Система органів прокуратури може ефективно діяти лише за умови належної організації роботи. Організація роботи - це засоби, форми й методи реалізації завдань, які покладено на органи прокуратури, її рівень під час здійснення правоохоронної діяльності визначають науково обґрунтованими управлінськими рішеннями. Головним у організації роботи є визначення основних напрямів роботи, належне планування, забезпечення дієвого контролю виконання, правильний добір і розстановка кадрів.

Результативність здійснення нагляду за виконанням законів визначають правильною організацією праці, вдосконаленням стилю та методів роботи прокурорів і слідчих усіх ланок прокурорської системи. В обстановці швидких змін державного, політичного, економічного та соціально-культурного життя країни органи прокуратури в своїй діяльності намагаються уникнути стереотипів, що склалися роками, а також займають активну позицію щодо порушень законності, напрацьовують адекватні заходи боротьби з правопорушеннями.

Для працівників органів прокуратури характерна обізнаність щодо стану законності й правопорядку, висока професійна ерудиція та виконавська дисципліна, а стилю їхньої роботи притаманне прийняття обґрунтованих рішень, відкрите спілкування з громадянами, протистояння будь-яким місцевим і протиправним проявам.

Для ефективного виконання співробітниками прокуратури своїх обов'язків встановлено певну систему їх розподілу. Здебільшого, між співробітниками районної, міської ланки обов'язки розподіляють за галузевим принципом, коли на заступника чи помічника прокурора району покладають виконання роботи, контроль і аналітичну діяльність за одним із напрямів прокурорського нагляду (наприклад, нагляд за дізнанням у органах внутрішніх справ). Виконання службових обов'язків працівниками прокуратур вищого рівня організовано за зонально-предметним принципом, при якому прокурор управління чи відділу контролює діяльність однієї чи кількох підлеглих прокуратур і здійснює нагляд, аналізує роботу з окремого питання (наприклад, законність затримань і арештів) у межах компетенції прокуратури відповідного рівня. При цьому враховують теоретичну підготовку й практичний досвід, індивідуальні нахили та здібності працівників.

Генеральна прокуратура України, орієнтуючи підлеглих прокурорів на підвищення дієвості прокурорського нагляду, намагається уникнути бюрократизму, вимагає виключити практику складання численних аналізів і узагальнень у районній, міській ланках органів прокуратури й спрямовує їх роботу на реальний вплив на стан боротьби зі злочинністю та зміцнення законності. За критерій оцінки правоохоронної діяльності органів прокуратури беруть повноту та своєчасність використання прокурорами наданих їм повноважень, принциповість і наполегливість в усуненні порушень законів, притягненні винних до відповідальності.

Планування роботи - одна з умов успішного виконання органами прокуратури завдань щодо здійснення нагляду за точним виконанням законів. Воно дозволяє правильно визначити напрям роботи, раціонально розподілити сили та максимально використати можливості зі зміцнення законності й правопорядку. Прокурори вищого рівня можуть вносити зміни до планів роботи підлеглих прокуратур, а також забезпечують дієвий контроль за виконанням планових завдань.
Важливе місце в організації роботи органів прокуратури посідають питання обліку й звітності, внаслідок чого є можливість отримувати дані про стан злочинності в державі та заходи, що їх вживають різні органи державної влади. Згідно з законом Генеральна прокуратура України разом з Міністерством внутрішніх справ України та іншими заінтересованими міністерствами й відомствами за погодженням з Міністерством статистики розробляє систему й методику єдиного обліку та статистичної звітності про злочинність, розкриття й розслідування злочинів. Здійснюючи конституційну функцію нагляду за неухильним додержанням законів органами, що проводять розшукову діяльність, дізнання та слідство, органи прокуратури виявляють і ставлять на облік приховані злочини, за допомогою системи статистичної звітності сприяють об'єктивній оцінці ефективності діяльності правоохоронних органів з розкриття злочинів і стану законності під час їх розслідування.

На прокурорів Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва й Севастополя, міських та районних і прирівняних до них прокурорів покладено персональну відповідальність за належне ведення статистики в органах прокуратури та її достовірність. Зрозуміло, що лише маючи точну інформацію про складні процеси в боротьбі зі злочинністю, можна вживати адекватних заходів законодавчого, організаційно-управлінського характеру.

Окремим напрямом у організації роботи є забезпечення особистого прийому громадян усіх рівнів та розгляд заяв і звернень громадян, підтримання ділових зв'язків із засобами масової інформації. Органи прокуратури були й залишаються відкритими для спілкування з населенням, роз'яснюючи громадянам чинне законодавство як індивідуально під час відвідання ними прокуратури, так і через пресу, радіо й телебачення. У разі коли громадянин звертається з приводу порушення прав, починають перевірку, за потреби вживають відповідних заходів щодо їхнього захисту.

Порядок розгляду скарг, заяв і пропозицій громадян регулюють Закон України "Про звернення громадян", кримінально-процесуальне законодавство та накази Генерального прокурора України. В згаданому Законі (ст. 29) встановлено, що "нагляд за дотриманням законодавства про звернення громадян здійснюється Генеральним прокурором України та підпорядкованими йому прокурорами, відповідно до наданих їм чинним законодавством повноважень, вони вживають заходів до поновлення порушених прав, захисту законних інтересів громадян, притягнення порушників до відповідальності".

Ця норма Закону є важливою ще й тому, що законодавець уже після прийняття Конституції України поклав саме на прокуратуру певні повноваження щодо нагляду за додержанням і застосуванням законів. Для їх виконання звичайно потрібні повноваження й саме ті, які здійснювала прокуратура в порядку "загального нагляду", забезпечуючи охорону прав і свобод громадян.

Таким чином, правоохоронна діяльність прокуратури, яку побудовано на чіткій системі, має внутрішню організаційну логіку, підпорядкована закономірностям, що дозволяють адекватними формами й методами виявляти порушення закону та відповідно на них реагувати. Централізація органів прокуратури, вертикальне підпорядкування прокурорів нижчого рівня та незалежність їх від будь-якого місцевого впливу