Наприклад, Інституту держави і права імені В.М. Корецького НАН України доручалося до кінця 2002 року підготувати і видати підручник з кримінології. Однак, замовника цього підручника, якому б передбачалося виділення коштів на його видання, програмою визначено не було. Внаслідок цього, підготовлений інститутом рукопис підручника не надруковано [34, с.4].

Водночас, 12 заходів програми мали суто відомчий характер, оскільки їх виконання було визначено функціями та завданнями міністерств і відомств, задіяних у реалізації Комплексної програми, які мали здійснюватися в процесі їх повсякденної діяльності.

Лише 44 заходи Комплексної програми (40 відс.) мали конкретну, практичну міжвідомчу організаційну спрямованість і відповідали основним принципам Закону України "Про державне прогнозування та розроблення програм економічного і соціального розвитку України", зокрема – принципу цілісності, який забезпечує взаємоузгодження програмних документів, та принципу дотримання загальнодержавних інтересів, виходячи з необхідності забезпечення реалізації загальнодержавної соціально-економічної політики.

Крім того, зазначеною Комплексною програмою не було враховано стан виконання попередньої Комплексної цільової програми боротьби зі злочинністю на 1996-2000 роки, за результатами якої із 194 визначених нею заходів було виконано лише 171 або 88 відсотків [31, с.89].

Так, по заходу 12, яким передбачалося провести облік житла, де проживають особи похилого віку, самотні тощо, виконання якого покладено на чотири центральних органа виконавчої влади (Мінпраці, МОЗ, МВС, Держбуд) та всі місцеві державні адміністрації, перед Урядом було прозвітовано виключно про діяльність МВС та Мінпраці (відповідальний –Мінпраці).

По заходу 20, яким передбачалося продовжити практику звітування про виконання вимог Закону України "Про боротьбу з корупцією" і виконання якого було покладено на всі центральні та місцеві органи виконавчої влади, наводилась інформація про діяльність тільки Головдержслужби, що визначена основним виконавцем цього заходу.

По заходу 28, яким передбачалося проводити з правоохоронними органами іноземних держав скоординовані спільні дії, пов'язані з викриттям та знешкодженням організованих злочинних угруповань, виконання якого покладалося на 6 виконавців, було прозвітовано перед Урядом лише про заходи СБУ, яка визначена основним виконавцем.

Аналогічно, по заходах 25, 36, 50, 80, виконавцями яких є 3-4 міністерства і відомства, надано інформацію виключно про діяльність МВС (основний виконавець).

При цьому, надана відповідальними виконавцями до МВС інформація для узагальнення мала вигляд річного звіту основного виконавця про здійснену ним роботу, без врахування даних попередніх років та аналізу ефективності запроваджених заходів.

У свою чергу, Міністерством внутрішніх справ України зазначена інформація подавалася до Уряду також лише за звітній рік без узагальнення проведеної роботи протягом всього періоду, починаючи з 2001 року, та без ув'язки поданої інформації з даними попередніх звітних періодів та аналізу отриманих результатів.

Таким чином, задіяна Кабінетом Міністрів України система управління програмою, яка передбачала механічне зведення МВС отриманих даних, не давала змоги самому ж Уряду оцінити конкретний вклад кожного з співвиконавців у реалізацію заходів Комплексної програми, здійснити об'єктивний і повний аналіз реального стану їх виконання та впливу запроваджених профілактичних заходів на рівень злочинності.

Таким чином, прорахунки і непослідовність розробників Комплексної програми ще на стадії опрацювання проекту сформували передумови до формального відношення відповідальних виконавців до її впровадження [33, с.2].

Крім того, окремі завдання Комплексної програми мали виключно відомчу спрямованість, внаслідок чого відповідальні за їх виконання міністерства і відомства, у тому числі МВС, звітували, в основному, саме про свою роботу, без врахування зробленого іншими співвиконавцями.

Отже, більшість заходів Комплексної програми не були спрямовані на формування взаємоузгодженої, комплексної системи діяльності органів виконавчої влади, направленої на ефективне вирішення загальнодержавних проблем в сфері профілактики злочинності, і, по суті, стали відомчими планами роботи з виконання функціональних завдань органів виконавчої влади у цій сфері.

Кабінет Міністрів України видав розпорядження від 28.02.2001 № 67-р відповідно до якого центральні та місцеві органи виконавчої влади, інші виконавці, зазначені у заходах Комплексної програми першими, зобов'язані подавати Міністерству Внутрішніх Справ узагальнені звіти про стан її виконання один раз у півріччя до 20 липня та 20 січня (пункт 3), а МВС -щороку у лютому зобов'язане подавати на розгляд Уряду узагальнену інформацію про стан виконання Програми (пункт 4).

Така вимога Уряду виконувалась, однак, за підсумками виконання заходів Комплексної програми протягом 2001 року та 1 півріччя 2002 року Урядом прийнято постанову від 17.08.2002 № 1120 "Про стан виконання Комплексної програми профілактики злочинності на 2001-2005 роки", якою, зокрема, визначено, що криміногенна ситуація залишилася складною. Незадовільним був стан роботи з протидії організованій злочинності та корупції. Залишився високим рівень криміналізації підліткового середовища. Гострою залишилася проблема зростання кількості осіб, які незаконно вживають наркотичні засоби та психотропні речовини, особливо підлітків та молоді. Значно впливала на криміногенну ситуацію і проблема незаконної міграції, яка поступово підпадала під контроль організованих злочинних угруповань та стала одним з прибуткових видів злочинної діяльності [55, с.23]. Не усунено недоліки в організації профілактичної роботи. Місцеві органи виконавчої влади та органи місцевого самоврядування не завжди сприяли розв'язанню проблем боротьби із злочинністю.

Відповідно до інформації Міністерства внутрішніх справ України, поданої до Кабінету Міністрів України (від 27.02.2006 № 2878/Лц), із 146 завдань, виконання яких передбачалося 110 заходами Комплексної програми (129 завдань) та 13 заходами постанови Кабінету Міністрів України від 17.08.2002 № 1120 (17 завдань), реалізовано найбільшу кількість: Міністерством внутрішніх справ України – 37, Міністерством України у справах сім'ї, молоді та спорту – 15, місцевими органами виконавчої влади -11, Міністерством юстиції України (далі - Мін'юстом) – 10. Як зазначено у листі, всі завдання виконано у встановлені терміни