Порушення встановленого законодавством порядку створення сільськогосподарського підприємства або невідповідність його установчих документів закону є підставою для відмови в державній реєстрації. Важливою гарантією прав засновників сільськогосподарського підприємства є неприпустимість відмови в державній реєстрації такого підприємства з інших мотивів, зокрема, з приводу недоцільності. Відмова в державній реєстрації суб'єкта аграрного підприємництва, а також зволікання з її проведенням можуть бути оскаржені до суду.

Діяльність незареєстрованого суб'єкта аграрного господарювання, який підлягає державній реєстрації, забороняється. Доходи, одержані таким суб'єктом, стягуються до Державного бюджету України у встановленому законом порядку. Перереєстрація сільськогосподарського підприємства провадиться в разі зміни форми власності, на якій засновано даний суб'єкт, або організаційної форми господарювання, або його найменування і здійснюється в порядку, встановленому для його реєстрації. Скасування (припинення) державної реєстрації суб'єкта аграрного господарювання здійснюється за його особистою заявою, а також на підставі рішення суду у випадках визнання недійсними або такими, що суперечать законодавству, установчих документів, або здійснення діяльності, що суперечить закону чи установчим документам, або в інших випадках, передбачених чинним законодавством. [ 25.с.51 ] Скасування державної реєстрації припиняє господарську діяльність сільськогосподарського підприємства і є підставою для здійснення заходів щодо його ліквідації.

Припинення діяльності сільськогосподарського підприємства здійснюється переданням всього майна, прав та обов'язків іншим юридичним особам — правонаступникам (злиття, приєднання, поділ, перетворення) або внаслідок ліквідації.
   Після злиття суб'єктів аграрного господарювання усі майнові права та обов'язки кожного з них переходять до суб'єкта господарювання, що створений внаслідок злиття. У разі приєднання одного або кількох суб'єктів господарювання до іншого суб'єкта до цього останнього переходять усі майнові права та обов'язки приєднаних суб'єктів господарювання. Поділ суб'єкта господарювання зумовлює перехід усіх його майнових прав і обов'язків за роздільним актом (балансом) у відповідних частках до кожного з нових суб'єктів господарювання, що утворені внаслідок цього поділу. У разі виділення одного або кількох нових суб'єктів господарювання до кожного з них переходять за роздільним актом (балансом) у відповідних частках майнові права та обов'язки реорганізованого суб'єкта. Наслідком перетворення одного суб'єкта господарювання в інший є перехід до новоутвореного суб'єкта господарювання всіх майнових прав і обов'язків попереднього суб'єкта господарювання.[26.с.57]
  Суб'єкт аграрного господарювання ліквідується:
 - за рішенням його учасників або органу, уповноваженого на це установчими документами юридичної особи, в тому числі у зв'язку із закінченням строку, на який було створено юридичну особу, досягненням мети, для якої її створено, а також в інших випадках, передбачених установчими документами;
 - у разі визнання його в установленому порядку банкрутом, крім випадків передбачених чинним законодавством;

- за рішенням суду про визнання ним недійсною державної реєстрації юридичної особи через допущені при її створенні порушення, які не можна усунути, а також в інших випадках, встановлених законом.
   Якщо вартість майна сільськогосподарського підприємства є недостатньою для задоволення вимог кредиторів, юридична особа ліквідується в порядку, встановленому Законом України від 14 травня 1992 р. "Про відновлення платоспроможності боржника або визнання його банкрутом".[ 27.с.28 ] Порядок припинення суб'єктів аграрного господарювання в процесі відновлення їх платоспроможності або банкрутства має низку особливостей.  

По-перше, в разі продажу об'єктів нерухомості, які використовуються з метою сільськогосподарського виробництва та є у власності сільськогосподарського підприємства, що визнано банкрутом, за інших рівних умов переважне право на придбання зазначених об'єктів належить сільськогосподарським підприємствам і фермерським господарствам, розташованим у даній місцевості.   По-друге, в разі ліквідації сільськогосподарського підприємства у зв'язку з визнанням його банкрутом звернення стягнення на земельні ділянки, призначені для ведення товарного сільськогосподарського виробництва, допускається у випадках, коли у цього підприємства (власника землі) відсутнє інше майно, на яке може бути звернене стягнення, якщо інше не запропоновано власником земельної ділянки (ст. 139 ЗК) ".[ 28.с.69 ]. По-третє, при введенні процедури розпорядження майном боржника аналіз фінансового становища сільськогосподарського, підприємства повинен здійснюватися з урахуванням сезонності сільськогосподарського виробництва та його залежності від природно-кліматичних умов, а також можливості задоволення вимог кредиторів за рахунок доходів, які можуть бути одержані сільськогосподарським підприємством після закінчення відповідного періоду сільськогосподарських робіт. По-четверте, рішення про звернення з клопотанням до господарського суду про санацію сільськогосподарських підприємств приймається комітетом кредиторів за участю представника органу місцевого самоврядування    По-п'яте, санація сільськогосподарського підприємства вводиться на строк до закінчення відповідного періоду сільськогосподарських робіт з урахуванням часу, потрібного для реалізації вирощеної (виробленої та переробленої) сільськогосподарської продукції. Зазначений строк не може перевищувати 15 місяців. У разі якщо протягом строку санації погіршилося фінансове становище сільськогосподарського підприємства у зв'язку із стихійним лихом, з епізоотіями та іншими несприятливими умовами, строк санації може бути продовжений
   Ліквідація суб'єкта аграрного господарювання здійснюється ліквідаційною комісією, яка утворюється власником (власниками) майна суб'єкта господарювання чи його (їх) представниками (органами), або іншим органом, визначеним законом, якщо інший порядок її утворення не передбачений ГК. Ліквідацію суб'єкта господарювання може бути також покладено на орган управління суб'єкта, що ліквідується (наприклад, на голову фермерського господарства).
   Ліквідаційна комісія або інший орган, який провадить ліквідацію суб'єкта господарювання, вміщує в офіційних друкованих органах повідомлення про його ліквідацію та про порядок і строки заяви кредиторами претензій, а явних (відомих) кредиторів повідомляє персонально у письмовій формі у встановлені ГК чи спеціальним законодавством строки. Одночасно ліквідаційна комісія вживає необхідних заходів щодо стягнення дебіторської заборгованості