Бюджетна система ґрунтується на принципах єдності, збалансованості, самостійності, повноти, обгрунтованості, ефективності, субсидіарності, цільового використання бюджетних коштів, справедливості й неупередженості, публічності та прозорості, відповідальності учасників бюджетного процесу.

Принцип єдності бюджетної системи є одним з визначальних принципів унітарного бюджетного устрою країни, що забезпечується єдиною правовою базою, єдиною грошовою системою, єдиними регулюванням бюджетних відносин, єдиною бюджетною класифікацією, єдністю порядку виконання бюджетів та ведення бухгалтерського обліку і звітності.

Єдність бюджетної системи виявляється у взаємодії бюджетів усіх рівнів з питань формування доходної бази. Взаємодія відбувається шляхом розподілу між бюджетами регулюючих доходних джерел, утворення і часткового перерозподілу цільових фондів. Єдність бюджетної системи дає можливість уряду держави проводити єдину фінансову та податкову політику. У свою чергу казначейська форма виконання бюджету, яка є основною для всією бюджетної системи України, базується на принципі роботи єдиного казначейського рахунку. Єдиний казначейський рахунок являє собою систему бюджетних рахунків органів Державного казначейства, відкритих в установах банків за відповідним балансовим рахунком, на які зараховуються податки, збори, інші обов'язкові платежі державного бюджету та надходження з інших джерел, встановлених законодавством України, з яких органи Державного казначейства здійснюють платежі безпосередньо на користь суб'єктів господарської діяльності, які виконали роботи та/або надали послуги розпорядникам бюджетних коштів. Зазначені рахунки діють у єдиному режимі, створюючи таким чином загальнодержавну інформаційно-обчислювальну систему єдиного казначейського рахунка, яка обліковує всі здійснювані на ньому операції.

Виконання місцевих бюджетів здійснюється через Державне казначейство, відповідно на них також поширюється правило єдності каси. Суть принципу збалансованості бюджетної системи полягає в тому, що повноваження на здійснення витрат бюджету мають відповідати обсягові надходжень до бюджету на відповідний період, тобто плановані на майбутній бюджетний період видатки бюджету будь-якого рівня мають бути підтверджені реальними доходами.

Принцип самостійності бюджетної системи ґрунтується на нормах Конституції України і закріплює самостійність Державного бюджету України та місцевих бюджетів. Бюджети затверджуються представницькими органами відповідного рівня, виконуються органами виконавчої влади в межах відповідної компетенції. Принцип самостійності також розмежовує відповідальність учасників бюджетних відносин у сфері фінансової діяльності. Зокрема, держава коштами державного бюджету не несе відповідальності за бюджетні зобов'язання органів влади АРК та органів місцевого самоврядування, які в свою чергу коштами відповідних бюджетів не несуть відповідальності за бюджетні зобов'язання одне одного, а також за бюджетні зобов'язання держави. Самостійність бюджетів забезпечується закріпленням за ними відповідних джерел доходів, правом відповідних органів державної влади, органів влади АРК та органів місцевого самоврядування визначати напрями використання коштів відповідно до законодавства України.

Бюджетний кодекс встановив нові засади взаємовідносин державного і місцевого бюджетів та відобразив новий підхід до питань незалежності і самостійності місцевих бюджетів, що полягає в такому:

- право законодавчих (представницьких) органів державної влади і органів місцевого самоврядування самостійно здійснювати бюджетний процес відповідно до засад Бюджетного кодексу;

- стимулювання органів місцевого самоврядування до збільшення їх доходів, що не враховуються при визначенні обсягу міжбюджетних трансфертів;
- закріплення права за органами державної влади і органами місцевого самоврядування відповідно до Бюджетного кодексу визначати напрями витрат за рахунок коштів відповідного бюджету;

- неприпустимість вилучення доходів, отриманих додатково у ході виконання рішення про бюджет, сум перевищення доходів над витратами бюджетів і сум економії за витратами бюджету.

Слід зазначити, що надмірна централізація у витрачанні бюджетних коштів, як і звуження фінансових можливостей органів місцевого самоврядування, мають для держави однакові негативні наслідки. Тут потрібна науково обґрунтована концепція розмежування доходів і витрат різних ланок бюджетної системи. Визначальними при її обґрунтуванні мають стати фактори ефективного витрачання коштів, посилення контролю з боку держави за господарською діяльністю суб'єктів підприємництва, встановлення залежності між розміром бюджетних витрат і результатами економічної діяльності в регіонах.

Принцип повноти бюджетної системи відображає демократичні і правові засади побудови громадянського суспільства, оскільки, по суті, обмежує видатки органів виконавчої влади виключно тими коштами, що надійшли до відповідного централізованого фонду. Уряд не повинен мати будь-яких доходів і видатків, крім тих, що передбачені бюджетом. За законодавством, до складу бюджетів мають включатися всі надходження до бюджетів та витрати бюджетів, що здійснюються відповідно до нормативно-правових актів органів державної влади, органів влади АРК, органів місцевого самоврядування. Цей принцип повинен реалізовуватися на всіх стадіях бюджетного процесу, він передбачає встановлену на рівні законодавства заборону витрачання бюджетних коштів поза бюджетом. З принципами повноти і збалансованості пов'язаний принцип обґрунтованості бюджетної системи. Бюджет формується на реалістичних макроекономічних показниках економічного і соціального розвитку держави та розрахунках надходжень до бюджету і витрат бюджету, що здійснюються відповідно до затверджених методів та правил. Як свідчить практика бюджетного процесу України, принцип обґрунтованості є одним з недосяжних, що підтверджує звітність про виконання державних бюджетів країни попередніх періодів. Слід зазначити, що обґрунтованість бюджету може бути підвищена за рахунок застосування середньо- та довгострокового бюджетного планування.

Принцип ефективності полягає у тому, що при складанні та виконанні бюджетів усі учасники бюджетного процесу мають прагнути досягти запланованих цілей при залученні мінімального обсягу бюджетних коштів та досягти максимального результату при використанні визначеного бюджетом обсягу коштів. Ефективність використання бюджетних ресурсів контролюється на всіх стадіях бюджетного процесу, що пояснюється постійним невистачанням фінансових ресурсів для необхідних витрат, передбачених бюджетом. Формування Державного бюджету України на