Заперечення на апеляцію додаються до справи або передаються безпосередньо до суду апеляційної інстанції (ст. 351 КПК). У разі подання апеляції з пропуском встановленого у ст. 349 КПК строку і за відсутності клопотання про його відновлення постановою головуючого вона визначається такою, що не підлягає розгляду. У разі пропуску строку на апеляційне оскарження з поважних причин особи, які мають право на подання апеляції, можуть заявити клопотання перед судом, який постановив вирок, виніс ухвалу, постанову про відновлення пропущеного строку.
Кримінально-процесуальне законодавство не вказує, які саме причини пропуску апеляційного строку визнаються поважними і можуть бути основою для відновлення строку. Проте практика свідчить, що це може бути тяжка хвороба учасника процесу, який має намір подати апеляційне оскарження, порушення транспортного повідомлення через стихійне лихо, самі стихійні лиха, несвоєчасне виготовлення протоколу судового засідання. Цей перелік не є вичерпним. Можливі й інші поважні причини, які визначає суд. Питання про відновлення строку вирішується в судовому засіданні судом, який розглядав справу. Про день і час розгляду клопотання своєчасно повідомляються сторони, неявка яких не перешкоджає судовому розгляду клопотання.За результатами розгляду клопотання суд виносить ухвалу, постанову, якою відновлює пропущений строк або відмовляє у його відновленні та визнає апеляцію такою, що не підлягає розгляду. У разі винесення судом ухвали чи постанови судді про відмову у відновленні пропущеного строку, вона може бути оскаржена до суду апеляційної інстанції, який має право своєю ухвалою відновити пропущений строк, визнати апеляцію такою, що підлягає розгляду, і дати розпорядження суду першої інстанції щодо виконання ним вимог ст. 351 КПК (повідомлення про апеляцію).
Апеляція, як правило, подається через суд, який постановив вирок, ухвалу чи постанову. Однак чинне кримінально-процесуальне законодавство передбачає винятки. Наприклад, при вирішенні питань про відмову в застосуванні заходів безпеки, або при їх скасуванні на постанову судді про відмову в задоволенні такої скарги протягом трьох діб з дня її винесення може бути подано апеляцію безпосередньо до апеляційного суду за місцем проживання особи, яка подала скаргу (ст. 525 КПК). Аналогічний порядок і строки подання апеляції безпосередньо в апеляційний суд встановлені, якщо надійшла скарга на дії судді про відмову чи обрання як запобіжного заходу взяття під варту підозрюваному, обвинуваченому (ст. 165-2 КПК). На постанову судді про продовження строку тримання особи під вартою також протягом трьох діб з дня її винесення може бути подано апеляцію до апеляційного суду прокурором, підозрюваним, обвинуваченим, його захисником чи законним представником (ст. 165-3 КПК). Такий самий порядок подання апеляції у випадках, передбачених статтями 177, 205 КПК. Подання апеляції у зазначених випадках не зупиняє виконання постанови судді.
При цьому слід мати на увазі, що до апеляції прокурора і захисника необхідно додавати стільки її копій, щоб їх можна було вручити всім учасникам судового розгляду, інтересів яких стосується апеляція.
Подання апеляції на вирок, ухвалу чи постанову суду зупиняє набрання ними законної сили та їх виконання, за винятком деяких випадків,