Станом на 19 січня 1996 року учасники Дейтонської угоди вивели свої збройні сили із зони розмежування по обидва боки узгодженої лінії припинення вогню, а до 3 лютого усі збройні сили були виведені з територій, що підлягали передачі за умовами угоди. Обмін територіями між сторонами в Боснії та Герцеговині було завершено до 19 березня і створено нову зону розділення. До кінця червня було завершено вилучення тяжкої зброї і демобілізація збройних сил, що вимагалось угодою. Після більше 4 років конфлікту і постійних провалів спроб міжнародного співтовариства його припинити, основа майбутнього миру в Боснії і Герцеговині була закладена менш ніж за 6 місяців.

Згідно з Резолюцією РБ ООН 1088 від 12 грудня 1996 року СФОР стали правонаступниками ІФОР і їх головним завданням стала участь у створенні безпечного середовища, необхідного для консолідації і миру. По мірі стабілізації ситуації Стабілізаційні сили були скорочені з 2002 року з 32000 до 19000 військовослужбовців з 17 держав-членів НАТО і 15 інших держав, в тому числі РФ. До середини 2004 року вони скоротились до 7000 осіб. Одночасно керівникі Альянсу прийняли рішення про завершення операції СФОР до кінця 2004 року. 2 грудня 2004 року ЄС в рамках операції „Алтея” розгорнув у Боснії і Герцеговині нові сили – ІЮФОР. Командувачем операцією „Алтея” був призначений заступник Верховного головнокомандувача НАТО в Європі.

5.2 Військово-технічна угода і конфлікт в Косово

З червня 1999 року НАТО очолює операцію з підтримки миру в Косово. КФОР були розгорнуті НАТО в Косово після 78 денної повітряної кампанії, яка мала мету припинити гуманітарну катастрофу. Політичними цілями НАТО були реальне припинення всіх військових дій, насильства і репресій, виведення з Косова військовослужбовців, поліцейських, напіввійськових формувань, розташування в Косові міжнародних військових сил, безумовне і безпечне повернення біженців і переміщених осіб та забезпечення безперешкодного доступу до них організацій, які надають гуманітарну допомогу, досягнення політичної угоди щодо Косова відповідно до міжнародного права і Статуту ООН.

В наслідок дипломатичних зусиль, здійснених Росією, Європейським Союзом 9 липня між НАТО і ФРЮ було укладено Військово-технічну угоду. Наступного дня після отримання підтвердження про те, що виведення югославських сил з Косова розпочалося, НАТО оголосила про призупинення повітряної кампанії. 10 червня РБ ООН прийняла резолюцію 1244, в якій вітала згоду ФРЮ з принципами політичного врегулювання, зокрема, негайним припиненням насильства, швидким виведенням своїх військових, поліцейських, напіввійськових формувань та забезпеченням ефективної міжнародної присутності.

Перші підрозділи КФОР ввійшли в Косово 12 червня 1999 року. Виведення сербських сил було завершено до 20 червня. Завдання КФОР охоплювали надання допомоги в поверненні або переїзді переміщених осіб і біженців, відбудову і розмінування, медичну допомогу, безпеку і громадський порядок, безпеку етнічних меншин, захист історичних місць, охорону кордонів, припинення транскордонної торгівлі зброєю, запровадження на всій території Косова програми здачі зброї, боєприпасів і вибухових речовин, знищення озброєнь, підтримка становлення цивільних інститутів, правопорядку, судової і пенітенціарної системи, виборчого процесу тощо.

КФОР спочатку становили майже 50000 особового складу. До кінця 2003 року вони були скорочені до 17500. В березні 2004 року відновились насильницькі дії між албанцями і сербами, напади на КФОР. НАТО додатково ввело 2500 військовослужбовців. В серпні 2005 року 4 багатонаціональні бригади були замінені 5 оперативними групами за рішенням Північноатлантичної ради. Оперативні групи збирають розвідувальну інформацію в співпраці з місцевим населенням і поліцією, проводять операції.

У розпал кризи 230000 біженців з Косова прибули в Македонію, більше 430000 – в Албанію, майже 63000 – в Чорногорію, 21500 – дістались до Боснії і Герцеговини, 61000 – була евакуйована в інші країни. У самому Косові майже 580000 осіб залишилось без даху над головою. З метою надання гуманітарної допомоги сили НАТО на кінець травня 1999 року перевезли понад 4666 тон продуктів і води, 4325 тон інших товарів, 2624 тони наметів, майже 1600 тон медичних припасів.

5.3 Охрідська угода і врегулювання в Македонії

НАТО надало допомогу Македонії на прохання її уряду припинити загострення конфронтації з албанським повстанцями. У червні 2001 року Борис Трайковський звернувся до НАТО з проханням роззброїти визвольну армію етнічних албанців. Північноатлантична рада засудила екстремістів і одночасно закликала Македонію до поміркованих конституційних реформ на користь албанського населення держави. Між ворогуючими сторонами був започаткований діалог і припинення вогню. Підписання Охрідської мирної угоди 13 серпня 2001 року відкрило шлях для введення підрозділів НАТО в цю країну 27 серпня 2001 року та для запровадження внутрішніх реформ. 30 денна операція під кодовою назвою „Ессеншел харвест” передбачала вилучення і знищення всієї зброї, яку добровільно здали албанці. В операції взяли участь 3500 військовослужбовців НАТО. Було вилучено 3875 одиниць зброї та 397600 інших одиниць, зокрема мін та вибухових речовин. Парламент Македонії ухвалив 15 конституційних змін за мирною угодою.

На прохання Трайковського для захисту спостерігачів ЄС і ОБСЄ НАТО направило 700 військовослужббовців під проводом Німеччини до 300, які вже були. Місія „Ембер фокс” почалась 27 вересня 2001 року. 16 грудня 2002 року НАТО почало нову місію „Елайд хармоні”, яка передбачала надання допомоги спостерігачам і радникам, що підтримують уряд держави в плані безпеки. 31 березня 2003 року відповідальність за цю місію було передано ЄС.

5.4 Місія НАТО в Афганістані

З серпня 2003 року НАТО очолює міжнародні зусилля з встановлення миру в Афганістані, вперше вийшовши за межі євроатлантичної