До структури вищого спеціалізованого суду належить президія вищого спеціалізованого суду, яка складається з голови, який керує роботою президії, його заступників, суддів цього ж суду, кількісний склад президії визначає Пленум вищого спеціалізованого суду.

Повноваження та порядок діяльності президії вищого спеціалізованого суду передбачено ст. 43 Закону “ Про судоустрій” 

Для вирішення загальних питань, що пов’язані із діяльністю відповідних спеціалізованих судів України, однакового застосування законодавства у відповідній судовій юрисдикції нижчестоящими судами у вищому спеціалізованому суді діє Пленум вищого спеціалізованого суду України, колегіальним структурним органом даного суду. До його складу входять всі судді вищого спеціалізованого сулу та голови апеляційних спеціалізованих судів. Повноваження Пленуму передбачені ст. 44 Закону “Про судоустрій”
У структуру розглядуваних судів входять також науково – консультативні структури. Це можуть бути як постійно діючі ( наприклад Науково – консультативний цент Вищого господарського суду України ), так і тимчасово діючі структури для вирішення конкретного проблемного питання юридичної теорії чи практики. Такі тимчасові науково – консультативні структури можуть утворюватися головою вищого спеціалізованого суду.

До повноважень вищих спеціалізованих судів як правило належить розгляд справ у касаційному порядку. Наприклад, Вищий господарський суд України розглядає справи лише в касаційному порядку, оскільки господарські апеляційні суди розглядають справи лише в апеляційному порядку. Відповідно до ст. 108 ГПК Вищий господарський суд переглядає за касаційною скаргою рішення місцевого господарського суду та постанови апеляційного господарського суду. 

Вищий адміністративний суд України, крім розгляду справ у касаційному порядку має розглядати справи як апеляційна інстанція стовно справ розглянутих апеляційними адміністративними судами як судами І інстанції, а також у визначених процесуальним законом випадках – справи по І інстанції. Це стосовно основної функції судів здійснення правосуддя. Окрім неї до повноважень вищих спеціалізованих судів віднесено таку функцію як ведення судової статистики, оскільки статистичні відомості про кількість і категорії судових справ є якісними та універсальними показниками щодо реалізації правових норм та виникнення, зміни та припинення правовідносин врегульованих цими нормами. Вони є якраз тією достовірною емпіричною базою для наукових досліджень, є підставою для внесення пропозицій щодо необхідності зміни чинного законодавства, дозволяють своєчасно виявляти наявні прогалини чи недоліки у правовому регулюванні тих чи інших суспільних відносин.

Повноваження вищих спеціалізованих судів, що передбачені Законом про судоустрій не є вичерпні, вони передбачаються ще й процесуальним законодавством і як правило пов’язані із розглядом і вирішенням відповідних категорій справ. Зокрема, відповідно до ч. 5 ст. 15ГПК Вищий господарський суд визначає підсудність спорів, де однією зі сторін є апеляційний господарський суд, господарський суд АРК, господарський суд м. Києва та Севастополя. У проекті АПК пропонується передбачити, що Вищий адміністративний суд України вправі змінити підсудність конкретної справи апеляційному адміністративному суду.

Справи у вищому спеціалізованому суді розглядаються колегіально у складі не менше трьох суддів, оскільки касаційна інстанція є останньою судовою інстанцією до якої особа може звернутися за захистом свого порушеного права з метою недопущення судових помилок при розгляді справи касаційною інстанцією.

Повноваження суддів вищого спеціалізованого суду практично тотожні повноваженням суддів місцевих і апеляційних спеціалізованих судів (ст. 40 Закону про судоустрій). Суддя вищого спеціалізованого суду має помічника, який повинен мати вищу юридичну освіту. 

Додаткові повноваження голови вищого спеціалізованого суду, окрім тих які здійснюють голови інших спеціалізованих судів:

- скликає Пленум вищого спеціалізованого суду, вносить на його розгляд питання і головує на його засіданнях; може головувати в судових засіданнях колегій суддів вищого спеціалізованого суду при розгляді будь-якої справи, що відносить до юрисдикції даного суду;

- інформує Пленум Верховного Суду України про діяльність вищого спеціалізованого суду і деякі інші.

Пленум вищого спеціалізованого суду здійснює такі повноваження:
1) дає роз’яснення з питань застосування спеціалізованими судами законодавства при вирішенні справ відповідної судової юрисдикції 2) затверджує склад Науково – консультативної ради при вищому спеціалізованому суді ;

2) визначає кількісний склад суддів – членів президії вищого спеціалізованого суду;

3) заслуховує інформацію голови вищого спеціалізованого суду про діяльність відповідних спеціалізованих судів, а також повідомлення заступників голови вищого спеціалізованого суду і голів апеляційних та місцевих спеціалізованих судів про практику вирішення судових справ;

4) вносить у встановленому порядку пропозиції про необхідність змін діючого законодавства;

5) приймає рішення про звернення до Конституційного Суду України з поданням про офіційне тлумачення Конституції та законів України. 
Пленум вищого спеціалізованого суду скликається не рідше двох разів на рік. Законом передбачено участь у роботі Пленуму Генерального прокурора України чи Міністра юстиції України при розгляді питань щодо роз’яснення з приводу застосування законодавства. 

Президія вищого спеціалізованого суду утворюється на підставі розпорядження голови суду для вирішення організаційних питань і діє у складі голови суду, його заступників та суддів цього суду, які не займають адміністративних посад, визначається Пленумом цього суду. Члени президії вищого спеціалізованого суду, крім голови суду та його заступників, обираються до складу президії загальними зборами суддів вищого спеціалізованого суду шляхом таємного голосування.

До повноважень президії вищого спеціалізованого суду відноситься питання організації діяльності суду, судових палат та апарату суду.( ст. 43 Закону про судоустрій).
Науково – консультативна Рада вищого спеціалізованого суду створюється для опрацювання питань, пов’язаних з роз’ясненням законодавства, а також