Концепція судової експертології привертала своєю новизною і самим фактом декларування формування нової науки. Проте вона містить і ряд вельми спірних положень.

Перш за все, викликає заперечення введене авторами поняття «предметної судової науки». До неї вони відносять наукові основи багатьох експертиз, зокрема криміналістичних – балістичних, почеркознавчих, та ін. Однак, якщо логічно продовжити думки авторів, то криміналістика, її розділ криміналістична техніка є конгломератом наук, а не єдиною, цілісною системою знань, об'єднаною єдиним предметом. Автори мимоволі приєднуються до позиції деяких західних вчених, які вважають, що немає криміналістики, як самостійної науки, а є система якихось судових наук, тобто наук, чиї положення використовуються в судочинстві (судової хімії, фізики, біології і ін.).

Досить сумнівною є думка авторів, що в складі теорії судової експертизи слід розглядати «вчення про організаційні форми судової експертизи», про наукову організацію праці в експертній діяльності. Організаційні форми експертної діяльності – це процесуальні та управлінські проблеми, що стосується наукової організації праці в експертній діяльності, то це розділ науки управління, зокрема – управління судово-експертними установами. Не місце в теорії експертизи і питанню про координацію судово-експертних установ.

А.Р.Шляхов спеціально не висловлювався про структуру загальної теорії судової експертизи. Про його погляди частково можна судити за тими визначеннями, які він сформулював в «Словнику основних термінів»:

«Методологія науки про судову експертизу (методологія загальної теорії судової експертизи) – це вчення про суть і принципи застосування положень теорії пізнання, діалектики, логіки в їх єдності, використанні інших методів при дослідженні практичної діяльності експертів».

«Загальна теорія судової експертизи – це система знань про експертні дослідження (діяльність експертів), їх цілі, компетенцію окремих родів, видів та підвидів цих досліджень, предметах, об'єктах експертних досліджень, вживаних експертами методах» [8, с.80].

Відносно другого визначення слід відмітити, що в загальній теорії, на нашу думку, немає місця питанням компетенції окремих родів, видів та підвидів експертиз. Компетенція тої або іншої судової, експертизи – це предмет певної теорії даного роду, виду експертизи, але не загальної теорії, яка повинна відрізнятися від них та виражати те загальне, що об'єднує всі види і роди судових експертиз.

Не дивлячись на те, що ідея загальної теорії судової експертизи не повторює теорію криміналістичної експертизи 50-х рр., деякі вчені ще в кінці 80-х рр. в своїх запереченнях проти цієї теорії використовували аргументацію того часу. Так, В.Г.Гончаренко (1987г.), повертаючись до дискусії, що мала місце в 50-х роках, вважає, що будь-яка спроба розділити в науковому відношенні криміналістичну техніку на відособлені складові частини стає неспроможною, адже криміналістична експертиза сама по собі не є наукою, а ґрунтується на застосуванні даних криміналістичної техніки для вирішення спеціальних питань [9, с.81].

Продовжуючи розгляд найбільш значущих робіт в галузі науки про судову експертизу, необхідно відзначити концепцію судової експертології як частину загальної експертології, була висунута В.С.Мітрічевим (1980г.).

Автор вважає, що проблеми експертології не вичерпуються тільки судовою діяльністю. Загальні проблеми експертології виникають у зв'язку з практичною діяльністю багатьох, в тому числі й несудових установ та організацій. Загальна експертологія, на його думку, повинна займатися вивченням проблем, що відносяться до наступних основних розділів експертної діяльності: гносеологічна суть та методи ухвалення експертних рішень; соціологічні аспекти (ефективність, етичні і інші питання експертизи); психологія експертної діяльності; експертний інформаційний фонд (зміст, призначення, використання); експертні методики (суть, типи, призначення, використання); організаційна структура експертної діяльності.

Судова експертологія як розділ загальної експертології вивчає закономірності і на цій основі розробляє практичні рекомендації по здійсненню експертної діяльності в умовах судочинства у кримінальних та цивільних справах. Внаслідок цього судова експертологія має перспективи розвитку в якості прикладної юридичної науки. До складу судової експертології автор пропонує включити: судову морфологію; судову експертну трасологію; судову субстанціологію; структуру, пов'язану з експертними інформаційними фондами [9, с.82].

З даного приводу, слід зазначити, що концепція В.С.Мітрічева страждає вже вказаним недоліком: до складу теорії включаються питання організаційної структури експертної діяльності – питання, що вирішуються, як правило, адміністративним шляхом, причому відповідно до структури тих відомств, у складі яких знаходяться експертні установи, їх компетенції та сфери діяльності. Іншим аспектом цієї організаційної структури може служити формування правових основ недержавних експертних установ, а також надання експертним установам права давати висновки від імені самої установи, а не тільки від імені конкретного експерта.

Ряд важливих положень, що стосуються проблем змісту та структури судової експертології, а також її взаємозв’язок із суміжними науками, розглянуті А.А.Ейсманом (1980 р.). Оскільки практично всі з них можуть бути використані при формуванні сучасних уявлень про судову експертологію доцільно охарактеризувати їх повністю. Як елементи складу судової експертології, автор називає наступні:

Вступ (наукова частина), в якому досліджуються предмет, зміст експертології та її місце серед інших галузей знання; методологія і методи експертології, зокрема класифікація цих методів; завдання цієї галузі знання та її функції (зокрема дослідницькі, пов'язані з комунікацією знання, підготовкою та перепідготовкою кадрів, створенням і розподілом наукових інформаційних фондів, історія та розвиток експертології).

Загальна теорія експертології, що містить аналіз її основних понять і принципів. Оскільки предмет, зміст і методи практичної експертизи (як процесуальної дії) не тотожні предмету, змісту і методам вчення (науки) про експертизу. В