Генеральної прокуратури України;

затверджує структуру і штатну чисельність підпорядкованих органів прокуратури, розподіляє кошти на їх утримання;

призначає за погодженням з Верховною Радою Автономної Республіки Крим прокурора Автономної Республіки Крим;

призначає заступників прокуратури Автономної Республіки Крим, прокурорів областей, міст Києва та Севастополя, їх заступників, міських, районних, міжрайонних, а також прирівняних до них інших прокуратур;

відповідно до законодавства визначає порядок прийняття, переміщення та звільнення прокурорів, слідчих прокуратури та інших фахівців, за винятком осіб, призначення яких передбачено Законом;

відповідно до законів України видає обов’язкові для оранів прокуратури наказа, розпорядження, затвержує положення та інструкції.

Присвоює класні чини згідно з Положенням про класні чини працівників прокуратури. Вносить подання президенту України про присвоєння класних чинів державного радника юстиції 1, 2 і 3 класів.

Вказівки Генерального прокурора України з питань розслідування є обов’язковими для виконання всіма органами дізнання і попереднього слідства Закон України “Про прокуратуру” від 5 листопада 1991 року №1789- ХІІ ст. 15.

Накази та інші акти Генерального прокурора України нормативного характеру в разі невідповідності їх Конституції або інших законам України можуть бути скасовані як Верховною Радою України або відповідним судом у порядку, передбаченому законом, так і самим Генеральним прокурором України.

Структуру Генеральної прокуратури України та Положення про її структурні підрозділи затверджує Генеральний прокурор України.

Генеральний прокурор України має першого заступника та заступників, які здійснюють керівництво певними підрозділами Генеральної прокуратури та нижчими ланками прокуратури.

Відповідно до наказу Генерального прокурора України від 05.01.2000 №1 до структури Генеральної прокуратури України входять такі основні підрозділи:

Головне управління нагляду за законністю оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства;

управління нагляду за додержанням антикорупційних законів та координація діяльності з боротьби з корупцією, організованою злочинністю;

управління нагляду за додержанням законів органами СБУ, державної митної служби та прикордонної охорони при провадженні оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства;

управління розслідування особливо важливих справ;

управління нагляду за додержанням і застосуванням законів;

відділ нагляду за додержанням природоохоронного законодавства;

відділ нагляду за додержанням і застосуванням законів на транспорті;

управління підтримання державного обвинувачення в судах;

управління представництва інтересів громадян і держави в судах;

управління військових прокуратур;

управління кадрів;

інститут Генеральної прокуратури України з підвищення кваліфікації прокурорсько-слідчим кадрів та науково-практичних розробок з питань організації роботи на основних напрямках прокурорської діяльності ( на правах Головного управління );

організаційно-контрольне управління;

управління