Відрізняється конфіскація і від відшкодування заподіяної шкоди. Речовинні докази і речі, добуті злочинним шляхом, не можуть включатися в майно, що конфіскується. Вони повертаються їхнім законним власникам. Це ж правило поширюється і на речовинні докази, що належать третім особам (ст.330 УПК).

Якщо третя особа подало позовну заяву про виключення майна з числа конфіскованого і поверненні його, суд зобов'язаний розглянути заяву в порядку цивільного судочинства з залученням як відповідача тієї організації, який було передане майно (де воно знаходиться), за участю прокурора.

Речі, що не є речовинними доказами в справі, повинні бути повернуті їх законному власнику (ст.330 УПК). Суд, що виніс вирок, незалежно від прохання засудженого, при одержання визначення вищестоящого суду зобов'язаний направити копію визначення фінансовому органу, у розпорядження якого надійшло конфісковане розпорядження майно, для виконання – повернення чи майна відшкодування його вартості.

При конфіскації майна держава не відповідає за обтяжуючі майно борги і зобов'язання, якщо вони виникли після прийняття слідчими чи судовими органами заходів для охорони майна і притім без згоди цих органів. Держава відповідає за обтяжуючі конфісковане майно борги і зобов'язання тільки у визначених випадках, точно передбачених ст.36 КК, і в порядку, установленому цивільним і цивільно-процесуальним законодавством.

У відношенні претензій, що підлягають задоволенню за рахунок конфіскованого майна, держава відповідає лише в межах активу, тобто вартості цього майна, по оцінці фінансових органів.

При виконанні вироків, якими, крім конфіскації майна, із засудженого стягнені суми у відшкодування матеріального збитку, заподіяного злочином, у першу чергу стягуються ці суми, конфіскація ж звертається на іншу частину майна, якщо це майно може бути конфісковано.

Черговість задоволення інших претензій за рахунок конфіскованого майна встановлюється цивільним і цивільно-процесуальним законодавством.